taxinomie et classification.docx (1).pdf

# Principes de taxinomie et de classification des organismes La taxinomie et la classification des organismes visent à organiser le monde vivant en groupes hiérarchiques basés sur des similarités phénotypiques ou des relations évolutives [1](#page=1). ### 1.1 Définition et application de l'espèce Une espèce est traditionnellement définie comme un ensemble d'individus, vivants ou fossiles, qui sont similaires par leurs formes adultes et embryonnaires ainsi que par leur génotype, qui vivent en contact les uns avec les autres, s'accouplent exclusivement entre eux, et demeurent indéfiniment féconds entre eux. L'exemple classique est \_Canis domesticus, le chien. Cette définition s'applique principalement aux animaux et aux végétaux [1](#page=1). > **Tip:** Carl von Linné est le fondateur de la nomenclature binomiale, un système toujours utilisé pour nommer les organismes vivants [1](#page=1). ### 1.2 Défis de classification pour les procaryotes La classification des procaryotes présente des défis uniques. Ils ne se reproduisent pas de manière sexuée, ce qui rend l'application de la définition biologique de l'espèce difficile. De plus, bien qu'il existe différentes formes (bacilles, spirales, etc.), leurs formes sont généralement moins différenciées que chez les eucaryotes, ce qui ne permet pas une définition d'espèce claire basée uniquement sur la morphologie [1](#page=1). ### 1.3 La systémique microbienne La taxonomie est la science de la classification des organismes. La classification elle-même est l'organisation des organismes en groupes de taille croissante (hiérarchiques) [1](#page=1). * Une espèce est composée d'une à plusieurs souches [1](#page=1). * Les espèces similaires sont regroupées en genres [1](#page=1). * Les genres similaires sont regroupés en familles [1](#page=1). * Les familles sont regroupées en ordres [1](#page=1). * Les ordres sont regroupés en classes [1](#page=1). * Ce système remonte jusqu'au domaine, le taxon le plus élevé, basé sur une collection d'informations phénotypiques et génotypiques [1](#page=1). Le manuel de référence pour la classification des bactéries est le "Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology" [1](#page=1). > **Example:** Un exemple de hiérarchie taxinomique est : > > * Domaine : Bacteria > > * Phylum : Proteobacteria > > * Classe : Gammaproteobacteria > > * Ordre : Enterobacteriales > > * Famille : Enterobacteriaceae > > * Genre : Shigella > > * Espèce : \_Shigella dysenteriae [1](#page=1). > ### 1.4 Méthodes d'identification des espèces bactériennes L'identification d'une espèce bactérienne isolée commence souvent par des tests phénotypiques. Ces tests se basent sur les caractéristiques physiques et visuelles de la bactérie ou de sa colonie [1](#page=1). #### 1.4.1 La coloration de Gram Une première étape cruciale est la coloration de Gram, qui permet de distinguer les bactéries en deux grands groupes : * **Gram-positives (Gram +)**: Elles apparaissent violettes et possèdent une membrane plasmique suivie d'une couche épaisse de peptidoglycanes [1](#page=1). * **Gram-négatives (Gram –)**: Elles apparaissent roses et ont une membrane plasmique, une fine couche de peptidoglycanes, et une membrane externe [1](#page=1). * * * # Méthodes d'identification des bactéries L'identification des bactéries repose sur l'application de diverses méthodes qui analysent leurs caractéristiques phénotypiques et génotypiques [1](#page=1) [2](#page=2). ### 2.1 Principes de base de la taxinomie bactérienne La taxinomie est la science de la classification des organismes. Pour les procaryotes, contrairement aux animaux et végétaux qui suivent la définition de l'espèce basée sur la reproduction sexuée, la classification est plus complexe en raison de l'absence de reproduction sexuée et de formes peu différenciées. Une espèce bactérienne est composée d'une ou plusieurs souches, et des espèces similaires sont regroupées en genres, puis en familles, ordres, classes, jusqu'au domaine. Le manuel de référence pour la systématique bactérienne est le "Bergey's Manual of Systematic Bacteriology" [1](#page=1). ### 2.2 Méthodes d'identification phénotypiques Ces méthodes consistent à identifier les bactéries sur la base de leurs caractéristiques physiques observables [1](#page=1). #### 2.2.1 Coloration de Gram La première étape après l'isolement d'une colonie bactérienne est souvent la coloration de Gram. Cette technique permet de distinguer les bactéries en deux grands groupes [1](#page=1): * **Gram-positives (Gram +)**: apparaissent violettes. Elles possèdent une membrane cellulaire et une couche épaisse de peptidoglycanes [1](#page=1). * **Gram-négatives (Gram –)**: apparaissent roses. Elles possèdent deux membranes et une fine couche de peptidoglycanes [1](#page=1). #### 2.2.2 Morphologie Après la coloration de Gram, la forme de la bactérie est examinée. Les formes les plus courantes sont les bacilles (en bâtonnet) et les coques (sphériques), bien qu'il existe d'autres formes. La combinaison de la coloration de Gram et de la morphologie permet déjà de réduire significativement le nombre d'espèces possibles [1](#page=1) [2](#page=2). #### 2.2.3 Tests enzymatiques Pour affiner l'identification, divers tests enzymatiques peuvent être réalisés. Par exemple, pour les coques Gram-positives, la présence de la catalase est un test discriminant [1](#page=1) [2](#page=2): * **Catalase positive**: suggère un \_Staphylococcus [2](#page=2). * **Catalase négative**: pourrait indiquer un \_Streptococcus ou un \_Enterococcus [2](#page=2). > **Tip:** Les clés d'identification dichotomiques (oui/non) basées sur des tests phénotypiques sont utiles mais doivent être utilisées avec prudence, car plusieurs espèces peuvent présenter des réactions similaires [1](#page=1) [2](#page=2). #### 2.2.4 Galerie API Les galeries API sont des systèmes contenant une vingtaine de tests, chacun doté d'un substrat lyophilisé et d'un indicateur de pH. L'inoculation avec une suspension bactérienne permet de révéler si la bactérie est capable d'utiliser tel ou tel substrat par un changement de couleur. Les profils de résultats obtenus permettent d'identifier l'espèce bactérienne, bien que cette méthode ne soit pas phylogénétique et ne soit pas exhaustive face au grand nombre d'espèces bactériennes [2](#page=2). ### 2.3 Spectrométrie de masse MALDI-TOF La spectrométrie de masse, et plus spécifiquement la technique MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - Time Of Flight), est une méthode avancée et rapide, particulièrement utilisée en milieu hospitalier pour confirmer l'identité bactérienne [2](#page=2). #### 2.3.1 Principe de la méthode MALDI-TOF 1. Une colonie isolée est déposée sur une plaque MALDI [2](#page=2). 2. Un faisceau laser est appliqué sur la colonie, ionisant les protéines présentes, notamment les protéines ribosomales [2](#page=2). 3. Les protéines ionisées traversent un champ électrique [2](#page=2). 4. Le temps qu'il faut aux protéines pour atteindre un détecteur (Time Of Flight - TOF) est mesuré [2](#page=2). 5. Le détecteur génère des pics correspondant à différentes protéines ionisées, formant un spectre unique pour chaque espèce bactérienne [2](#page=2). 6. Ce spectre est comparé à une base de données de spectres de bactéries déjà identifiées pour déterminer l'identité de l'échantillon [2](#page=2). > **Tip:** Bien que coûteux, le MALDI-TOF est une méthode rapide, permettant une identification en 30 à 45 minutes par échantillon, et peut traiter 50 à 200 échantillons par jour et par appareil [2](#page=2). ### 2.4 Méthodes moléculaires Les méthodes moléculaires représentent une autre approche pour l'identification bactérienne, bien que non détaillée dans les pages fournies [2](#page=2). * * * # Approches moléculaires pour la classification bactérienne Voici un résumé détaillé sur les approches moléculaires pour la classification bactérienne, prêt pour un guide d'étude. ## 3\. Approches moléculaires pour la classification bactérienne Les approches moléculaires ont révolutionné la classification bactérienne en s'appuyant sur l'analyse comparative des séquences d'ADN et d'ARN pour établir les relations phylogénétiques entre les organismes. ### 3.1 L'ARN ribosomique 16S : une pierre angulaire de la classification L'ARN ribosomique (ARNr) est un composant essentiel des ribosomes, et son gène codant, l'ARNr 16S, est particulièrement utile pour la classification bactérienne [3](#page=3). #### 3.1.1 Caractéristiques du gène ARNr 16S * **Présence universelle chez les procaryotes:** Ce gène est retrouvé chez tous les procaryotes, ce qui en fait un marqueur moléculaire de choix [3](#page=3). * **Structure conservée et variable:** Le gène ARNr 16S possède des régions hautement conservées, similaires chez la plupart des bactéries, ainsi que des régions variables qui diffèrent entre les espèces. Ces régions variables sont spécifiques à chaque espèce bactérienne et permettent de les distinguer [3](#page=3). * **Taille:** La séquence du gène ARNr 16S compte généralement entre 1000 et 1500 paires de bases (pb), offrant une précision d'identification [3](#page=3). #### 3.1.2 Processus expérimental pour l'identification par ARNr 16S 1. **Extraction d'ADN:** L'ADN est isolé à partir d'une colonie bactérienne inconnue [3](#page=3). 2. **Amplification par PCR:** Le gène codant l'ARNr 16S est amplifié à l'aide d'amorces spécifiques qui ciblent principalement les régions variables [3](#page=3). 3. **Vérification sur gel:** Le produit PCR est analysé sur un gel d'agarose pour confirmer la présence de la bande amplifiée attendue [3](#page=3). 4. **Séquençage:** La bande d'ADN amplifiée est envoyée pour séquençage afin d'obtenir la séquence nucléotidique [3](#page=3). 5. **Comparaison bio-informatique:** La séquence obtenue est comparée à des séquences de référence présentes dans des bases de données utilisant des outils informatiques d'alignement [3](#page=3). #### 3.1.3 Interprétation des résultats et seuils d'identité * **Identité de séquence > 97%:** Indique que les deux colonies appartiennent à la même espèce [3](#page=3). * **Identité de séquence entre 95% et 97%:** Suggère que les deux colonies appartiennent au même genre mais à des espèces différentes [3](#page=3). * **Variations:** Les pourcentages seuils peuvent légèrement varier en fonction des études et des critères utilisés [3](#page=3). #### 3.1.4 Limites de l'approche ARNr 16S * **Manque de discrimination:** Dans certains cas, le gène peut être trop conservé pour distinguer des espèces très proches [3](#page=3). * **Copies multiples du gène:** Certains génomes bactériens peuvent contenir plusieurs copies du gène ARNr 16S, présentant des variations nucléotidiques entre elles, ce qui peut compliquer l'analyse [3](#page=3). > **Tip :** L'utilisation de l'ARNr 16S est une méthode standard et largement adoptée pour l'identification bactérienne en raison de sa conservation et de la disponibilité de vastes bases de données de séquences. ### 3.2 MultiLocus Sequence Typing (MLST) : une résolution accrue Le MLST vise à affiner l'identification bactérienne en augmentant la longueur totale de la séquence analysée par rapport au seul gène ARNr 16S [4](#page=4). #### 3.2.1 Principe du MLST * **Amplification de plusieurs gènes de ménage:** Au lieu d'un seul gène, le MLST amplifie par PCR plusieurs gènes conservés ("gènes de ménage") répartis sur le chromosome bactérien (typiquement 6 à 7 gènes) [4](#page=4). * **Séquençage et concaténation:** Chacun de ces gènes est séquencé individuellement. Les séquences obtenues sont ensuite fusionnées ("concaténées") pour former une seule "méta-séquence" beaucoup plus longue (par exemple, 8000 pb) [4](#page=4). * **Comparaison bio-informatique:** Cette longue séquence concaténée est comparée à des bases de données de références traitées de la même manière pour l'identification bactérienne [4](#page=4). #### 3.2.2 Avantages et désavantages du MLST * **Identification précise:** Permet une identification au niveau de l'espèce et même de la sous-espèce ou de la souche [4](#page=4). * **Coût et complexité:** Moins utilisé aujourd'hui en raison de la diminution drastique des coûts de séquençage des génomes complets [4](#page=4). ### 3.3 Hybridation et comparaison de génomes Historiquement, l'hybridation ADN-ADN était une méthode clé pour évaluer la similarité entre deux génomes afin de déterminer leur appartenance à la même espèce [4](#page=4). #### 3.3.1 Principe de l'hybridation ADN-ADN 1. **Marquage d'un ADN:** L'ADN d'un organisme est marqué (par exemple, radioactivement ou par fluorescence) [4](#page=4). 2. **Hybridation:** L'ADN marqué est mélangé avec l'ADN non marqué d'un autre organisme [4](#page=4). 3. **Mesure du taux d'hybridation:** Le pourcentage d'hybridation entre les deux brins d'ADN est mesuré. Une hybridation élevée indique une forte similarité des séquences [4](#page=4). #### 3.3.2 Seuils d'hybridation et interprétation * **Taux d'hybridation > 75%:** Indique que les deux organismes appartiennent à la même espèce [4](#page=4). * **Taux d'hybridation entre 25% et 75%:** Suggère qu'ils appartiennent au même genre mais à des espèces différentes [4](#page=4). * **Taux d'hybridation < 25%:** Indique qu'ils appartiennent à des genres différents [4](#page=4). #### 3.3.3 Relation avec l'ARNr 16S Il existe une corrélation entre l'hybridation ADN-ADN et la similarité de séquence de l'ARNr 16S; par exemple, une hybridation autour de 70% correspond souvent à une identité de séquence d'ARNr 16S supérieure à 97% [4](#page=4). #### 3.3.4 Évolution de la méthode Cette approche est aujourd'hui largement remplacée par des méthodes bio-informatiques d'hybridation ADN-ADN "in silico" [4](#page=4). ### 3.4 Séquençage et comparaison de génomes complets L'avènement des technologies de séquençage à haut débit a rendu le séquençage complet du génome bactérien abordable et rapide, ouvrant la voie à une classification extrêmement précise [5](#page=5). #### 3.4.1 Processus et avantages * **Séquençage du génome d'intérêt:** Le génome complet de la bactérie est extrait et séquencé [5](#page=5). * **Comparaison "in silico":** Le génome obtenu est comparé aux génomes de toutes les bactéries connues disponibles dans les bases de données, réalisant ainsi une hybridation ADN-ADN virtuelle [5](#page=5). * **Précision élevée:** Permet une identification bactérienne très précise, allant du règne à la souche [5](#page=5). * **Informations fonctionnelles:** Fournit des informations supplémentaires sur le métabolisme, les fonctions bactériennes (pathogénicité, résistance à des conditions extrêmes, etc.) [5](#page=5). * **Identification de nouvelles espèces:** Aide à confirmer ou identifier de nouvelles espèces bactériennes [5](#page=5). > **Tip:** Le coût du séquençage d'un génome complet a chuté de manière spectaculaire, passant d'environ 800 000 dollars américains en 1995 à environ 90 dollars américains en 2024 [4](#page=4). ### 3.5 Phylogénie moléculaire pour les bactéries La phylogénie moléculaire utilise des données moléculaires, principalement des séquences d'ADN ou d'ARN, pour construire des arbres représentant les relations évolutives entre les organismes [5](#page=5). #### 3.5.1 Principes de construction des arbres phylogénétiques * **Base:** Les arbres sont construits en se basant sur le nombre de différences observées dans les séquences de gènes homologues [5](#page=5). * **Objectif:** Identifier les sous-espèces et les souches infra-spécifiques, ce qui est crucial pour des raisons de sécurité et de diagnostic, notamment pour distinguer les souches pathogènes des souches non pathogènes (par exemple, chez \_Escherichia coli) [5](#page=5). #### 3.5.2 Types de caractéristiques utilisées * **Biochimiques (biotype):** Capacité à fermenter certains sucres [5](#page=5). * **Antigéniques (sérotype):** Détection d'antigènes de surface tels que la capsule (K), le flagelle (H) et le lipopolysaccharide (LPS). Par exemple, \_Escherichia coli O157:H7 Stx2+ indique la présence de l'antigène O157, un flagelle de type 7, et le gène Stx2 [5](#page=5) [6](#page=6). * **Génétiques moléculaires (génotype):** Présence ou absence de gènes spécifiques, comme un facteur de virulence [5](#page=5). #### 3.5.3 Test d'agglutination (sérotypage) Ce test permet de détecter la présence d'antigènes spécifiques à la surface des bactéries en utilisant des billes de latex recouvertes d'anticorps. Une agglutination (précipitation) indique la présence de l'antigène recherché (par exemple, O157(+)), tandis que l'absence d'agglutination suggère sa négativité (O157(-)) [6](#page=6). #### 3.5.4 Classification phénétique vs. phylogénétique * **Classification phénétique:** Basée sur l'évaluation mathématique de la ressemblance globale entre organismes, en considérant un grand nombre de caractères phénotypiques. Elle utilise des matrices de similarité et la construction d'arbres basés sur des coefficients calculés à partir de la présence/absence de caractères. Historiquement utilisée jusqu'aux années 1995-2000, elle devient lourde pour un grand nombre d'espèces [6](#page=6) [7](#page=7). * **Classification moléculaire (phylogénie moléculaire):** De plus en plus prépondérante, elle s'appuie sur l'analyse de séquences d'ADN et d'ARN [7](#page=7). #### 3.5.5 Utilisation d'ARNr homologues chez les eucaryotes L'ARN 18S, homologue à l'ARN 16S chez les procaryotes, est utilisé chez les eucaryotes (comme \_Saccharomyces cerevisiae) pour la construction d'arbres du vivant universels, permettant de classer simultanément procaryotes et eucaryotes [7](#page=7). #### 3.5.6 Défis de la phylogénie moléculaire * **Transfert horizontal de gènes:** Les échanges de matériel génétique entre bactéries, qui ne se reproduisent pas sexuellement, peuvent complexifier l'analyse phylogénétique et induire des erreurs si l'arbre est construit sur un seul gène [7](#page=7). #### 3.5.7 Approches moléculaires avancées * **Phylogénie par MLSA (Multi-Locus Sequence Analysis):** L'analyse de plusieurs gènes conservés (similaire au MLST) permet une classification plus robuste au sein d'une famille ou d'une classe bactérienne [7](#page=7). * **Phylogénie sur base de génomes complets:** L'utilisation de plus de 3000 génomes disponibles permet une précision phylogénétique très élevée [8](#page=8). ### 3.6 Conclusion : intégration des approches pour la classification L'identification des bactéries repose aujourd'hui sur une combinaison d'approches : * **Identification au niveau de l'espèce:** Morphologie (bacille/coque, Gram+/-), biochimie (galeries API, MALDI-TOF), et approches moléculaires (ARNr 16S, MLST, génome complet) [8](#page=8). * **Identification infra-spécifique:** Sérologie (antigènes O, H, K) [8](#page=8). * **Classement phylogénétique:** Principalement basé sur les approches moléculaires (séquençage ARNr 16S, MLST, génomes complets) [8](#page=8). Dans tous les cas, la comparaison des séquences avec les bases de données est essentielle pour l'identification, et la construction d'arbres phylogénétiques permet de classer les espèces. La taxonomie bactérienne est un domaine dynamique, susceptible de modifications au fur et à mesure que de nouvelles données sont découvertes [8](#page=8). * * * # Identification et classification au niveau infra-spécifique L'identification et la classification au niveau infra-spécifique permettent de distinguer les différentes souches et sous-espèces d'un organisme, ce qui est crucial pour des applications telles que l'identification des agents pathogènes. Ces distinctions sont réalisées en utilisant diverses méthodes fonctionnelles et moléculaires [5](#page=5). ### 4.1 Méthodes d'identification et de classification au niveau infra-spécifique Pour distinguer les souches et sous-espèces, plusieurs approches sont utilisées, qu'elles soient basées sur des fonctions ou sur des caractéristiques génétiques [5](#page=5). #### 4.1.1 Fonctions et attributs utilisés Les caractéristiques observables ou mesurables qui permettent de différencier les organismes au niveau infra-spécifique incluent : * **Fonctions biochimiques (biotype)**: Il s'agit de la capacité d'une bactérie à réaliser certaines réactions chimiques, comme la fermentation de sucres spécifiques [5](#page=5). * **Antigénique (sérotype)** : Cette approche repose sur la détection d'antigènes présents à la surface des bactéries. Les principaux antigènes utilisés pour la classification de \_Escherichia coli sont : * **K**: Antigène de la capsule [5](#page=5). * **H**: Antigène des flagelles [5](#page=5). * **O**: Antigène du lipopolysaccharide (LPS) [5](#page=5). * **Génétique moléculaire (génotype)**: Cette méthode analyse la présence ou l'absence de gènes spécifiques, tels que ceux codant pour des facteurs de virulence [5](#page=5). > **Exemple:** \_Escherichia coli pathogène peut être identifiée par son sérotype O157, indiquant la présence de l'antigène O157 au niveau du LPS. Si le sérotype du flagelle est de type 7 (H7) et qu'elle possède le gène \_stx2 codant pour une toxine (Stx2+), cela la caractérise davantage [5](#page=5) [6](#page=6). #### 4.1.2 Test d'agglutination pour la sérologie Le test d'agglutination est une méthode couramment utilisée pour détecter la présence ou l'absence d'antigènes spécifiques [6](#page=6). * **Principe**: Le test utilise des billes de latex recouvertes d'anticorps spécifiques à un antigène d'intérêt (par exemple, l'antigène O157). Ces billes sont mélangées avec la souche bactérienne à tester [6](#page=6). * **Interprétation** : * **Souche négative (O157-)**: Si aucun antigène O157 n'est présent à la surface de la bactérie, les anticorps sur les billes de latex ne se lient pas à la bactérie, et il n'y a pas d'agglutination. Les billes restent en suspension [6](#page=6). * **Souche positive (O157+)**: Si l'antigène O157 est présent, les anticorps sur les billes de latex se lient à cet antigène, entraînant une agglutination (précipitation) visible. Cela se manifeste par la formation d'agrégats dans un puits, par opposition à un milieu limpide pour une souche négative [6](#page=6). #### 4.1.3 Approches génomiques Le séquençage et la comparaison de génomes entiers fournissent une résolution sans précédent pour l'identification bactérienne, allant du règne jusqu'à la souche. L'hybridation ADN-ADN \_in silico (sur ordinateur) entre le génome d'intérêt et ceux d'autres bactéries connues permet d'évaluer leur similarité de séquence. Une forte similarité indique qu'elles appartiennent à la même espèce. Ces approches permettent également d'obtenir des informations supplémentaires sur le métabolisme et les fonctions des bactéries (pathogénicité, résistance à des conditions extrêmes, etc.) [5](#page=5). #### 4.1.4 Phylogénie moléculaire La phylogénie moléculaire construit des arbres basés sur le nombre de différences dans la séquence de gènes homologues. Un dendrogramme "universel" basé sur les ARN ribosomiques (ARNr) illustre la diversité du vivant et montre que la majorité des organismes sont des micro-organismes. Cette approche est fondamentale pour la taxinomie, c'est-à-dire pour déterminer la place d'une espèce au sein de l'arbre du vivant [5](#page=5) [6](#page=6). > **Tip:** Les approches moléculaires, notamment la phylogénie moléculaire, sont devenues prépondérantes par rapport aux méthodes de classification phénétique [6](#page=6). ### 4.2 De l'identification à la classification phylogénétique La classification phylogénétique vise à établir les relations évolutives entre les organismes. #### 4.2.1 Classification phénétique La classification phénétique est une discipline basée sur l'évaluation mathématique de la ressemblance globale entre organismes, en considérant un maximum de caractères phénotypiques de manière équivalente [6](#page=6). #### 4.2.2 Phylogénie moléculaire Contrairement à la classification phénétique qui peut se baser sur le phénotype, la phylogénie moléculaire se concentre sur les séquences d'ADN ou d'ARN pour établir les liens évolutifs. La construction d'arbres phylogénétiques à partir de ces données permet de visualiser et de quantifier les divergences entre organismes, offrant ainsi une classification plus précise et rigoureuse [5](#page=5) [6](#page=6). * * * ## Erreurs courantes à éviter * Révisez tous les sujets en profondeur avant les examens * Portez attention aux formules et définitions clés * Pratiquez avec les exemples fournis dans chaque section * Ne mémorisez pas sans comprendre les concepts sous-jacents

| Term | Definition | |------|------------| | Taxinomie | La science de la classification des organismes, qui vise à organiser le monde vivant en groupes hiérarchiques basés sur leurs caractéristiques. | | Espèce | Un groupe d'individus (vivants ou fossiles) présentant des similitudes morphologiques, embryonnaires et génotypiques, capables de se reproduire entre eux et de produire une descendance fertile. | | Nomenclature binomiale | Un système de dénomination scientifique des espèces créé par Carl von Linné, où chaque organisme est désigné par deux noms : le genre et l'espèce. | | Procaryotes | Organismes unicellulaires dont les cellules ne possèdent pas de noyau défini ni d'organites membranaires. Les bactéries en sont un exemple. | | Systématique microbienne | Le domaine de la microbiologie qui s'occupe de la classification, de la nomenclature et de la taxonomie des micro-organismes, en particulier les bactéries. | | Phénotypique | Désigne les caractéristiques observables d'un organisme, résultant de l'interaction entre son génotype et son environnement. | | Génotypique | Se réfère à la constitution génétique d'un organisme, c'est-à-dire l'ensemble de ses gènes. | | Coloration de Gram | Une méthode de coloration différentielle utilisée pour classifier les bactéries en deux grands groupes : Gram-positives (qui retiennent le colorant violet) et Gram-négatives (qui prennent la couleur rose ou rouge). | | Catalase | Une enzyme qui catalyse la décomposition du peroxyde d'hydrogène en eau et en oxygène, souvent utilisée comme test pour distinguer certains groupes bactériens. | | MALDI-TOF | Spectrométrie de masse à désorption/ionisation laser assistée par matrice, une technique rapide utilisée pour identifier les micro-organismes en analysant leur profil protéique. | | TOF (Time of Flight) | Temps de vol, une mesure du temps nécessaire à une particule ionisée pour voyager à travers un champ électrique jusqu'à un détecteur, utilisé dans la spectrométrie de masse pour déterminer la masse des ions. | | ARN ribosomique (ARNr) | Composant majeur des ribosomes, les structures cellulaires responsables de la synthèse des protéines. Le gène codant l'ARNr 16S est couramment utilisé en taxonomie bactérienne. | | PCR (Polymerase Chain Reaction) | Technique de biologie moléculaire permettant d'amplifier de manière exponentielle des fragments d'ADN spécifiques. | | Gène | Une unité fondamentale de l'hérédité, constituée d'une séquence d'ADN qui code pour une protéine ou une molécule d'ARN fonctionnelle. | | Séquençage | Détermination de l'ordre des nucléotides (A, T, C, G) dans une molécule d'ADN ou d'ARN. | | Base de données | Une collection organisée d'informations, utilisée ici pour comparer des séquences bactériennes connues avec celles d'échantillons inconnus. | | MLST (MultiLocus Sequence Typing) | Une méthode d'identification des souches bactériennes basée sur le séquençage de plusieurs gènes conservés, permettant une discrimination plus fine que le séquençage d'un seul gène. | | Hybridation ADN-ADN | Une technique de biologie moléculaire utilisée pour comparer la similarité entre les génomes de deux organismes en mesurant le degré d'hybridation entre leurs brins d'ADN complémentaires. | | Phylogénie moléculaire | L'étude des relations évolutives entre les organismes basée sur les différences et les similitudes dans leurs séquences d'ADN, d'ARN ou de protéines. | | Dendrogramme | Un diagramme en forme d'arbre représentant les relations phylogénétiques entre un ensemble d'organismes, basé sur des mesures de similarité ou de divergence. | | Phénétique | Une classification basée sur l'évaluation mathématique de la ressemblance globale entre les organismes, en considérant un grand nombre de caractères phénotypiques. | | Sérotype | Un groupe d'organismes partageant des antigènes communs à la surface, permettant leur identification par des réactions immunitaires spécifiques. | | Antigène | Une substance qui déclenche une réponse immunitaire, souvent utilisée pour identifier et différencier des souches bactériennes. Les antigènes O, H et K sont couramment étudiés chez *Escherichia coli*. | | LPS (Lipopolysaccharide) | Un composant majeur de la membrane externe des bactéries à Gram négatif, souvent impliqué dans la pathogénicité et utilisé comme antigène (antigène O). | | Flagelle | Appendice filiforme mobile présent à la surface de certaines bactéries, impliqué dans la locomotion et utilisé comme antigène (antigène H). | | Capsule | Une couche externe généralement polysaccharidique qui entoure la paroi cellulaire de certaines bactéries, jouant un rôle dans la virulence et l'identification (antigène K). | | Transfert horizontal de gènes | Le transfert de matériel génétique entre organismes sans reproduction sexuée, un phénomène qui peut compliquer l'analyse des arbres phylogénétiques bactériens. | | Génomique | L'étude de l'ensemble des gènes d'un organisme (son génome), incluant leur structure, leur fonction, leur évolution et leur cartographie. | | Souche | Une population de cellules dérivées d'une seule cellule ou d'un seul isolat, présentant des caractéristiques génétiques et phénotypiques spécifiques. |