1_Microbiologie_in_beweging.pdf

# Introductie tot microbiologie en de drie domeinen van het leven Dit onderwerp introduceert de micro-organismen en hun complexe relatie met de mens, concepten van de ecologische niche, en de fundamentele principes van de microbiologie, inclusief de ontdekking van micro-organismen en hun indeling in de drie domeinen van het leven: Archaea, Bacteria en Eukarya. ### 1.1 Introductie tot microbiologie Microbiologie bestudeert micro-organismen, die onze wereld op fundamentele wijze beïnvloeden. Hoewel de mens zich vaak beschouwt als de "top van de voedselketen", zijn we microscopisch gezien afhankelijk van en leven we te midden van talloze andere levende wezens. Micro-organismen zijn niet-zichtbare organismen die een cruciale rol spelen in kringloopprocessen, waarbij de output van het ene proces de input is voor het andere [2](#page=2). #### 1.1.1 De mens en micro-organismen De relatie tussen de mens en micro-organismen is complex en omvat commensalen (die voordeel trekken zonder de gastheer te schaden), symbionten (die wederzijds voordeel ondervinden) en pathogenen (die ziekte veroorzaken). Veranderingen in het milieu, zoals bevolkingstoename, hygiënepraktijken, antibioticagebruik en mobiliteit, verstoren deze relaties en kunnen leiden tot nieuwe uitdagingen op het gebied van gezondheid en ziekte. De impact van infectieziekten op de mens en zijn genoom, evenals de opkomst van nieuwe en terugkerende pathogenen en antibioticaresistentie, zijn belangrijke actuele thema's [1](#page=1) [2](#page=2). #### 1.1.2 Ontdekking van micro-organismen De microbiologie begon met de uitvinding van de microscoop rond 1600 in Nederland. Antonie van Leeuwenhoek beschreef levende micro-organismen zoals kokken (bolvormig) en staven (staafvormig), evenals staphylokokken (trosvormig). Aanvankelijk werd het onzichtbare leven, waaronder micro-organismen, gezien als spontaan ontstaan uit levenloze materie (generatio spontanea), terwijl het zichtbare leven als geschapen werd beschouwd. De diversiteit van de microbiële wereld bleek echter veel groter te zijn dan aanvankelijk werd gedacht, zelfs groter dan die van zichtbare macro-organismen [3](#page=3) [4](#page=4) [5](#page=5) [6](#page=6). #### 1.1.3 De ecologische niche Een niche wordt gedefinieerd als de plaats, omgeving en toestand waarin een organisme zich goed voelt en kan overleven en voortplanten. Het begrijpen van de interacties tussen verschillende soorten binnen een niche is een fundamenteel concept in de microbiologie [1](#page=1) [2](#page=2). ### 1.2 De drie domeinen van het leven De classificatie van het leven is fundamenteel veranderd door de toepassing van moleculaire technieken, met name de analyse van nucleïnezuursequenties [7](#page=7). #### 1.2.1 Van zichtbare naar moleculaire kenmerken In de 19e eeuw begon men het bestaan van micro-organismen te koppelen aan processen zoals rottingsprocessen, wijnproductie en ziekte. Nieuwe moleculaire technieken, zoals massief parallel sequencen (Next-Generation Sequencing, NGS), maken het mogelijk om al het RNA en DNA in een bepaalde niche te beschrijven, wat de ongekende diversiteit en functie van het leven blootlegt [3](#page=3) [7](#page=7). #### 1.2.2 16S rRNA en fylogenie De kleine subunit van het ribosoom, bekend als 16S rRNA (bij bacteriën) en 18S rRNA (bij eukaryoten), is essentieel voor dit classificatiesysteem. Dit ribosomale RNA komt bij alle levende wezens voor, is functioneel identiek, en wordt gebruikt voor taxonomische en fylogenetische analyse. De sequentieanalyse van 16S rRNA heeft geleid tot de opstelling van een levensboom [6](#page=6) [7](#page=7). #### 1.2.3 De drie domeinen van het leven Gebaseerd op nucleïnezuursequenties (16S/18S rRNA en DNA-sequenties) is het leven ingedeeld in drie domeinen: **Archaea**, **Bacteria** en **Eukarya** [8](#page=8). * **Archaea** en **Bacteria** zijn prokaryoten, wat betekent dat hun cellen geen kernstructuur hebben [8](#page=8). * **Eukarya** (waartoe planten, dieren en schimmels behoren) zijn organismen waarvan de cellen een celkern bevatten [8](#page=8). De drie domeinen van het leven, zoals voorgesteld door Carl Woese, zijn gebaseerd op moleculaire kenmerken [6](#page=6) [7](#page=7) [8](#page=8). #### 1.2.4 LUCA en horizontale gentransfer LUCA (Last Universal Common Ancestor) is de hypothetische gemeenschappelijke voorouder van al het leven op aarde. Echter, de frequentie van horizontale gentransfer (overdracht van genetisch materiaal tussen niet-verwante organismen) en horizontale organeltransfer tijdens de evolutie suggereert dat LUCA mogelijk niet op de traditionele manier heeft bestaan. Het wordt verondersteld dat eukaryoten zijn ontstaan uit een fusie tussen een archaion en een bacterie [10](#page=10) [8](#page=8) [9](#page=9). #### 1.2.5 Virussen Virussen worden niet opgenomen in de levensboom omdat ze niet als levende organismen worden beschouwd. Ze hebben een levende gastheer nodig om zich te vermenigvuldigen en kunnen worden gezien als onderdeel van de genenpool van het leven, die actief deelnemen aan de evolutie [8](#page=8). #### 1.2.6 Diversiteit van het leven Slechts een beperkt deel van de levensdiversiteit is meercellig en zichtbaar voor het blote oog, zoals planten, dieren en schimmels (ook wel Opisthokonten genoemd). De overgrote meerderheid van de biodiversiteit bevindt zich bij de bacteriën, die een vele malen rijkere en grotere diversiteit vertonen dan bijvoorbeeld de dierenwereld [8](#page=8). > **Tip:** Het is cruciaal om het onderscheid te onthouden tussen prokaryote domeinen (Archaea, Bacteria) en het eukaryote domein, evenals de rol van 16S rRNA in de classificatie. > **Voorbeeld:** De vraag "Welke twee organismen verschillen het meest van elkaar?" (zie pagina 5) illustreert hoe moleculaire data de traditionele, visuele classificatie kan uitdagen en de immense diversiteit van micro-organismen kan onthullen. Een stafylokok (bolletje) en E. coli (staafje) verschillen genetisch veel meer van elkaar dan bijvoorbeeld een mens en een bonobo. --- # De kiemtheorie en interacties tussen soorten in een niche Dit onderwerp behandelt de historische ontwikkeling van de kiemtheorie, de identificatie van ziekteverwekkers en hun diversiteit, alsook de complexe interacties tussen micro-organismen en hun omgeving binnen een specifieke niche. ### 2.1 De ontwikkeling van de kiemtheorie De kiemtheorie stelt dat infectieziekten worden veroorzaakt door micro-organismen. Dit staat in contrast met oudere ideeën die ziekte toeschreven aan concepten als "kwaadaardige dampen", "overdraagbare gifstoffen", "verrotting" of "magie". Een cruciale stap in de acceptatie van de kiemtheorie was het werk van Robert Koch in de periode 1870-1880, waarin hij de specifieke verwekkers identificeerde van ziekten zoals miltvuur (anthrax) veroorzaakt door *Bacillus anthracis*, tuberculose door *Mycobacterium tuberculosis*, en cholera door *Vibrio cholerae* [13](#page=13). > **Tip:** De identificatie van specifieke ziekteverwekkers door Koch was baanbrekend en legde de basis voor de moderne microbiologie en de aanpak van infectieziekten. ### 2.2 Ziekteverwekkers en hun eigenschappen Niet alle bacteriën zijn inherent ziekteverwekkend. Belangrijk is dat infectieziekten niet altijd overdraagbaar zijn door personen die zelf niet ziek zijn, aangezien deze dragers wel bacteriën kunnen bevatten die ziekte kunnen veroorzaken. De oorzaak van ziekte is ook niet telkens toe te schrijven aan één specifieke bacterie [14](#page=14). #### 2.2.1 Virulentie en conditionele pathogenen Virulentie wordt gedefinieerd als het vermogen van een micro-organisme om ziekte te veroorzaken. Naast de klassieke pathogenen die de regels van Koch volgen, bestaan er ook micro-organismen die ziekte kunnen veroorzaken afhankelijk van de omstandigheden. Deze worden **conditionele pathogenen** genoemd. De manifestatie van ziekte door deze pathogenen is afhankelijk van verschillende factoren [15](#page=15): * De vatbaarheid van het individu voor kolonisatie en invasie [15](#page=15). * De immuunrespons van het individu [15](#page=15). Deze conditionele pathogenen maken gebruik van opportuniteiten om ziekte te veroorzaken, zoals wonden of een verzwakt immuunsysteem [15](#page=15). #### 2.2.2 Opportunistische infecties en dysbacteriose Wanneer de oorzaak van ziekte een algemene vermindering van de immuniteit is, spreekt men van **opportunistische infecties**. De veroorzakers van deze infecties kunnen doorgaans geen ziekte veroorzaken bij gezonde individuen. Een ander fenomeen is **dysbacteriose**, waarbij de lokale flora uit balans is en de symptomen niet direct toe te schrijven zijn aan de overgroei van één enkele kiem [15](#page=15). #### 2.2.3 Diversiteit van pathogenen Pathogenen zijn verspreid over de gehele levensboom, inclusief bacteriën, eukaryoten en virussen. Er zijn tot op heden geen pathogenen ontdekt bij de Archaea. Pathogeniciteit impliceert dat deze micro-organismen dezelfde niche delen als hun gastheren [16](#page=16). > **Voorbeeld:** *E. coli* kan een commensale bacterie zijn in de darm, maar kan onder bepaalde omstandigheden (bijvoorbeeld in de urinewegen) blaasinfecties veroorzaken; dit maakt het een conditioneel pathogeen [15](#page=15). #### 2.2.4 Evolutie van pathogenen Bij het opkomen van een nieuw pathogeen, zoals COVID-19, is de natuurlijke evolutie dat het pathogeen muteert en de meest infectieuze vorm de overhand neemt. Een pathogeen kan niet blijven bestaan als er te weinig levende, vatbare gastheren zijn [17](#page=17) [18](#page=18). ### 2.3 Interacties tussen soorten in een niche #### 2.3.1 De macroscopische niche en predatie-prooi relaties Mensen leven samen met pathogenen in de macroscopische niche, die onze omgeving omvat. Net zoals bij predatoren en prooi, fluctueren de aantallen van pathogenen en hun gastheren. Een virus kan bijvoorbeeld niet overleven als er te weinig vatbare gastheren zijn [18](#page=18). > **Voorbeeld:** Mazelenvirus kan enkel overleven in de mens, leidt tot overlijden of levenslange immuniteit, waardoor enkel niet-immune mensen vatbaar zijn. In te kleine gemeenschappen kan het virus uitsterven als er geen nieuwe vatbare individuen zijn [18](#page=18). #### 2.3.2 Commensale bacteriën en symbionten Commensale bacteriën zijn niet-ziekmakende symbionten. De genetische samenstelling van een organisme, in combinatie met de aanwezige micro-organismen, bepaalt de diversiteit aan eiwitten en fysiologische functies. Het menselijk lichaam kent zowel fysiologisch steriele regio's (bv. bloed, intern milieu) als fysiologisch niet-steriele regio's (bv. huid, het maag-darmkanaal) [19](#page=19). #### 2.3.3 Het human metagenoom en microbioom Het **human metagenoom** is de verzameling van al het DNA van alle micro-organismen in een specifieke omgeving binnen het menselijk lichaam. Dit omvat zowel het **microbioom** (microbieel DNA) als het **viroom** (viraal RNA/DNA). De samenleving van een organisme met micro-organismen, ook wel symbionten genoemd, gedraagt zich als één geheel [20](#page=20). > **Voorbeeld:** Korstmossen zijn een klassiek voorbeeld van symbionten, bestaande uit een cyanobacterie die energie levert via fotosynthese en schimmels die structuur bieden. De schimmels worden niet buiten de lichen-structuur aangetroffen, wat de sterke afhankelijkheid van de symbiose illustreert. Op vergelijkbare wijze leven wij samen met onze darmbacteriën en huidbacteriën, waarbij deze samenwerking onze metabole activiteit aanvult [19](#page=19) [20](#page=20). De dikke en dunne darm herbergen een enorme hoeveelheid bacteriën (ongeveer $10^{14}$ per gram faeces), die samen met Archaea, virussen, gisten en protozoa het microbioom vormen. Dit complexe ecosysteem, met een gecombineerd genoom van ongeveer $5 \times 10^6$ genen, vult de menselijke metabole activiteit ($2 \times 10^4$ genen) aan, bijvoorbeeld door de verwerking van onverteerbare polysacchariden en de productie van vitaminen. Virussen, met name bacteriofagen, spelen een belangrijke rol bij horizontale gentransfer en het beïnvloeden van bacteriepopulaties [19](#page=19). Next Generation Sequencing (NGS) is een techniek die ingezet wordt om de niches in ons lichaam en de samenstelling van het human metagenoom te bestuderen [20](#page=20). --- # Infectieziekten, menselijk genoom en evolutie Dit onderdeel onderzoekt de complexe interactie tussen infectieziekten, de menselijke populatie, de menselijke genoom en evolutionaire aanpassingen, met een focus op historische mortaliteit, de rol van bevolkingsgroei en genetische evolutie als reactie op pathogenen. ### 3.1 Historische impact van infectieziekten op de menselijke populatie Lange tijd waren infectieziekten de primaire doodsoorzaak voor de mensheid, in tegenstelling tot de huidige dominantie van hart- en vaatziekten en kanker. Vooral in steden, die sinds de 19e eeuw begonnen te groeien, decimeerden epidemieën de bevolking regelmatig, wat resulteerde in een lagere levensverwachting dan op het platteland. Dit probleem van multiresistente organismen bij ziekteverwekkers wordt vandaag de dag nog steeds ervaren in ziekenhuizen. De Covid-19 pandemie illustreert dat nieuwe ziekteverwekkers voortdurend zullen blijven opduiken [23](#page=23) [24](#page=24). #### 3.1.1 Mortaliteit en overlevingscurven De overlevingscurven van de menselijke populatie tonen aanzienlijke verschillen door de tijd en per locatie, voornamelijk als gevolg van variaties in mortaliteit door infectieziekten. Tot in de 19e eeuw bleef kindersterfte hoog, en de dreiging van infectieziekten zorgde ervoor dat slechts een beperkt aantal mensen de leeftijd van 70 jaar bereikte. In de 20e en 21e eeuw is kindersterfte in Westerse landen sterk gedaald, waardoor de meerderheid van de bevolking een hogere leeftijd bereikt. Infectieziekten waren vooral een kritieke factor voor de sterfte rond de reproductieve leeftijd, wat resulteerde in sterke selectiedruk gedurende de laatste 10.000 tot 15.000 jaar. Het ontstaan van de landbouw vergrootte het belang van infectieziekten, terwijl trauma (zoals jacht en oorlogen) ook een significante doodsoorzaak bleef, met name in het paleolithicum [25](#page=25). ### 3.2 Genetische aanpassing aan pathogenen #### 3.2.1 De rol van het HLA-systeem Het humaan leukocytenantigeen (HLA)-systeem speelt een centrale rol in het immuunsysteem door de presentatie van pathogenen aan immuuncellen, wat essentieel is voor immuniteit. Vanwege de noodzaak om een breed scala aan pathogenen te kunnen presenteren, zijn deze genen polymorf met vele allelen per soort. De meest geschikte allelen worden geselecteerd in specifieke niches. Zo komt het HLA-A2 allel veel voor bij Europeanen en biedt het goede bescherming tegen onder andere influenza. De frequentie van dit allel varieert echter sterk tussen bevolkingsgroepen, van 0,00 in Kameroen tot 0,30 bij Europeanen. Deze verschillen in HLA-allelfrequenties weerspiegelen de verschillende pathogenen waaraan populaties zijn blootgesteld [26](#page=26). #### 3.2.2 Migratie, bevolkingsexplosie en pathogenen De mens verspreidde zich vanuit Afrika over de wereld in de laatste 40.000 jaar. De enorme bevolkingsexplosie met de ontwikkeling van dorpen en steden, die zich voornamelijk in de laatste 10.000 jaar voordeed, leidde tot een toename van pathogenen. Dit resulteerde in significante verschillen in pathogenen tussen Eurazië en Amerika. Toen de contacten tussen Eurazië en Amerika na 1492 herstelden, stierf ongeveer 90% van de oorspronkelijke Amerikaanse bevolking aan ziekten zoals pokken, mazelen en influenza, ziekten die in Eurazië waren ontstaan en waartegen Euraziaten weerstand hadden ontwikkeld. Omgekeerd lijkt syfilis vanuit Amerika naar Europa te zijn gebracht [27](#page=27). #### 3.2.3 De Rode Koningin hypothese De Rode Koningin hypothese, geïllustreerd door een citaat uit Lewis Carroll's "Through the Looking-Glass", stelt dat evolutie een continu proces is waarbij stilstand achteruitgang betekent. In de context van infectieziekten betekent dit dat zowel pathogenen als hun gastheren voortdurend moeten evolueren om te overleven; pathogenen ontwikkelen virulente factoren om immuunontwijking te bewerkstelligen, terwijl gastheren hun immuunsystemen moeten aanpassen. Deze wapenwedloop tussen gastheer en pathogeen is een drijvende kracht achter genetische evolutie [28](#page=28). ### 3.3 Classificatie van pathogenen Pathogenen kunnen worden ingedeeld op basis van hun oorsprong en de tijdsperiode waarin ze mens-specifiek zijn geworden [29](#page=29). #### 3.3.1 Pathogenen van altijd (lange co-evolutie) Dit omvat pathogenen die al zeer lang met de mens co-evolueren, zoals herpesvirussen. Deze hebben doorgaans een lange co-evolutie met de mens, wat leidt tot lage mortaliteit en persistentie van het virus, en vaak evolueren naar een symbiotische relatie [29](#page=29). #### 3.3.2 Pathogenen van de laatste 12.000 jaar (landbouw-gerelateerd) Met het ontstaan van de landbouw en de domesticatie van dieren zijn pathogenen zoals pokken, mazelen en influenza overgesprongen naar de mens. Verwante virussen en bacteriën zijn teruggevonden bij gedomesticeerde dieren, wat suggereert dat deze de bron zijn geweest voor de overgang naar de mens. Deze pathogenen hebben zich aangepast om mens-specifieke ziekteverwekkers te worden [29](#page=29). #### 3.3.3 Pathogenen van de laatste 100 jaar (recente pathogenen) Dit zijn recent opgedoken pathogenen zoals legionellosis, AIDS, ziekte van Lyme, E. coli O157:H7, H5N1 influenza, SARS, MERS, Ebola en Zika. Deze pathogenen zijn niet noodzakelijk in evenwicht met de gastheersamenleving en kunnen een zeer hoge mortaliteit veroorzaken, soms tot 100% [29](#page=29). #### 3.3.4 Terugkerende pathogenen Dit zijn ziekteverwekkers die opnieuw opduiken, zoals tuberculose (vaak geassocieerd met immuunsuppressieve therapie en AIDS) en bof (mogelijk door dichte populaties en vertraagde vaccinatie) [29](#page=29). ### 3.4 Bevolkingsexplosie en de opkomst van pandemieën Grote epidemieën en pandemieën zijn pas mogelijk geworden door de aanzienlijke bevolkingstoename. Ziekteverwekkers zoals *Yersinia pestis*, *Vibrio cholerae*, *Variola* (pokken), influenza (Spaanse griep) en HIV konden zich effectief verspreiden als gevolg van grote, dichtbevolkte gemeenschappen. De HIV-pandemie, die begon in 1981, heeft bijvoorbeeld tot 30 miljoen doden geleid [30](#page=30). ### 3.5 Het immuunsysteem: voordelen en nadelen van de adaptieve immuunrespons Het menselijk immuunsysteem is een complex systeem waarbij de inflammatoire adaptieve immuunrespons zowel voordelige als nadelige effecten kan hebben [31](#page=31). * **Evolutie van virulentiefactoren:** Virulentiefactoren van micro-organismen evolueren sneller dan het menselijk lichaam kan volgen, wat leidt tot voortdurende immuunontwijking [31](#page=31). * **Risico op auto-immuniteit:** Te hevige immuunreacties kunnen leiden tot auto-immuniteit, waarbij het immuunsysteem lichaamseigen weefsels aanvalt [31](#page=31). * **Specialisatie van verdediging:** Een sterke verdediging tegen één pathogeen kan de verdediging tegen andere pathogenen verzwakken ("inappropriate immune response"), wat een fijnafstemming van de immuunrespons vereist [31](#page=31). * **Cytokinestorm:** Een overdreven hevige inflammatoire respons, bekend als een cytokinestorm, kan op zichzelf tot sterfte leiden [31](#page=31). > **Tip:** De evolutionaire druk van infectieziekten is een constante drijfveer voor genetische diversiteit binnen de menselijke populatie en de ontwikkeling van zowel gastheer- als pathogeenevolutie. > **Voorbeeld:** Het verschil in mortaliteit van de pokkenepidemieën tussen de Oude en Nieuwe Wereld na 1492 illustreert hoe genetische aanpassing aan specifieke pathogenen over millennia een significant overlevingsvoordeel kan bieden. --- ## Veelgemaakte fouten om te vermijden - Bestudeer alle onderwerpen grondig voor examens - Let op formules en belangrijke definities - Oefen met de voorbeelden in elke sectie - Memoriseer niet zonder de onderliggende concepten te begrijpen

| Term | Definition | |------|------------| | Microbiologie | De wetenschap die zich bezighoudt met de studie van micro-organismen, zoals bacteriën, virussen, schimmels en protozoa, hun structuur, functie, ecologie en rol in ziekteprocessen. | | Niche | Een specifieke plaats of omgeving binnen een ecosysteem waar een organisme leeft en waarin het de benodigde hulpbronnen vindt om te overleven en zich voort te planten, samen met de ecologische rol die het daarin vervult. | | Commensalen | Micro-organismen die in of op het lichaam leven en profiteren van hun gastheer zonder deze significant te schaden of er voordeel aan te bieden. | | Symbionten | Organismen die in een wederzijds voordelige relatie met elkaar leven, waarbij beide organismen van de interactie profiteren. | | Pathogenen | Micro-organismen die ziekte kunnen veroorzaken bij hun gastheer door invasie, toxineproductie of verstoring van normale lichaamsfuncties. | | Kiemtheorie | Het concept dat stelt dat ziekten veroorzaakt worden door specifieke micro-organismen, in tegenstelling tot eerdere theorieën over humoren, kwade dampen of spontane generatie. | | Kochs postulaten | Een reeks criteria die zijn opgesteld door Robert Koch om te bewijzen dat een specifiek micro-organisme de oorzaak is van een bepaalde ziekte. | | Virulentie | Het vermogen van een micro-organisme om ziekte te veroorzaken, gemeten aan de hand van de ernst van de ziekte of de mate van weefselbeschadiging. | | Conditionele pathogenen | Micro-organismen die onder bepaalde omstandigheden, zoals bij een verzwakt immuunsysteem van de gastheer of na een verwonding, ziekte kunnen veroorzaken. | | Opportunistische infecties | Infecties veroorzaakt door micro-organismen die normaal gesproken niet ziekteverwekkend zijn voor een gezonde gastheer, maar dit wel kunnen worden bij een verzwakt immuunsysteem. | | Dysbacteriose | Een onbalans in de normale microflora van het lichaam, wat kan leiden tot diverse gezondheidsproblemen. | | Fylogenetische boom | Een diagram dat de evolutionaire relaties tussen verschillende organismen weergeeft, gebaseerd op vergelijkingen van genetisch materiaal zoals rRNA-sequenties. | | Archaea | Een domein van eencellige micro-organismen die qua structuur lijken op bacteriën, maar zich genetisch en biochemisch onderscheiden en vaak in extreme omgevingen leven. | | Bacteria | Een domein van eencellige micro-organismen zonder celkern (prokaryoten), die wereldwijd voorkomen en een breed scala aan metabolische mogelijkheden hebben. | | Eukarya | Een domein van organismen wiens cellen een celkern bevatten; dit omvat dieren, planten, schimmels en protisten. | | LUCA (Last Universal Common Ancestor) | De hypothetische laatste gemeenschappelijke voorouder van alle huidige levensvormen op aarde. | | Horizontale gentransfer | Het proces waarbij genetisch materiaal van het ene organisme naar het andere wordt overgedragen, niet via reproductie, maar via bijvoorbeeld plasmideoverdracht of virale transductie. | | Metagenoom | De verzameling van al het genetisch materiaal van alle micro-organismen die in een bepaalde omgeving leven, zoals de menselijke darmflora. | | Viroom | De verzameling van alle virussen die aanwezig zijn in een specifieke omgeving, zoals het menselijk lichaam. | | Rode Koningin hypothese | Een evolutionair concept dat beschrijft hoe soorten zich voortdurend moeten aanpassen en evolueren om te overleven in een dynamische omgeving waarin andere soorten (zoals pathogenen) ook evolueren. | | Immuunrespons | De reactie van het immuunsysteem van een organisme op de aanwezigheid van vreemde stoffen of ziekteverwekkers, gericht op het elimineren ervan. | | Cytokine storm | Een overmatige en ontregelde immuunreactie, gekenmerkt door een massale afgifte van pro-inflammatoire cytokines, die schadelijk kan zijn en leiden tot orgaanfalen en de dood. |