02A_bacteriën.pdf

# Bacteriën: structuur en classificatie Bacteriën zijn eencellige micro-organismen met een prokaryote celstructuur, gekenmerkt door een celmembraan, celwand (meestal), cytoplasma, ribosomen en een circulair genoom, zonder een celkern of andere membraangebonden organellen. Hun indeling is gebaseerd op morfologische, biochemische en genetische kenmerken, met de Gramkleuring als een fundamenteel onderscheidend kenmerk [12](#page=12) [18](#page=18). ### 1.1 Algemene anatomie van bacteriën Bacteriën verschillen fundamenteel van eukaryoten, die wel een celkern en organellen bezitten, en van virussen, die obligate intracellulaire parasieten zijn. Bacteriën kunnen extracellulair of intracellulair groeien en gebruiken eenvoudige voedingsbronnen. Ze variëren in grootte van 0,5 tot 10 µm, waardoor een microscoop nodig is voor observatie [12](#page=12). #### 1.1.1 Celmembraan Het celmembraan bestaat uit een fosfolipiden bilayer, waarin macromoleculen zoals glycoproteïnen zijn ingebed. Deze spelen een rol bij celcontact en de uitwisseling van stoffen tussen het intracellulaire en extracellulaire compartiment [13](#page=13). #### 1.1.2 Celwand De meeste bacteriën hebben buiten het celmembraan een celwand. Deze celwand bepaalt mede de vorm van de bacterie en is bepalend voor de Gramkleurbaarheid [14](#page=14) [18](#page=18). ##### 1.1.2.1 Grampositieve en Gramnegatieve celwanden * **Grampositieve bacteriën** hebben een celwand met grote hoeveelheden peptidoglycaan als bouwsteen, gelegen buiten het celmembraan [14](#page=14). * **Gramnegatieve bacteriën** hebben een celwand die bestaat uit een dunne laag peptidoglycaan en een tweede lipidenmembraan, waarin lipopolysacchariden (LPS) zijn opgenomen [14](#page=14). Het verschil in celwandsamenstelling tussen Grampositieve en Gramnegatieve bacteriën verklaart hun verschillende gevoeligheid voor antibiotica en is de basis voor de Gramkleurbaarheid. Sommige bacteriën, zoals Mycoplasmata en Chlamydiae, hebben geen celwand [14](#page=14). ##### 1.1.2.2 Lipopolysaccharide (LPS) LPS is een belangrijk bestanddeel van de celwand van Gramnegatieve bacteriën en bestaat uit drie delen: lipid A, de core polysacchariden, en de variabele O-antigen suikers. De O-antigen is soort- of type-specifiek en wordt gebruikt voor verdere karakterisering. LPS heeft een krachtige inflammatoire werking en wordt ook wel endotoxine genoemd [15](#page=15). ##### 1.1.2.3 Celwand van mycobacteriën Mycobacteriën hebben een celwand die wordt gevormd door een dichte laag van lange mycolzuren. Dit resulteert in lange overleving in de natuur, resistentie tegen veel antibiotica, en zuurvastheid (toepassing in zuurvaste kleuring). De structuur maakt mycobacteriën nauwelijks verteerbaar voor macrofagen, waardoor ze overleven in het fagolysosoom en moeilijk te bestrijden zijn, met name bij hiv/aids [20](#page=20). #### 1.1.3 Bacterieel genoom Het bacteriële genoom bestaat uit één circulair, dubbelstrengs DNA-chromosoom dat compact is opgevouwen door middel van supercoiling, gefaciliteerd door gyrase en topisomerase enzymen die ook targets zijn voor antibiotica zoals chinolonen. Daarnaast kunnen bacteriën additioneel genetisch materiaal bevatten in de vorm van circulaire plasmiden [21](#page=21). ##### 1.1.3.1 Minimum aantal genen voor leven Prokaryote genomen zijn kleiner dan eukaryote genomen, mede doordat eukaryoten coderen voor niet-eiwit-coderend RNA dat een rol speelt in genexpressie-regulatie. Bacteriële genomen variëren in grootte van 0,5 tot 10 x 10⁶ nucleotiden en bevatten 500 tot 10.000 genen. Bacteriën met de kleinste genomen, zoals mycoplasmata (ca. 500 genen), zijn sterk afhankelijk van eukaryote cellen voor hun overleving. Bacteriën met 4-5 duizend genen, zoals *Escherichia coli* en *Mycobacterium tuberculosis*, bezitten extra genen voor bijvoorbeeld antibioticumresistentie, overleving onder diverse condities, virulentiefactoren, sporevorming en persistentie, wat hen een groot aanpassingsvermogen geeft. Kleine genomen focussen voornamelijk op DNA-replicatie, translatie en energieproductie, terwijl grotere genomen ook regulatiemechanismen bevatten voor signaaltransductie en genexpressie-regulatie [22](#page=22) [23](#page=23) [24](#page=24). #### 1.1.4 Extra structuren * **Kapsel**: Een polysaccharidenlaag rond de celwand die de bacterie beschermt tegen fagocytose [25](#page=25). * **Flagellen**: Zorgen voor beweeglijkheid [25](#page=25). * **Fimbriae**: Aanhechtingsmoleculen die zich binden aan specifieke receptoren, belangrijk voor kolonisatie en virulentie [25](#page=25). #### 1.1.5 Sporen Sporen zijn geen structuren, maar een fysiologische fase van de bacterie die bescherming biedt tegen vijandige omgevingsfactoren zoals warmte, straling en uitdroging. In deze metabool inactieve fase kunnen bacteriën maanden of jaren overleven en bij gunstige omstandigheden terugkeren naar de vegetatieve vorm. Voorbeelden zijn *Clostridium tetani* en *Bacillus anthracis* [28](#page=28). ### 1.2 Bacteriële classificatie en naamgeving De naamgeving en taxonomie van bacteriën, net als bij andere levende wezens, was oorspronkelijk gebaseerd op fenotypische kenmerken. Moderne taxonomie steunt echter meer op genetische gelijkenis, waarbij de mate van verschil omgekeerd evenredig is met de taxonomische verwantschap [40](#page=40). #### 1.2.1 Vorm van bacteriën en Gramkleuring De vorm van de meeste bacteriën is bolvormig (kok) of staafvormig (bacil). Soms komen meer specifieke vormen voor, zoals fusiform, kommavormig of spirocheet. De Gramkleuring, ontwikkeld door de microbioloog Gram, is een fundamentele techniek om bacteriën te onderscheiden in Grampositief (blauw) en Gramnegatief (rood) op basis van verschillen in de peptidoglycaansamenstelling van de celwand. De vier basisgroepen bacteriesoorten zijn Grampositieve en Gramnegatieve kokken en staven. Verdere details, zoals de rangschikking van kokken in kettingen (streptokokken) of trosjes (stafylokokken), helpen bij de groepering [18](#page=18) [19](#page=19). #### 1.2.2 Ribosomaal RNA (rRNA) als leidraad voor taxonomie Het gen voor het ribosomale 16S-rRNA is een ideale sequentie voor het bestuderen van taxonomische verwantschap. Dit RNA heeft een cruciale structurele functie in het ribosoom en ondergaat langzame veranderingen (mutaties). Sommige regio's van het 16S-rRNA muteren langzamer en bevatten conservatieve sequenties, terwijl andere regio's meer variatie vertonen. Deze variatie weerspiegelt de evolutieduur en wordt gebruikt voor taxonomische indeling op het niveau van genus en species [41](#page=41). #### 1.2.3 Naamswijzigingen in de taxonomie Nieuwe taxonomische inzichten, gebaseerd op genetische analyses, hebben geleid tot de herindeling van bacteriën en bijbehorende naamswijzigingen. Voorbeelden hiervan zijn [42](#page=42): * *Actinobacillus actinomycetemcomitans* werd *Aggregatibacter actinomycetemcomitans*. * *Haemophilus aphrophilus* werd *Aggregatibacter aphrophilus*. * *Pseudomonas maltophilia* werd eerst *Xanthomonas maltophilia* en vervolgens *Stenotrophomonas maltophilia*. * *Pseudomonas cepacia* werd *Burkholderia cepacia*. * Veel anaerobe Gramnegatieve staven, voorheen ingedeeld in het genus *Bacteroides*, zijn nu verdeeld over diverse genera zoals *Bacteroides*, *Prevotella*, *Porphyromonas*, en *Tannerella*. Ook bij streptokokken en corynebacteriën zijn vele andere voorbeelden te vinden. *Pneumocystis carinii* werd geclassificeerd als een schimmel (*Pneumocystis jerevecii*) [42](#page=42). #### 1.2.4 Schrijfwijze van bacterienamen * **Latijnse namen**: Genusnaam wordt cursief geschreven, bijvoorbeeld *Paromoxyvirus* [43](#page=43). * **Namen in het Nederlands (NL) en Engels (EN)**: Virussen worden niet cursief geschreven, zoals mazelen virus (NL) of measles virus (EN) [43](#page=43). * **Bacteriën, gisten, schimmels, protozoa, diersoorten**: Genusnaam met een hoofdletter, speciesnaam met een kleine letter, beide cursief. Bijvoorbeeld: *Staphylococcus aureus* [43](#page=43). * **Pseudomonas spp.** betekent "Pseudomonas soorten", waarbij 'spp.' niet cursief is [43](#page=43). * **Uitzondering**: Salmonella Panama, waarbij Panama een serovar aanduidt en geen species [43](#page=43). > **Tip:** Het correct toepassen van de Gramkleuring is essentieel voor de initiële classificatie van bacteriën en kan helpen bij het kiezen van geschikte antibiotica [14](#page=14). > > **Tip:** Het begrijpen van de structuur van de celwand, met name het verschil tussen Grampositieve en Gramnegatieve bacteriën, is cruciaal voor het verklaren van hun pathogene eigenschappen en hun reactie op antimicrobiële middelen [14](#page=14). > > **Tip:** Plasmiden kunnen genetische informatie bevatten die bacteriën resistent maakt tegen antibiotica of andere voordelen biedt, wat hun snelle aanpassing en overleving bevordert [21](#page=21). > > **Tip:** Let bij het bestuderen van taxonomische veranderingen op de evolutie van onze kennis en hoe genetische data de klassificatie beïnvloedt [40](#page=40). --- # Bacterieel metabolisme, groei en adaptatie Dit gedeelte beschrijft hoe bacteriën hun energie en bouwstoffen omzetten, hoe ze zich voortplanten en hoe ze zich aanpassen aan veranderende omgevingscondities. ### 2.1 Bacterieel metabolisme Bacteriën zijn in staat organische moleculen om te zetten, wat onder andere energieproductie tot gevolg heeft. Ze kunnen de omgeving beïnvloeden door de productie van metabolieten. Dit kan buiten het lichaam plaatsvinden, zoals bij de fermentatie van voedingsmiddelen (yoghurt, bier, kaas, wijn, cacao, salami) of in industriële processen zoals de productie van citroenzuur door *Aspergillus niger* en compostomzetting. In het lichaam dragen zure metabolieten van lactobacillen, gevormd door de afbraak van glycogeen, bij aan een zure pH in de vagina. Een tegengesteld voorbeeld is *Helicobacter pylori*, dat zich op de maagmucosa kan handhaven door lokaal maagzuur te neutraliseren via enzymatische productie van ammoniak. Bacteriën produceren ook enzymen/eiwitten die de omgeving beïnvloeden (bv. hyaluronidase, coagulase) en toxines die gastheercellen (neurotoxines, enterotoxines) of andere bacteriën (bacteriocines) beschadigen [29](#page=29). ### 2.2 Bacteriële celgroei Bacteriële groei, wat neerkomt op celdeling, kan leiden tot logaritmische vermenigvuldiging tot grote aantallen in korte tijd. Onder optimale omstandigheden kan een deling elke 20-30 minuten plaatsvinden. De groeicurve van bacteriën kenmerkt zich door verschillende fasen [30](#page=30): * **Lag-fase:** Een adaptatiefase waarin genexpressie wordt aangepast [30](#page=30). * **Logaritmische groeifase:** Exponentiële toename van het aantal bacteriën [30](#page=30). * **Stationaire fase:** Bereikt wanneer voedingsbronnen uitgeput raken [30](#page=30). * **Sterffase:** Wanneer het afsterven van bacteriën begint te domineren [30](#page=30). #### 2.2.1 Celdeling van bacteriën Celdeling is het fundamentele proces van bacteriële voortplanting, wat leidt tot een exponentiële toename van de populatie onder gunstige omstandigheden [30](#page=30). #### 2.2.2 Invloed van de omgeving op groei De groei van bacteriën wordt sterk beïnvloed door diverse omgevingsfactoren [31](#page=31). ##### 2.2.2.1 Invloed van zuurtegraad (pH) De optimale pH-omgeving varieert sterk per bacteriesoort. *Streptococcus mutans*, de veroorzaker van cariës, gedijt goed in zure omgevingen, terwijl andere bacteriën specifieke alkalische of neutrale omstandigheden prefereren [31](#page=31). ##### 2.2.2.2 Invloed van temperatuur Elke bacterie heeft een optimale groei temperatuur, met minimum- en maximumgrenzen. Humane pathogenen en commensalen groeien doorgaans het snelst rond 36,5 °C. Koorts kan de groeisnelheid van veel bacteriën vertragen, en opslag in de koelkast kan leiden tot trage groei [31](#page=31). ##### 2.2.2.3 Invloed van zuurstof (O₂) en kooldioxide (CO₂) * **Obligaat aeroob:** Bacteriën die zuurstof nodig hebben voor hun groei, zoals *Mycobacterium tuberculosis* [31](#page=31). * **Facultatief aeroob/anaeroob:** Bacteriën die zowel in aanwezigheid als afwezigheid van zuurstof kunnen groeien [31](#page=31). * **Anaeroob:** Bacteriën waarbij zuurstof toxisch is; de gevoeligheid varieert, van strikt anaeroob tot soorten die beperkte zuurstof verdragen (bv. in abcessen) [31](#page=31). * **Capnofiel:** Bacteriën die beter groeien in een omgeving met hoge CO₂-spanning, zoals *Haemophilus* [31](#page=31). Het begrijpen van deze fysiologische eisen is cruciaal voor de geneeskunde en diagnostiek, met name voor kweekomstandigheden in het laboratorium en het overleven van bacteriën in monsters tijdens transport [31](#page=31). ##### 2.2.2.4 Invloed van osmotische druk De osmotische druk van de omgeving kan de groei van bacteriën beïnvloeden [31](#page=31). ### 2.3 Fenotypische variatie en adaptatie Bacteriën passen hun metabole wegen aan op basis van de omgevingsomstandigheden. Dit wordt geïllustreerd door het voorbeeld waarbij na uitputting van glucose, een nieuw substraat wordt aangeboord waarvoor nieuwe enzymen nodig zijn. Dit leidt tot een knik in de groeicurve, die de tijd weerspiegelt die nodig is om bijvoorbeeld het lac-operon in te schakelen [32](#page=32). #### 2.3.1 Het operon model: genexpressieregulatie Het operon model legt uit hoe genexpressie bij bacteriën gereguleerd wordt. Wanneer glucose aanwezig is, wordt deze eerst verbruikt, zelfs als andere suikers zoals lactose ook aanwezig zijn. Pas als glucose is uitgeput, wordt lactose als energiebron gebruikt indien aanwezig. Het lactose metabolisme wordt gestuurd door een feedbackmechanisme in het repressor-activatorsysteem. Bij activatie wordt de transcriptie van lactose-afbrekende enzymen gestimuleerd. Bij repressie (door glucose aanwezigheid of afwezigheid van lactose) kan RNA polymerase niet binden, waardoor er geen transcriptie plaatsvindt en de lactose-afbrekende enzymen verdwijnen. De repressor (LacI) wordt geïnactiveerd door lactose. Dit mechanisme toont aan hoe de bacteriële cel zijn metabole wegen aanpast aan de omgevingscondities [33](#page=33). #### 2.3.2 Planktonische versus sessiele bacteriën Klassiek worden bacteriën bestudeerd in proefbuisjes in "planktonische vorm", in reincultuur en in de exponentiële fase. In deze ideale omstandigheden worden hun fysiologische, morfologische, pathogene en antibioticagevoeligheidskenmerken beschreven. Echter, in de reële situatie komen bacteriën voor in gemengde culturen, onder suboptimale of vijandige omstandigheden, of metabool inactief. Ze kunnen ook sessiel zijn in plaats van planktonisch. Dit leidt ertoe dat hun gedrag *in vivo* of *in loco* afwijkt van labvoorspellingen, en ze soms meer of minder virulent en resistenter tegen antibiotica kunnen zijn. Diverse fenomenen illustreren deze fenotypische variaties [34](#page=34): * **Persisters:** Een staat van verminderde metabole activiteit waardoor bacteriën ongevoelig worden voor antibiotica. Dit is een actief overlevingsmechanisme, niet passief [34](#page=34). * **Sporen:** Een vorm van duurzame overleving (zie hoger in de tekst) [34](#page=34). * **Fenotypisch switchen ('bet hedging'):** Een populatie bestaat uit subpopulaties, waarvan er één klaar is voor een nieuwe, uitdagende omgeving, mogelijk ten koste van optimale aanpassing aan de huidige, en een andere voor noodsituaties [34](#page=34). * **Biofilm en quorum sensing:** Deze worden hierna verder behandeld [34](#page=34). #### 2.3.3 Biofilm en quorum sensing **Quorum sensing** is een proces waarbij bacteriën de dichtheid van hun populatie monitoren via boodschappermoleculen. Wanneer deze moleculen een kritische concentratie bereiken, worden bepaalde metabole pathways in- of uitgeschakeld. Dit leidt tot een veranderd metabolisme, zoals verminderde celdeling en verhoogde productie van toxines en slijm. Hierdoor worden biofilms minder gevoelig voor antibiotica en moeilijker te elimineren door macrofagen [35](#page=35). Een **biofilm** is een driedimensionale structuur van bacteriële populaties met drastisch veranderde kenmerken, gekenmerkt door veel slijmproductie en ongevoeligheid voor antibiotica en macrofagen. Af en toe worden mobiele bacteriën losgelaten, mogelijk met een persister fenotype [35](#page=35). > **Tip:** Biofilms spelen een rol bij infecties rond lichaamsvreemde voorwerpen, maar ook bij veel (mogelijk de meeste) weefselinfecties [37](#page=37). #### 2.3.4 Persisters Antibiotica doden bacteriën in een logaritmisch proces. Persisters zijn cellen die door een andere metabole toestand ongevoelig zijn voor antibiotica. Ze overleven en kunnen vervolgens weer metabool actief worden. Dit fenomeen en de consequenties ervan worden verder besproken in het hoofdstuk over antibiotica [38](#page=38). #### 2.3.5 Interacties in biofilm Bacteriën kunnen elkaar in biofilms zowel positief als negatief beïnvloeden. Positieve interacties omvatten het creëren van aanhechtingsplaatsen voor andere soorten of de productie van nuttige metabolieten voor andere bacteriën. Negatieve interacties zijn onder meer competitie om ruimte en voedsel, het veranderen van de omgeving door metabolieten, of directer via antibacteriële middelen zoals bactericines of andere 'antibiotica'. De normale flora beschermt zich op deze manier tegen kolonisatie door pathogenen. Interacties met het menselijk lichaam worden in andere hoofdstukken behandeld [39](#page=39). --- # Virussen: classificatie en levenscyclus Dit onderwerp verkent de classificatie en structuur van virussen, hun levenscycli, en interacties met het immuunsysteem, medicatie en het risico op oncogene transformatie. ## 3. Virussen: classificatie en levenscyclus Virussen zijn intrinsiek verschillend van bacteriën; ze zijn "dood" en worden pas "levend" wanneer ze de transcriptie- en translatie-machinerie van een gastheercel kunnen gebruiken. De levenscycli van virussen worden toegelicht, inclusief de reacties van medicatie en het aangeboren immuunsysteem [1](#page=1) [22](#page=22). ### 3.1 Classificatie en structuur van een virion #### 3.1.1 Classificatie De classificatie van virussen is een fundamenteel aspect van virologie, hoewel de specifieke criteria hiervoor niet diepgaand worden uitgewerkt op de vermelde pagina's [3](#page=3). #### 3.1.2 Structuur van een virion Een virion, de complete virale deeltje, is de functionele eenheid van een virus. De structuur omvat een genoom, omgeven door een eiwitmantel (capside), en soms een lipideomhulsel (envelop) [3](#page=3). #### 3.1.3 Eigenschappen van virussen Virussen kennen verschillende eigenschappen afhankelijk van hun structuur. Hieronder vallen naakte virussen en virussen met een envelop [3](#page=3). ##### 3.1.3.1 Eigenschappen van naakte virussen Naakte virussen zijn virussen die niet over een lipideomhulsel beschikken [3](#page=3). ##### 3.1.3.2 Eigenschappen van enveloppe virussen Enveloppe virussen bezitten een lipideomhulsel, afgeleid van de gastheercelmembraan [3](#page=3). ##### 3.1.3.3 RNA virussen Deze categorie omvat virussen met een RNA-genoom [3](#page=3). ### 3.2 Levenscycli van virussen De levenscyclus van een virus is een reeks stappen die leiden tot de productie van nieuwe virussen. Dit proces omvat interactie met de gastheercel, replicatie van viraal materiaal en de uiteindelijke vrijzetting van nieuwe virions [3](#page=3). #### 3.2.1 Virale levenscyclus: algemene stappen De algemene virale levenscyclus omvat de volgende stappen: * **Adsorptie:** Binding van het virus aan specifieke receptoren op de oppervlakte van de gastheercel [3](#page=3). * **Penetratie:** Het binnendringen van het virus of zijn genetisch materiaal in de gastheercel [3](#page=3). * **Expressie en replicatie:** Het gebruik van de machinerie van de gastheercel voor de synthese van virale componenten (eiwitten en nucleïnezuren) [3](#page=3). * **Virion productie:** Assemblage van nieuwe virale deeltjes [3](#page=3). * **Release:** Vrijzetting van de nieuwe virions uit de gastheercel [3](#page=3). #### 3.2.2 Mechanismen van interactie met het immuunsysteem Het aangeboren immuunsysteem detecteert virussen via pathogeenherkenningsreceptoren (PRRs) die virale moleculaire patronen herkennen. Dit leidt tot de inductie van interferon-gestimuleerde genen (ISGs), die antivirale effecten uitoefenen [3](#page=3). #### 3.2.3 Specifieke virale levenscycli en mechanismen * **Lytische levenscyclus van bacteriofaag:** Een levenscyclus waarbij de gastheercel wordt vernietigd om nieuwe virussen vrij te laten [3](#page=3). * **Temperate bacteriofaag levenscyclus:** Deze lifecyclus kan leiden tot integratie van het virale genoom in het bacteriële genoom (lysogenie) of tot een lytische cyclus [3](#page=3). * **Levenscyclus van dierlijke virussen:** Dit omvat de algemene stappen van adsorptie, penetratie, expressie, replicatie, productie en release [3](#page=3). * **Expressie en replicatie van HCV (Hepatitis C virus):** Specifieke mechanismen van HCV replicatie en expressie [3](#page=3). * **Expressie en replicatie van HIV (Human Immunodeficiency Virus):** Specifieke mechanismen van HIV replicatie en expressie, waaronder integratie in humaan DNA [1](#page=1) [3](#page=3). #### 3.2.4 Virale genomen en genen Virale genomen kunnen variëren in grootte. Sommige virussen, zoals HBV, coderen slechts voor een klein aantal eiwitten, terwijl andere, zoals CMV, coderen voor meer dan tweehonderd eiwitten. Het minimum aantal genen nodig voor een levend organisme is een relevant concept, waarbij bacteriële genomen een duidelijk verband hebben tussen genoomgrootte en aantal genen, in tegenstelling tot eukaryoten [22](#page=22). #### 3.2.5 Oncogene transformatie en latentie Virussen kunnen de gastheercel transformeren tot een kankercel (oncogene transformatie) en kunnen ook perioden van inactiviteit (latentie) doormaken, waarbij het virale genoom geïntegreerd kan zijn in het gastheer-DNA [1](#page=1). ### 3.3 Aantonen van virussen Methoden voor het aantonen van virussen zijn essentieel voor diagnostiek. De aard van de virale genomen en de eiwitten die ze coderen, spelen een rol in deze detectie [3](#page=3). > **Tip:** Begrip van de virale levenscyclus is cruciaal om de aangrijpingspunten voor antivirale medicatie en de reactie van het immuunsysteem te begrijpen. Bestudeer de specifieke stappen voor zowel DNA- als RNA-virussen. > **Tip:** Let goed op de verschillen tussen lytische en temperate levenscycli bij bacteriofagen, aangezien dit fundamentele verschillen in hun interactie met bacteriën met zich meebrengt. > **Voorbeeld:** De latentie van virussen zoals HIV, waarbij het virus zich decennialang in het genoom van de gastheercel kan bevinden alvorens reactivering, illustreert het belang van deze fase in de virale levenscyclus. --- # Genotypische variatie en typering van bacteriën Dit onderwerp verklaart de genetische variatie bij bacteriën, de mechanismen van genetische uitwisseling en het belang van deze verschillen voor epidemiologie en vaccinatie, inclusief gedetailleerde beschrijvingen van serotypering en genotypering [2](#page=2). ### 4.1 Genetische variatie bij bacteriën Genetische variatie bij bacteriën ontstaat niet alleen door gebruikelijke mechanismen van mutatie en selectie, maar ook door de uitwisseling van grote delen erfelijk materiaal. Binnen dezelfde bacteriesoort bestaat aanzienlijke variatie, die groter is dan de variatie binnen een diersoort. Deze variatie kan leiden tot varianten met afwijkende uiterlijke en fysiologische kenmerken, waaronder stammen die toxines produceren, beter aangepast zijn aan een specifieke gastheer, of resistenter zijn tegen antibiotica. Dit is te onderscheiden van fenotypische variatie, die het gevolg is van verschillen in genexpressie ondanks een in principe identiek genoom. Het basisgenoom van een bacteriesoort kan worden aangevuld met chromosomale of extrachromosomale elementen. Sommige van deze genetische pakketten, aangeduid als ‘pathogenicity islands’, bevatten genen die de overleving, adhesie en ziekteverwekkende capaciteit van een stam verbeteren, bijvoorbeeld door de productie van toxines [44](#page=44). #### 4.1.1 Mechanismen van genetische uitwisseling Er zijn diverse mechanismen waardoor bacteriën genetisch materiaal uitwisselen: * **Transformatie:** De spontane opname van DNA uit de omgeving, vaak afkomstig van verwante species, en de integratie ervan in het eigen chromosoom [45](#page=45). * **Transductie:** De overdracht van genen via virussen, specifiek bacteriofagen [45](#page=45). * **Conjugatie:** De overdracht van genen, doorgaans gelegen op extrachromosomaal DNA zoals plasmiden. Deze genen kunnen zich bevinden op transposons, kleine mobiele genetische elementen die kunnen verplaatsen en integreren in specifieke genomische regio's [45](#page=45). * **Transfectie:** Een techniek die voornamelijk *in vitro* wordt toegepast om cellen genetisch materiaal te laten opnemen [45](#page=45). Alle bovengenoemde mechanismen (transformatie, transductie, conjugatie) komen ook *in vivo* voor [45](#page=45). ### 4.2 Belang van genotypische verschillen De genetische diversiteit binnen bacteriesoorten is significant en kan worden benut voor verdere onderscheiding van stammen. Dit is om verschillende redenen van belang [46](#page=46): * **Pathogeniteit:** Bepaalde bacterietypes kunnen pathogener zijn dan andere [46](#page=46). * **Epidemiologie:** Het traceren van de verspreiding van bacteriën binnen een gemeenschap is cruciaal. Dit omvat het vaststellen of stammen in een bestudeerde populatie identiek zijn, of de stam bij een patiënt overeenkomt met die bij een andere patiënt in dezelfde kamer of afdeling, en of stammen vanuit andere landen worden geïntroduceerd [46](#page=46). * **Vaccinatie:** Voor de ontwikkeling van vaccins die beschermende antilichamen opwekken tegen bijvoorbeeld een bacterieel kapsel, is het noodzakelijk om deze kapsels te kennen, te onderscheiden en hun epidemiologische verspreiding te volgen [46](#page=46). Methoden zoals serotypering en genotypering worden gebruikt voor deze onderscheiding. Genotypering kan leiden tot ‘fingerprinting’ met een hoog discriminerend vermogen of volledige genoomsequencing. Stammen die sterk op elkaar lijken, worden aangeduid als klonaal verwante stammen, en identieke stammen vormen een kloon [46](#page=46). ### 4.3 Typering van bacteriën #### 4.3.1 Serotypering van bacteriën Serotypering is gebaseerd op het gebruik van specifieke antilichamen die reageren tegen specifieke (oppervlakkige) moleculen van het micro-organisme [47](#page=47). * **Gram-negatieve bacteriën:** Bezitten een buitenmembraan met lipopolysachariden (LPS), die somatische of O-antigenen bevatten [47](#page=47). * **Kapselantigenen (K-antigenen):** Zowel Gram-positieve als Gram-negatieve bacteriën kunnen een kapsel hebben, wat aanleiding geeft tot K-antigenen [47](#page=47). * **Flagelantigenen (H-antigenen):** Sommige soorten gebruiken flagellen voor voortbeweging, en de eiwitten hiervan worden aangeduid als H-antigenen [47](#page=47). Deze antigenen variëren per soort en ook binnen een soort. Een specifiek serotype binnen een species wordt gedefinieerd door een consistente antigenenformule [47](#page=47). **Voorbeelden van serotypering:** * *Escherichia coli* wordt vaak aangeduid met zijn serotype, zoals *E. coli* O157:H7 of *E. coli* O111:K58:H6. Deze specifieke types zijn indicatief voor de aanwezigheid van bepaalde ‘pathogenicity islands’ die verantwoordelijk zijn voor enteropathogeniteit [47](#page=47). * Bij meningokokken hebben de meeste pathogene stammen een kapsel met een van de drie varianten: type A, B of C. Immuniteit tegen kapsel A biedt geen bescherming tegen B of C, wat de basis vormt voor vaccinaties die gericht zijn op specifieke kapseltypes. De keuze van serotypes voor vaccinatie is gebaseerd op hun epidemiologie [47](#page=47). Het is belangrijk op te merken dat bacteriën van hetzelfde serotype nog steeds aanzienlijke genetische diversiteit kunnen vertonen. Verdere opdeling is mogelijk door middel van aanvullende serotyperingen of genotypering, zelfs tot op individueel stamniveau (fingerprinting). Plasmiden en transposons die virulentie- en resistentiegenen dragen, kunnen deze verdere differentiatie verder bevorderen [47](#page=47). #### 4.3.2 Moleculaire fingerprinting of genotypering Genotypering, ook wel moleculaire fingerprinting genoemd, is gebaseerd op het identificeren van specifieke DNA-sequenties binnen verschillende ‘klonen’. Dit kan worden gerealiseerd met behulp van primers en Polymerase Chain Reaction (PCR), wat resulteert in amplicons van variërende lengtes. Een andere methode is het ‘knippen’ van DNA met restrictie-enzymen, of een combinatie van amplificatie gevolgd door restrictiedigestie. Tegenwoordig wordt steeds meer gebruik gemaakt van next-generation sequencing (NGS) voor de karakterisering van bacteriën, inclusief whole genome sequencing [48](#page=48). --- ## Veelgemaakte fouten om te vermijden - Bestudeer alle onderwerpen grondig voor examens - Let op formules en belangrijke definities - Oefen met de voorbeelden in elke sectie - Memoriseer niet zonder de onderliggende concepten te begrijpen

| Term | Definition | |------|------------| | Bacteriën | Eencellige micro-organismen die essentieel zijn voor een gezond menselijk leven en deel uitmaken van onze microbiële flora, die ons beschermt tegen pathogenen. Ze kunnen hun activiteit aanpassen aan de omgeving, wat klinische implicaties heeft voor hun behandeling. | | Virussen | Obligate intracellulaire parasieten die gastheer-metabolisme gebruiken voor hun expressie en vermenigvuldiging. Ze zijn veel kleiner dan bacteriën en hebben een andere levenscyclus, waarbij ze interactie hebben met het immuunsysteem en medicatie. | | Microbiële flora | De gemeenschap van micro-organismen, voornamelijk bacteriën, die van nature op en in het menselijk lichaam leven. Deze flora speelt een cruciale rol in de gezondheid, onder meer door bescherming tegen infecties en het ondersteunen van diverse lichaamsfuncties. | | Pathogenen | Micro-organismen die ziekte kunnen veroorzaken. Deze kunnen bacteriën, virussen, schimmels of parasieten zijn en hebben specifieke mechanismen om een gastheer te infecteren en schade toe te brengen. | | Antimicrobiële middelen | Stoffen die gebruikt worden om micro-organismen, zoals bacteriën en virussen, te doden of hun groei te remmen. Voorbeelden hiervan zijn antibiotica (tegen bacteriën) en antivirale middelen (tegen virussen). | | Hyperactief | Verwijst naar een toestand van verhoogde metabolische activiteit of snelle groei bij bacteriën. Dit kan een reactie zijn op gunstige omgevingscondities of een specifieke levensfase. | | Slapend (dormant) | Een staat van verlaagde metabolische activiteit bij bacteriën, waardoor ze langdurig kunnen overleven onder ongunstige omstandigheden. Deze "slapende" bacteriën kunnen weer actief worden wanneer de omstandigheden verbeteren. | | Exponentiële groei | Een type groei waarbij de populatiegrootte van bacteriën met een constante factor per tijdseenheid toeneemt, resulterend in een snelle, logaritmische vermenigvuldiging. Dit treedt op onder optimale omstandigheden. | | Quorum sensing | Een communicatiesysteem tussen bacteriën waarbij ze moleculen afscheiden die, bij een bepaalde dichtheid (quorum), de expressie van genen reguleren. Dit kan leiden tot collectieve gedragingen zoals biofilmvorming of de productie van toxines. | | Biofilm | Een gestructureerde gemeenschap van micro-organismen, vaak bacteriën, ingebed in een zelfgeproduceerde matrix van polysachariden en andere macromoleculen. Biofilms bieden bescherming tegen omgevingsstress en antimicrobiële middelen. | | pH-afhankelijkheid | De mate waarin de groei en overleving van bacteriën beïnvloed wordt door de zuurgraad (pH) van hun omgeving. Verschillende bacteriën hebben verschillende optimale pH-bereiken voor groei. | | T-afhankelijkheid | De afhankelijkheid van bacteriële groei van de temperatuur van de omgeving. Elke bacteriesoort heeft een optimaal temperatuurbereik voor groei, evenals minimum- en maximumgrenzen. | | Genetische mechanismen | De processen binnen bacteriën die betrekking hebben op hun erfelijk materiaal (DNA). Dit omvat mutatie, recombinatie en de overdracht van genetisch materiaal, wat leidt tot variatie en adaptatie. | | Muteren | Het proces waarbij veranderingen optreden in de genetische code (DNA) van een organisme. Mutaties kunnen spontaan plaatsvinden of worden geïnduceerd door externe factoren en zijn de bron van genetische variatie. | | Resistentie | Het vermogen van bacteriën om te overleven of te groeien in aanwezigheid van een stof die normaal gesproken hun groei zou remmen of hen zou doden, zoals antibiotica. Dit is vaak het gevolg van genetische aanpassingen. | | Virulentie | De mate waarin een micro-organisme in staat is om ziekte te veroorzaken in een gastheer. Virulente factoren omvatten structuren of toxines die de kolonisatie, invasie en schade aan de gastheer bevorderen. | | Levenscyclus | De reeks ontwikkelingsstadia die een organisme doorloopt vanaf de geboorte tot aan de voortplanting en dood. Bij virussen omvat dit de interactie met een gastheercel voor replicatie en verspreiding. | | Aangeboren immuunsysteem | De eerste verdedigingslinie van het lichaam tegen pathogenen, bestaande uit niet-specifieke mechanismen die direct na blootstelling aan een ziekteverwekker reageren. Dit omvat celulaire en humorale componenten. | | Integratie in humaan DNA | Het proces waarbij het genetisch materiaal van een virus wordt ingebouwd in het DNA van de gastheercel. Dit kan leiden tot latente infecties of transformatie van de cel. | | Latentie | Een periode waarin een virus in de gastheercel aanwezig is maar niet actief repliceert of symptomen veroorzaakt. Het virus kan later reactiveren en een actieve infectie veroorzaken. | | Oncogene transformatie | Het proces waarbij een cel wordt veranderd door een oncogeen, vaak veroorzaakt door virussen of genetische mutaties, wat leidt tot ongecontroleerde celgroei en potentieel kanker. | | Virion | Een volledig gevormd virusdeeltje, bestaande uit genetisch materiaal (DNA of RNA) omgeven door een eiwitmantel (capside) en soms een lipideomhulsel. | | Gramkleuring | Een differentiële kleuringstechniek die wordt gebruikt om bacteriën te classificeren op basis van de samenstelling van hun celwand. Grampositieve bacteriën kleuren blauw, terwijl gramnegatieve bacteriën rood kleuren. | | Peptidoglycaan | Een polymeer dat een cruciaal bestanddeel vormt van de celwand van de meeste bacteriën. De dikte en structuur ervan bepalen de gramkleurbaarheid. | | Lipopolysacchariden (LPS) | Complexe moleculen die een belangrijk onderdeel vormen van de buitenste membraan van gramnegatieve bacteriën. LPS kan een krachtige ontstekingsreactie in de mens veroorzaken en wordt ook wel endotoxine genoemd. | | Mycolzuren | Lange vetzuurketens die kenmerkend zijn voor de celwand van mycobacteriën. Deze componenten dragen bij aan de resistentie van de bacterie tegen omgevingsfactoren en celulaire verdedigingsmechanismen. | | Fagolysosoom | Een intracellulair compartiment dat ontstaat wanneer een fagosoom (een blaasje dat een opgenomen deeltje bevat) fuseert met een lysosoom. Dit is de locatie waar veel micro-organismen door macrofagen worden afgebroken. | | Cytokines | Kleine eiwitten die door immuuncellen worden uitgescheiden en communiceren tussen cellen van het immuunsysteem. Ze spelen een cruciale rol in het reguleren van ontstekingsreacties en immuunresponsen. | | Bacterieel genoom | Het complete genetische materiaal van een bacterie, meestal bestaande uit één circulair dubbelstrengs DNA-molecuul. Het bevat alle genen die nodig zijn voor de levensvatbaarheid en functie van de bacterie. | | Plasmiden | Kleine, circulaire DNA-moleculen die buiten het hoofdchomosoom van een bacterie voorkomen. Plasmiden kunnen genen bevatten die extra voordelen bieden, zoals antibioticaresistentie of de productie van toxines. | | Eukaryoten | Organismen waarvan de cellen een celkern en andere membraangebonden organellen bevatten. Dit omvat dieren, planten, schimmels en protozoa, in tegenstelling tot prokaryoten zoals bacteriën. | | Prokaryoten | Organismen met cellen die geen celkern of membraangebonden organellen hebben. Bacteriën en archaea zijn voorbeelden van prokaryoten. | | miRNA (microRNA) | Kleine niet-coderende RNA-moleculen die een belangrijke rol spelen bij de regulatie van genexpressie door de translatie van messenger-RNA te beïnvloeden. | | Long noncoding RNA's | Lange RNA-moleculen die niet coderen voor eiwitten, maar betrokken zijn bij diverse cellulaire processen, waaronder de regulatie van genexpressie. | | Genoom | Het complete DNA-pakket van een organisme, inclusief alle genen. De grootte en samenstelling van het genoom variëren sterk tussen verschillende soorten. | | Kapsel | Een buitenste laag van polysachariden rond de celwand van sommige bacteriën. Het kapsel beschermt de bacterie tegen fagocytose en andere afweermechanismen van de gastheer. | | Flagellen | Zweepachtige aanhangsels die bacteriën gebruiken voor beweging. De aanwezigheid en structuur van flagellen kunnen variëren tussen verschillende bacteriesoorten. | | Fimbriae | Korte, haarachtige structuren aan het oppervlak van bacteriën die worden gebruikt voor adhesie aan gastheercellen of andere oppervlakken. Ze spelen een belangrijke rol bij kolonisatie en infectie. | | Adhesiemoleculen | Moleculen op het oppervlak van bacteriën die ervoor zorgen dat ze zich hechten aan specifieke receptoren op gastheercellen of andere oppervlakken, wat essentieel is voor kolonisatie en infectie. | | Virulentiefactoren | Factoren die bijdragen aan de pathogeniteit van een bacterie. Dit kan variëren van structuren voor adhesie en invasie tot de productie van toxines. | | Humorale immuniteit | Een onderdeel van het immuunsysteem dat wordt gemedieerd door antilichamen, geproduceerd door B-cellen. Antilichamen kunnen pathogenen neutraliseren, hun fagocytose bevorderen of het complement-systeem activeren. | | Sporen | Een ruststadium van bepaalde bacteriën dat hen beschermt tegen extreme omgevingsomstandigheden zoals hitte, uitdroging en straling. Sporen zijn metabolisch inactief, maar kunnen onder gunstige omstandigheden ontkiemen tot vegetatieve cellen. | | Metabolisme | De biochemische processen die plaatsvinden in een organisme om energie te produceren en essentiële moleculen op te bouwen en af te breken. | | Metabolieten | Stoffen die worden geproduceerd of verbruikt tijdens het metabolisme. Dit kunnen zowel tussenproducten als eindproducten van biochemische reacties zijn. | | Fermentatie | Een anaeroob metabool proces waarbij bacteriën organische stoffen omzetten in energie, vaak met de productie van alcohol, zuren of gassen. Dit proces wordt gebruikt in de voedingsindustrie en voor de productie van diverse producten. | | Sepsis | Een levensbedreigende aandoening die ontstaat wanneer de reactie van het lichaam op een infectie schade toebrengt aan de eigen weefsels en organen. Vaak veroorzaakt door bacteriële infecties. | | Celdeling | Het proces waarbij een bacterie zich voortplant door zich te splitsen in twee identieke dochtercellen. Dit is de primaire vorm van reproductie bij bacteriën. | | Lag fase | De initiële fase van een bacteriële groeicurve waarin de bacteriën zich aanpassen aan een nieuwe omgeving en hun metabolische activiteit en genexpressie aanpassen voordat de actieve groei begint. | | Stationaire fase | Een fase in de bacteriële groeicurve waarin de groei van de populatie stopt, omdat de beschikbare voedingsstoffen uitgeput raken of toxische bijproducten zich ophopen. | | Afsterven | De fase in de bacteriële groeicurve die volgt op de stationaire fase, waarin het aantal afstervende bacteriën groter is dan het aantal nieuwe cellen dat wordt gevormd. | | Zuurtegraad (pH) | Een maat voor de zuurgraad van een oplossing. Veel bacteriën zijn gevoelig voor veranderingen in pH en hebben specifieke pH-bereiken nodig voor optimale groei. | | Osmotische druk | De druk die nodig is om de instroom van water in een cel te voorkomen door osmose. Variaties in osmotische druk kunnen invloed hebben op bacteriële groei en overleving. | | Capnofiel | Bacteriën die beter groeien in een omgeving met een verhoogde concentratie koolstofdioxide ($CO_2$). Dit is relevant voor de kweek en identificatie van bepaalde soorten. | | Obligaat aeroob | Micro-organismen die zuurstof nodig hebben om te groeien. Ze gebruiken zuurstof als terminale elektronenacceptor in hun ademhalingsketen. | | Facultatief anaeroob | Micro-organismen die zowel in aanwezigheid van als in afwezigheid van zuurstof kunnen groeien. Ze kunnen hun metabolisme aanpassen aan de beschikbare zuurstof. | | Strikt anaeroob | Micro-organismen die niet kunnen groeien in aanwezigheid van zuurstof; zuurstof is toxisch voor hen. Ze gebruiken vaak andere terminale elektronenacceptoren dan zuurstof. | | Operon regulatie | Een mechanisme voor genexpressie regulatie bij bacteriën, waarbij een groep genen die gerelateerd zijn aan een specifieke functie, samen onder controle staan van één promotor. Dit maakt gecoördineerde expressie mogelijk. | | Signaaltransductie | Het proces waarbij extracellulaire signalen worden omgezet in intracellulaire reacties, die uiteindelijk leiden tot veranderingen in genexpressie of cellulaire activiteit. | | Dormant | Zie "Slapend". | | Planktonisch | Een levensstijl van bacteriën die vrij zwemmen in een vloeibaar medium, in tegenstelling tot bacteriën die zich hechten aan een oppervlak of in een biofilm leven. | | Sesseel | Een levensstijl van bacteriën die zich hechten aan een oppervlak of aan elkaar, wat vaak leidt tot biofilmvorming. | | Persisters | Een fenotype van bacteriële cellen die ongevoelig zijn voor antibiotica door een verlaagde metabolische activiteit. Deze cellen overleven antibiotische behandelingen en kunnen de infectie hernieuwen. | | Bet hedging | Een evolutionaire strategie waarbij een populatie verschillende subpopulaties heeft met verschillende fenotypen, om zo de kans op overleving in wisselende omgevingscondities te vergroten. | | Taxonomie | De wetenschap van het classificeren en benoemen van organismen. Bij bacteriën omvat dit de indeling in genera, soorten en stammen op basis van genetische en fenotypische kenmerken. | | Linnaeus | Carl Linnaeus, een Zweedse botanicus, arts en zoöloog die de basis legde voor de moderne taxonomie door zijn systeem van binomiale nomenclatuur te ontwikkelen. | | Ribosomaal RNA (rRNA) | RNA-moleculen die een integraal onderdeel vormen van ribosomen, de cellulaire machinerie voor eiwitsynthese. De sequentie van 16S rRNA is zeer nuttig voor taxonomische classificatie van bacteriën. | | 16S rRNA | Een specifieke subunit van ribosomaal RNA, waarvan de sequentie zeer goed bewaard is gebleven en wordt gebruikt voor de taxonomische indeling en identificatie van bacteriën op verschillende niveaus. | | Conservatieve regio's | Gebieden in een DNA- of RNA-sequentie die weinig variatie vertonen tussen verschillende soorten. Deze regio's zijn vaak essentieel voor de functie en worden traag geëvolueerd. | | Variabele regio's | Gebieden in een DNA- of RNA-sequentie die significante variatie vertonen tussen verschillende soorten. Deze regio's weerspiegelen evolutionaire verschillen en kunnen worden gebruikt voor taxonomische classificatie. | | Genotypische verschillen | Genetische verschillen tussen individuen of stammen van een soort. Deze verschillen liggen in de DNA-sequentie en kunnen leiden tot variaties in fenotypische kenmerken. | | Fenotypische verschillen | Verschillen in waarneembare kenmerken tussen individuen of stammen, die het gevolg zijn van zowel genetische als omgevingsfactoren. | | Pathogenicity islands | Grote DNA-regio's op chromosomen of plasmiden die genen bevatten die bijdragen aan de pathogeniteit van een bacterie, zoals genen voor adhesie, invasie en toxineproductie. | | Transformatie (bacterieel) | Een proces waarbij bacteriën DNA uit hun omgeving opnemen en integreren in hun eigen genoom. Dit kan genetische uitwisseling tussen verschillende soorten mogelijk maken. | | Transductie | Het proces waarbij genetisch materiaal van de ene bacterie naar de andere wordt overgebracht via een bacteriofaag (een virus dat bacteriën infecteert). | | Conjugatie | Een proces van directe cel-op-cel overdracht van genetisch materiaal (meestal plasmiden) tussen bacteriën, vaak aangeduid als "bacterieel seks". | | Transposons | Mobiele genetische elementen die hun positie in het genoom kunnen veranderen. Ze kunnen genen kopiëren en elders integreren, wat bijdraagt aan genetische variatie en evolutie. | | Transfectie | Een techniek die wordt gebruikt om genetisch materiaal (zoals DNA of RNA) in cellen te introduceren, meestal in een laboratoriumomgeving. | | Epidemiologie | De studie van de verspreiding, oorzaken en effecten van ziekten in populaties. Bij bacteriën helpt het bij het traceren van infectiebronnen en uitbraken. | | Serotypering | Een methode om bacteriële stammen te classificeren op basis van hun antigeenstructuren, met name de oppervlakte-antigenen zoals O-, K- en H-antigenen. Dit wordt gedaan met behulp van specifieke antilichamen. | | O-antigen | Het lipopolysacharide (LPS) deel van de buitenste membraan van gramnegatieve bacteriën, dat variabel is en wordt gebruikt voor serotypering. | | K-antigen | Het kapsel-antigeen, een polysacharide laag die sommige bacteriën omgeeft en wordt gebruikt voor serotypering. | | H-antigen | Het flagellair antigeen, geassocieerd met flagellen, de beweeglijke structuren van sommige bacteriën. Wordt gebruikt voor serotypering. | | Serovar | Een variant binnen een bacteriesoort die wordt onderscheiden door specifieke antigeenkenmerken, zoals de O-, K- of H-antigenen. | | Genotypering | Een techniek die wordt gebruikt om de genetische samenstelling van bacteriële stammen te analyseren, vaak met behulp van technieken zoals PCR of DNA-sequencing, om verschillen op moleculair niveau te detecteren. | | Fingerprinting (moleculair) | Een vorm van genotypering waarbij DNA-profielen worden gecreëerd die uniek zijn voor specifieke bacteriestammen, waardoor ze nauwkeurig kunnen worden geïdentificeerd en vergeleken. | | Kloon | Een populatie van genetisch identieke individuen, afkomstig van een enkele voorouder. Bij bacteriën verwijst dit naar stammen die zeer nauw verwant zijn. | | Next Generation Sequencing (NGS) | Een groep technologieën die snelle en efficiënte sequencing van DNA of RNA mogelijk maken, wat een revolutionaire impact heeft gehad op de microbiologie en genetica. | | Whole Genome Sequencing (WGS) | Het bepalen van de volledige DNA-sequentie van een organisme, inclusief alle genen en regulerende elementen. Dit biedt een uitgebreid inzicht in de genetische make-up van bacteriën. |