02B_Virussen (1).pdf

# Inleiding tot bacteriën en virussen Dit onderwerp introduceert de fundamentele aspecten van bacteriën en virussen, waaronder hun structuur, levenscycli en interactie met het immuunsysteem en antimicrobiële middelen [1](#page=1). ### 1.1 Virussen Virussen worden gekenmerkt door verschillende eigenschappen [2](#page=2): * Ze zijn "obligate intracellulaire parasieten", wat betekent dat ze voor replicatie afhankelijk zijn van een gastheercel [2](#page=2). * Ze hebben geen celstructuur en missen organellen [2](#page=2). * Hun erfelijk materiaal kan RNA of DNA zijn, enkel- of dubbelstrengs, en ze kunnen één of meerdere chromosomen bevatten, samen met structurele eiwitten, enzymen en regulatoren [2](#page=2). * Het erfelijk materiaal is verpakt in een eiwitmantel, het nucleocapside [2](#page=2). * Virussen kunnen naakt zijn of een envelop (membraan) bezitten [2](#page=2). #### 1.1.1 Classificatie en structuur van virussen De classificatie van virussen is medisch het meest relevant op basis van hun genoom. Daarnaast is de aanwezigheid van een membraan (envelop) ook van medisch belang [6](#page=6). De structuur van een virion omvat: * **Nucleocapside**: Dit bestaat uit genetisch materiaal (RNA of DNA) samen met structurele eiwitten, nucleïnezuur-bindende eiwitten en eventueel enzymen [3](#page=3). * **Naakte virussen**: Hierbij bestaat het virion enkel uit een nucleocapside [3](#page=3). * **Virussen met enveloppe**: Deze virions bestaan uit een nucleocapside omgeven door een membraan. Dit membraan bevat vaak glycoproteïnen (die als receptoren fungeren) en daaronder bevinden zich matrix-eiwitten [3](#page=3). De grootte van virussen varieert van ongeveer 20 nm tot 100 nm. Voor vergelijking, bacteriën zijn groter (meestal rond 1 µm), en bacteriële filters die gebruikt worden voor sterilisatie zijn typisch 0,45 µm tot 0,2 µm. Nanofiltratie kan gebruikt worden om eiwitten uit bloed te zuiveren (bijvoorbeeld stollingsfactoren) en werkt met poregroottes van 15 nm [4](#page=4). #### 1.1.2 Eigenschappen van naakte en enveloppe virussen **Eigenschappen van naakte virussen** [7](#page=7): * Ze komen vrij door lyse (cellysis) van de geïnfecteerde cel, die daarbij sterft [7](#page=7). * Ze zijn relatief stabiel tegenover temperatuur, zuren, detergenten en uitdroging [7](#page=7). * Deze stabiliteit leidt ertoe dat ze zich gemakkelijk verspreiden, infectieus blijven na uitdroging, de zure maag en basische darminhoud kunnen overleven, en dat humorale immuniteit (antilichamen) vaak volstaat voor de bestrijding, aangezien de geïnfecteerde cellen sterven en er minder nood is aan cytotoxische T-cellen of NK-cellen [7](#page=7). **Eigenschappen van enveloppe virussen** [8](#page=8): * Ze komen vrij door afsnoering van de geïnfecteerde cel, die niet noodzakelijk sterft (soms met lyse) [8](#page=8). * Het membraan van deze virussen bevat een mix van virale en cellulaire eiwitten, waaronder glycoproteïnen [8](#page=8). * Ze zijn labiel tegenover temperatuur, zuren, detergenten en uitdroging [8](#page=8). * Deze labiliteit betekent dat ze zich minder gemakkelijk verspreiden (vaak via grote druppels, bloed of seksueel contact), niet meer infectieus zijn na uitdroging, de gastro-intestinale tractus niet overleven, en zowel humorale als cellulaire immuniteit vereisen voor eliminatie. Dit komt doordat intracellulaire persistentie mogelijk is, wat de tussenkomst van cytotoxische cellen noodzakelijk maakt [8](#page=8). * Een praktische toepassing hiervan is de inactivatie van pathogenen in bloedeiwitten, zoals factor VIII. Behandeling met een detergens (zoals bij HIV, HCV en HBV) kan de membranen van deze enveloppe virussen beschadigen zonder de eiwitten te aantasten. Deze methode is echter inefficiënt tegen naakte virussen [8](#page=8). #### 1.1.3 Genoomtypen en variabiliteit van virussen Virussen kunnen worden ingedeeld op basis van hun genoomtype (RNA of DNA) [6](#page=6). **RNA virussen** hebben over het algemeen een kleiner genoom, muteren gemakkelijker en kunnen aanleiding geven tot **quasispecies**. * * * # Virale levenscyclus De virale levenscyclus beschrijft de opeenvolgende stappen die een virus doorloopt om zich in een gastheercel te vermenigvuldigen, van infectie tot de vrijlating van nieuwe virionen [12](#page=12). ### 2.1 Fasen van de virale levenscyclus De virale levenscyclus kan worden opgedeeld in de volgende stappen, die gedeeltelijk simultaan kunnen plaatsvinden [12](#page=12): * Adsorptie * Penetratie * Expressie en replicatie * Virion productie * Vrijlating Deze fasen bieden inzicht in de cyclus en potentiële aangrijpingspunten voor antivirale medicatie [12](#page=12). #### 2.1.1 Adsorptie Adsorptie is de eerste interactie waarbij een virus zich bindt aan een specifieke receptor op het oppervlak van de gastheercel [13](#page=13). * **Receptor-virusligand interactie:** De receptor op de cel kan een complex van koolhydraten, glycoproteïnen of glycolipiden zijn, vaak gerelateerd aan ionpompen. De aard van de receptor bepaalt de infecteerbaarheid van de cel en fungeert als een restrictiefactor [13](#page=13). * **Specificiteit van receptoren:** Sommige receptoren komen breed tot expressie, zoals siaalzuur op de meeste cellen, wat de infectie door influenza virussen mogelijk maakt. Andere receptoren komen slechts op beperkte celtypes voor, zoals CD4 co-receptor CCR5 of CXCR4 voor HIV [13](#page=13). * **Modulatie van infecteerbaarheid:** Mutaties in zowel de receptor als het virale ligand kunnen de infecteerbaarheid moduleren [13](#page=13). * **Vaccins:** De meeste antivirale vaccins werken door de structuur van het virus die aan de receptor bindt, af te dekken met neutraliserende antistoffen. Een voorbeeld is het vaccin tegen hepatitis B, dat een recombinant HBs-antigeen bevat [13](#page=13). #### 2.1.2 Penetratie Penetratie is het proces waarbij het virale genoom of het gehele virion de gastheercel binnendringt [14](#page=14). * **Injectie van genoom:** Bij bacteriofagen wordt het genoom direct in de cel geïnjecteerd, door de celwand heen [14](#page=14). * **Binnendringen van nucleocapside:** Dierlijke virussen brengen hun nucleocapside binnen via endocytose of membraanfusie [14](#page=14). ##### 2.1.2.1 Penetratie en uncoating bij Influenza A Bij het influenza A-virus speelt de interactie tussen hemagglutinine (HA) en M2-eiwitten een cruciale rol bij de penetratie en het 'uncoaten' [15](#page=15). * **Selectieve binding:** Het virus bindt aan siaalzuurresiduen op oppervlakte-eiwitten van de cel. Het virale neuraminidase-enzym in de envelop voorkomt dat virussen aan elkaar kleven, wat relevant is voor behandelingen met neuraminidase-inhibitoren [15](#page=15). * **Endocytose en acidificatie:** Na opname via endocytose komt het virus terecht in het zure milieu van het endolysosoom. Protonen die via het M2-kanaal de envelop binnendringen, induceren een conformatieverandering in hemagglutinine, waardoor het een fusogeen eiwit wordt [15](#page=15). * **Membraanfusie en vrijlating capside:** De envelop fuseert met het membraan van het endosoom, waardoor het capside in het cytoplasma vrijkomt. Behandeling met M2-kanaalblokkerende medicatie is hierop gericht [15](#page=15). #### 2.1.3 Expressie en replicatie Dit proces omvat de synthese van virale componenten en de vermenigvuldiging van het virale genoom. De aard van het virale genoom (RNA/DNA, enkel- of dubbelstrengs) bepaalt de replicatie- en expressiewijze [16](#page=16) [17](#page=17). ##### 2.1.3.1 Expressie * **DNA-virussen:** Het genoom van DNA-virussen wordt meestal geëxpresseerd in de celkern, net als het gastheergenoom, met dsDNA als template. Partieel dsDNA (klasse VII) of ssDNA (klasse II) wordt eerst omgezet naar dsDNA. Uitzonderingen zijn pokkenvirussen die, ondanks een dsDNA-genoom, in het cytoplasma blijven en daarom eigen enzymen moeten meebrengen [17](#page=17). * **Positief-sense ssRNA-virussen (klasse IV):** Deze virussen functioneren direct als mRNA en leiden zo tot eiwitproductie [17](#page=17). * **Negatief-sense ssRNA- en dsRNA-virussen:** Deze genomen moeten eerst (deels) worden overgeschreven naar positief-sense RNA dat als mRNA dient. Hiervoor is een RNA-afhankelijk RNA-polymerase nodig, dat in het virion verpakt moet zijn omdat deze enzymactiviteit niet in menselijke cellen beschikbaar is [17](#page=17). * **Retrovirussen (klasse VI):** Hun positief-sense RNA-genoom wordt na uncoating eerst omgezet naar DNA via reverse transcriptie en vervolgens geïntegreerd in het gastheergenoom als dsDNA [17](#page=17). ##### 2.1.3.2 Replicatie * **DNA-virussen:** De replicatie van het genoom van DNA-virussen vindt meestal plaats in de celkern, met dsDNA als template. ssDNA (klasse II) wordt eerst omgezet naar dsDNA. Klasse VII virussen zetten een RNA-kopie van hun nucleaire DNA-genoom in het cytoplasma om naar partieel dsDNA. Pokkenvirussen repliceren hun dsDNA-genoom in het cytoplasma [18](#page=18). * **RNA-virussen:** Het genoom van RNA-virussen wordt gerepliceerd door een RNA-afhankelijk RNA-polymerase, dat door het virale genoom wordt gecodeerd. Dit kan leiden tot een grote amplificatie van kopieën door continu heen-en-weer kopiëren [18](#page=18). * **Retrovirussen (klasse VI):** Hun positief-sense RNA-genoom wordt door cellulaire polymerasen overgeschreven van het geïntegreerde dsDNA proviraal genoom [18](#page=18). ##### 2.1.3.3 Pathogen recognition (PAMP's) Cellen herkennen virale componenten als vreemd via PAMP-receptoren (Pathogen-Associated Molecular Patterns) [19](#page=19). * **Viraal RNA:** dsRNA en niet-gecapteerd RNA worden herkend door receptoren zoals TLR3 (membranair) en RIG-I (cytoplasmatisch) [17](#page=17) [19](#page=19). * **Viraal DNA:** Viraal DNA in het cytoplasma kan herkend worden door DNA-sensoren [19](#page=19). * **Gevolg van herkenning:** De activatie van PAMP-receptoren triggert de productie van interferonen (IFN), die de expressie van Interferon Stimulated Genes (ISG) aanzetten [20](#page=20). Het immuunsysteem detecteert pathogenen via PAMP-receptoren die zowel virussen als bacteriën herkennen. Er zijn verschillende typen receptoren betrokken [19](#page=19): * **Membraanreceptoren:** Voorbeelden zijn Toll-like receptors (TLR) zoals TLR3 voor RNA en TLR9 voor DNA [19](#page=19). * **Cytoplasmatische receptoren:** Voorbeelden zijn RIG-I, inflammasomen en DNA-sensoren [19](#page=19). ##### 2.1.3.4 Innate immune effector mechanism: Interferon stimulated genes (ISG) ISG's zijn een groep genen die geïnduceerd worden door type I en type III interferon en die de virusreplicatie blokkeren. Ze zijn actief tegen zowel RNA- als DNA-virussen [21](#page=21). #### 2.1.4 Virion productie Tijdens deze fase wordt het virale genoom verpakt in het capside, resulterend in de vorming van een nucleocapside. Dit proces vindt vaak plaats via auto-assembly, gevolgd door maturatie van het virion [22](#page=22). #### 2.1.5 Vrijlating De vrijlating van nieuwe virions uit de geïnfecteerde cel kan plaatsvinden door budding (uitstulping van het celmembraan) of door lyse (afbraak) van de gastheercel [23](#page=23). * **Belemmering van vrijlating:** Virussen kunnen vast blijven zitten aan de producerende cel. Dit kan worden opgelost door receptor-downregulatie (bv. CD4 bij HIV) of door afknippen van de receptor (sialezuur door neuraminidase bij influenza). Tetherin, een ISG, kan virale partikels binden aan het membraan, maar dit wordt door virale eiwitten zoals Vpu (HIV) ongedaan gemaakt [23](#page=23). * **Cel-naar-cel transmissie:** Vrijgekomen of celgebonden virussen infecteren nieuwe cellen. Cel-naar-cel transmissie beschermt het virus relatief tegen neutraliserende antilichamen omdat de blootstelling aan het extracellulaire milieu kort is of zelfs onbestaand[23](#page=23). ### 2.2 Specifieke virale levenscycli #### 2.2.1 Lytische levenscyclus van bacteriofagen De lytische levenscyclus van bacteriofagen verloopt snel en resulteert in de afbraak van de bacterie. Bacteriofagen hebben potentieel gebruik als antibiotica, maar resistentie kan ontstaan door mutaties in de bacteriële receptor voor het virus [24](#page=24). #### 2.2.2 Temperate levenscyclus van bacteriofagen (lysogeen) De temperate levenscyclus staat overdracht van het virale genoom naar dochtercellen toe zonder schade aan de gastheercel [26](#page=26). * **Repressor expressie:** Een repressor-eiwit van de faag wordt tot expressie gebracht, wat de replicatie van de faag onderdrukt. Bij inductie wordt de repressor afgebroken [26](#page=26). * **Belang:** Deze cyclus is belangrijk voor de transductie van antibioticaresistentie en toxines, en kan worden geïnduceerd door antibiotische stress [26](#page=26). #### 2.2.3 Bacteriofaag levenscyclus Bij gesynchroniseerde infecties met bacteriofagen kan de replicatiekinetiek en het aantal vrijgelaten infectieuze partikels per cel (burst size) worden gemeten. Er is onderscheid tussen vroege eiwitten (enzymen, regulatoren) en late eiwitten (capside) [28](#page=28). #### 2.2.4 Dierlijke virus levenscyclus Dierlijke virussen zijn vaak minder complex dan bacteriofagen, omdat ze geen celwand hoeven te penetreren. Ze groeien trager door de compartimentalisatie in de kern en het cytoplasma (heen en weer transport nodig)[29](#page=29). * **Herpesvirussen:** Penetratie, uncoating, genoom naar de kern waar replicatie en packaging plaatsvindt. Expressie van mRNA in het cytoplasma leidt tot eiwitsynthese; eiwitten worden naar de kern getransporteerd voor packaging, gevolgd door budding door het kernmembraan en het cytoplasma, en uiteindelijk vrijlating (release) [29](#page=29). * **Influenza (Orthomyxovirus):** Dit negatief-sense RNA-virus repliceert in de celkern [29](#page=29). #### 2.2.6 HIV levenscyclus * **Ligand-receptor herkenning:** HIV bindt aan specifieke receptoren op de cel [31](#page=31). * **Fusie en penetratie:** De membraanen van het virus fuseren met de celmembranen, waarna het nucleocapside in het cytoplasma terechtkomt. Vaak gebeurt dit via endocytose met de vorming van een vacuole waarin membraanfusie plaatsvindt [31](#page=31). * **Reverse transcriptie:** In het cytoplasma zet reverse transcriptase (RT) het RNA-genoom om naar DNA, wat vaak fouten met zich meebrengt [31](#page=31). * **Integratie:** Het dsDNA-pre-integratiecomplex wordt door integrase (IN) geïntegreerd in het gastheergenoom, met een rol voor de LTR's (Long Terminal Repeats) [31](#page=31). * **Transcriptie en polyadenylatie:** Het provirus wordt getranscribeerd met behulp van cellulaire polymerasen, geleid door de 5' LTR-promotor. Polyadenylatie gebeurt via de 3' LTR-poly-A activiteit. Splicing is mogelijk [31](#page=31). * **Genoom en eiwitcodering:** Gespliced en ongespliced RNA coderen voor eiwitten, waarbij het ongesplicede (full-length) RNA ook dienst doet als genoom [31](#page=31). * **Budding:** Nieuwe virions worden gevormd door budding ter hoogte van het celmembraan [31](#page=31). ### 2.3 Aantonen van virussen Methoden om virussen aan te tonen omvatten het zichtbaar maken van cytopathisch effect in dierlijke cellen, wat zich uit in plaquevormende eenheden. De aanwezigheid en hoeveelheid van deze plaques, zichtbaar gemaakt door verdunningen van het virus, correleren met de virale titer [32](#page=32) [33](#page=33). > **Voorbeeld:** Bij het analyseren van een virusmonster kunnen verschillende verdunningen worden gemaakt. Na incubatie met gastheercellen op een plaat, zullen gebieden waar virusinfectie en celafbraak optreden (plaques) zichtbaar worden. Het aantal plaques per verdunningsreeks geeft een indicatie van de oorspronkelijke hoeveelheid infectieuze virussen. Een hoge titer resulteert in veel plaques bij hogere verdunningen, terwijl een lage titer minder plaques oplevert en deze pas bij hogere verdunningen verschijnen [33](#page=33).

| Term | Definition | |------|------------| | Bacterie | Eencellige micro-organismen die tot het domein van de Bacteria behoren. Ze kunnen diverse vormen hebben en zich voortplanten door celdeling. Sommige bacteriën zijn pathogeen, terwijl andere een rol spelen in ecosystemen of in de menselijke gezondheid. | | Virus | Een infectieus agens dat veel kleiner is dan bacteriën en zich alleen kan repliceren binnen levende cellen. Virussen bestaan uit genetisch materiaal (DNA of RNA) omgeven door een eiwitmantel, en soms ook een membraan. | | Immuunsysteem | Een complex netwerk van cellen, weefsels en organen dat het lichaam beschermt tegen ziekteverwekkers zoals bacteriën, virussen, schimmels en parasieten. Het systeem reageert op vreemde stoffen en elimineert deze. | | Antimicrobieel middel | Een stof die micro-organismen, zoals bacteriën, virussen, schimmels en parasieten, kan doden of hun groei kan remmen. Voorbeelden zijn antibiotica (tegen bacteriën) en antivirale middelen (tegen virussen). | | Taxonomie | De wetenschap van het classificeren en benoemen van organismen. In de context van bacteriën omvat dit hun indeling in groepen op basis van gedeelde kenmerken en genetische verwantschap. | | Groeiregulatie | Het proces waarbij de groei en reproductie van bacteriën wordt gecontroleerd. Dit omvat factoren zoals de beschikbaarheid van voedingsstoffen, temperatuur, pH en specifieke signaleringsmoleculen zoals bij quorum sensing. | | Exponentiële groei | Een vorm van groei waarbij de populatieomvang exponentieel toeneemt over tijd, wat betekent dat de groeisnelheid proportioneel is aan de huidige grootte van de populatie. Dit is kenmerkend voor bacteriële vermenigvuldiging onder optimale omstandigheden. | | Quorum sensing | Een communicatiemechanisme waarbij bacteriën de dichtheid van hun populatie waarnemen door middel van de afscheiding en detectie van signaleringsmoleculen. Dit stelt bacteriën in staat hun gedrag collectief te coördineren. | | Biofilm | Een georganiseerde gemeenschap van micro-organismen die ingebed is in een zelfgeproduceerde extracellulaire matrix. Biofilms bieden bescherming aan de micro-organismen en kunnen resistent zijn tegen antibiotica en het immuunsysteem. | | Mutatie | Een permanente verandering in de genetische code van een organisme. Mutaties kunnen optreden als gevolg van fouten tijdens DNA-replicatie of door blootstelling aan mutagene factoren, en zijn de drijvende kracht achter evolutie en adaptatie. | | Resistentie | Het vermogen van een organisme, zoals een bacterie of virus, om de effecten van een medicijn, zoals een antibioticum of antiviraal middel, te weerstaan. Dit kan ontstaan door genetische mutaties. | | Virulentie | De mate waarin een pathogeen in staat is om ziekte te veroorzaken. Een hogere virulentie betekent dat een ziekteverwekker sneller en ernstiger ziekte kan veroorzaken. | | Levenscyclus van virussen | Het proces van replicatie en verspreiding van een virus, dat bestaat uit verschillende stadia zoals hechting aan een gastheercel, penetratie, replicatie van genetisch materiaal, synthese van virale eiwitten, assemblage en vrijlating van nieuwe virionen. | | Aangeboren immuunsysteem | Het deel van het immuunsysteem dat geen specifieke immunologische herinnering heeft, maar een snelle, niet-specifieke respons biedt tegen een breed scala aan ziekteverwekkers. Het omvat barrières, fagocyten en ontstekingsreacties. | | Latentie | Een fase in de levenscyclus van sommige virussen waarbij het virale genoom in de gastheercel aanwezig is, maar geen actieve replicatie plaatsvindt. Het virus kan later reactiveren en opnieuw actief worden. | | Oncogene transformatie | Het proces waarbij een normale cel verandert in een kankercel, vaak geïnduceerd door virussen die genetische veranderingen in de cel teweegbrengen. | | Obligaat intracellulaire parasiet | Een organisme dat alleen kan overleven en zich voortplanten binnen de cellen van een andere gastheer. Virussen zijn hier een klassiek voorbeeld van. | | Genoom | Het complete DNA- of RNA-molecuul van een organisme, dat alle genetische informatie bevat die nodig is voor groei, ontwikkeling en voortplanting. | | Nucleocapside | Het deel van een virus dat bestaat uit het genetisch materiaal (DNA of RNA) omgeven door een eiwitmantel (capside). | | Virion | Een volledig ontwikkelde virale deeltje dat buiten de gastheercel aanwezig is en infectieus kan zijn. Het bestaat uit het genetisch materiaal en de eiwitmantel, en soms een envelop. | | Enveloppe | Een buitenste membraanlaag rond het nucleocapside van sommige virussen, afkomstig van de celmembraan van de gastheercel. Deze envelop kan glycoproteïnen bevatten die helpen bij de interactie met nieuwe gastheercellen. | | Glycoproteïnen | Eiwitten waaraan suikermoleculen (glycanen) zijn gebonden. In virussen spelen ze vaak een rol bij de binding aan gastheercellen en de fusie met celmembranen. | | Genoomtype | De aard van het genetisch materiaal van een virus, of het nu DNA of RNA is, enkelstrengs of dubbelstrengs. Dit is cruciaal voor de classificatie en het begrip van de virale levenscyclus. | | Lyse | Het proces waarbij een cel barst of uiteenvalt. Bij virussen kan dit leiden tot de vrijlating van nieuwe virusdeeltjes en de dood van de gastheercel. | | Humorale immuniteit | Een component van het immuunsysteem die wordt gemedieerd door antilichamen die door B-cellen worden geproduceerd. Antilichamen neutraliseren pathogenen of markeren ze voor eliminatie. | | Cytotoxische cellen | Cellen van het immuunsysteem, zoals CD8+ T-cellen en NK-cellen, die geïnfecteerde of abnormale cellen kunnen herkennen en doden. | | Afsnoering | Een proces waarbij een virusdeeltje zich vormt en loskomt van de gastheercel door middel van een proces dat lijkt op knoppen of uitstulpingen van het celmembraan. De gastheercel hoeft hierbij niet noodzakelijk te sterven. | | Persisterende infectie | Een infectie waarbij het virus de gastheer voor langere tijd blijft infecteren, soms levenslang. Dit kan gebeuren doordat het virus aan het immuunsysteem ontsnapt of zich in latente toestand bevindt. | | Cytopathisch effect (CPE) | De zichtbare veranderingen in gastheercellen die worden veroorzaakt door een virale infectie. Deze veranderingen kunnen variëren afhankelijk van het virus en het celtype. | | Reverse transcriptase | Een enzym dat door retrovirussen wordt gebruikt om RNA om te zetten in DNA. Dit DNA kan vervolgens worden geïntegreerd in het genoom van de gastheercel. | | Fylogenetische boom | Een diagram dat de evolutionaire relaties tussen verschillende soorten of genen weergeeft, gebaseerd op vergelijkingen van hun genetische sequenties. | | Quasispecies | Een populatie van virussen die genetisch zeer divers is, met veel verschillende, maar nauw verwante, varianten. Dit fenomeen is typisch voor RNA-virussen met een hoge mutatiesnelheid. | | Interferon | Een groep eiwitten die door immuuncellen worden geproduceerd als reactie op virale infecties. Interferonen helpen de replicatie van het virus te remmen en activeren andere immuuncellen. | | Cytopathische effect (CPE) | Zichtbare veranderingen in gastheercellen veroorzaakt door een virale infectie, die kunnen leiden tot celdood of andere functionele afwijkingen. | | Plaque forming units (PFU) | Een eenheid die wordt gebruikt om de concentratie van infectieuze virussen te meten. Een plaque is een gebied van lyse of celverandering op een kweek van gastheercellen, veroorzaakt door een enkel infectieus virion. | | Receptor | Een molecuul op het oppervlak van een cel (of binnenin de cel) waaraan andere moleculen, zoals virussen of hormonen, zich kunnen binden. De receptor bepaalt welke cellen door een virus geïnfecteerd kunnen worden. | | Ligand | Een molecuul dat zich specifiek kan binden aan een receptor. In de context van virussen is het virale ligand (vaak een eiwit op het oppervlak van het virus) dat zich bindt aan een receptor op de gastheercel. | | Endocytose | Een proces waarbij de celmoleculen van buitenaf opneemt door de vorming van een vesikel (blaasje) uit het celmembraan. Virussen kunnen gebruikmaken van endocytose om de cel binnen te dringen. | | Membraanfusie | Het proces waarbij de membraan van een virus versmelt met de membraan van de gastheercel, waardoor de virale inhoud (genoom en eiwitten) in het cytoplasma van de cel wordt vrijgegeven. | | Uncoating | Het proces waarbij het virale genoom wordt vrijgegeven uit het capside nadat het virus de gastheercel is binnengedrongen. Dit gebeurt meestal in het cytoplasma of de kern van de cel. | | Virale levenscyclus | Het volledige traject van een virus, vanaf de infectie van een gastheercel tot de vrijlating van nieuwe virusdeeltjes. | | Bacteriofaag | Een virus dat specifiek bacteriën infecteert. Bacteriofagen kunnen gebruikt worden voor fagen-therapie als alternatief voor antibiotica. | | Lytische levenscyclus | Een virale replicatiecyclus die leidt tot de snelle productie van nieuwe virionen en de uiteindelijke lysis (barsten) van de gastheercel. | | Lysogene levenscyclus | Een virale replicatiecyclus waarbij het virale genoom (profage) wordt geïntegreerd in het genoom van de gastheercel en samen met de bacterie wordt gerepliceerd zonder dat de cel wordt beschadigd. Onder bepaalde omstandigheden kan de lysogene cyclus overgaan in de lytische cyclus. | | Transductie | Het proces waarbij genetisch materiaal van de ene bacterie naar de andere wordt overgebracht door middel van een bacteriofaag. | | Temperate bacteriofaag | Een bacteriofaag die in staat is om zowel een lytische als een lysogene levenscyclus te doorlopen. | | Burst size | Het gemiddelde aantal nieuwe, infectieuze virusdeeltjes dat wordt geproduceerd per geïnfecteerde gastheercel tijdens een lytische cyclus. | | Virostatica | Medicijnen die de replicatie van virussen remmen. Ze grijpen in op specifieke stappen van de virale levenscyclus. | | PAMP (Pathogen-Associated Molecular Pattern) | Moleculaire structuren die specifiek zijn voor pathogenen en door het immuunsysteem worden herkend als "vreemd", wat leidt tot een immuunrespons. Voorbeelden zijn viraal RNA of DNA. | | TLR (Toll-like Receptor) | Een type receptor op immuuncellen die PAMP's herkent en zo een immuunrespons activeert. Er zijn verschillende TLR's die specifieke PAMP's herkennen. | | RIG-I (Retinoic acid-inducible gene I) | Een cytoplasmatische receptor die viraal RNA herkent en een immuunrespons activeert, met name de productie van interferonen. | | Inflammasoom | Een complex van eiwitten in de cel dat de productie van pro-inflammatoire cytokines zoals IL-1$\beta$ reguleert, vaak geactiveerd door PAMP's of DAMP's (Damage-Associated Molecular Patterns). | | Interferon-stimulated genes (ISG) | Genen die worden geactiveerd door interferonen. De eiwitten die door deze genen worden geproduceerd, helpen de virusreplicatie te remmen en de immuunrespons te moduleren. | | Viraal eiwit Vpu | Een eiwit geproduceerd door HIV dat een rol speelt bij de vrijlating van nieuwe virionen uit de cel en de afbraak van tetherin, een cellulaire verdedigingsmechanisme. | | Tetherin | Een cellulair eiwit dat voorkomt dat nieuwe virale deeltjes zich losmaken van het celmembraan, en zo de verspreiding van het virus tegengaat. | | Neuraminidase | Een enzym op het oppervlak van influenzavirussen dat helpt bij de vrijlating van nieuwe virusdeeltjes uit geïnfecteerde cellen door het verbreken van bindingen met sialinezuur. | | Hemagglutinine (HA) | Een eiwit op het oppervlak van influenzavirussen dat zich bindt aan sialinezuur op gastheercellen, wat essentieel is voor de initiële hechting en penetratie van het virus. | | M2 kanaal | Een eiwit van het influenzavirus dat een ionenkanaal vormt in de virale envelop. Het speelt een rol bij de acidificatie van het endosoom en de fusie van virale en cellulaire membranen. | | RNA-afhankelijk RNA polymerase | Een enzym dat door sommige virussen wordt gebruikt om RNA te synthetiseren vanaf een RNA-template. Dit is essentieel voor de replicatie van RNA-virussen. | | Reverse transcriptase (RT) | Een enzym dat door retrovirussen wordt gebruikt om RNA om te zetten in DNA. | | Integrase (IN) | Een enzym dat door retrovirussen wordt gebruikt om het viraal DNA (provirus) te integreren in het genoom van de gastheercel. | | Long terminal repeat (LTR) | Sequenties aan de uiteinden van het genoom van retrovirussen die een rol spelen bij de integratie van het viraal DNA in het gastheergenoom en de regulatie van de genexpressie. | | Sialinezuur | Een soort suiker die op het oppervlak van veel cellen voorkomt en door sommige virussen, zoals influenza, wordt gebruikt als receptor voor binding. | | DNA-gevoelige receptoren | Receptoren in de cel die beschadigd of vreemd DNA kunnen detecteren en zo een immuunrespons kunnen activeren. | | RNA-gevoelige receptoren | Receptoren in de cel die viraal RNA kunnen detecteren, zowel in het cytoplasma als in endosomen, wat leidt tot een immuunrespons. |