INF 2B Virussen

# Bacteriën en hun eigenschappen Dit onderwerp verkent de fundamentele aard van bacteriën, hun classificatie, hun indrukwekkende aanpassingsvermogen aan diverse omgevingen, de regulatie van hun groei, en de genetische mechanismen die ten grondslag liggen aan mutatie en de ontwikkeling van resistentie [1](#page=1). ### 1.1 De bacterie als micro-organisme Bacteriën zijn micro-organismen met specifieke eigenschappen die cruciaal zijn voor hun overleving en interactie met hun omgeving, waaronder het menselijk immuunsysteem en antimicrobiële middelen [1](#page=1). #### 1.1.1 Concept van species en taxonomie Het concept van een bacteriespecies, samen met hun taxonomische indeling, vormt de basis voor hun classificatie en begrip [1](#page=1). #### 1.1.2 Aanpassingsvermogen en genexpressie Bacteriën kunnen schakelen tussen verschillende activiteitsniveaus, variërend van hyperactief tot slapend of zelfs tijdelijk inactief, afhankelijk van de omgevingscondities. Dit flexibele aanpassingsvermogen stelt hen in staat om specifieke sets van genen te activeren die nodig zijn voor overleving in diverse omgevingen [1](#page=1). #### 1.1.3 Groeiregulatie en groeivereisten De regulatie van bacteriegroei en hun specifieke groeivereisten zijn essentieel om te begrijpen hoe bacteriën reageren op antibiotica en hoe ze gedijen in specifieke niches [1](#page=1). **Factoren die bacteriegroei beïnvloeden:** * Exponentiële groei: Bacteriën kunnen zich exponentieel vermenigvuldigen onder optimale omstandigheden [1](#page=1). * Quorum sensing: Dit is een communicatiemechanisme waarbij bacteriën de dichtheid van hun populatie detecteren om collectief gedrag te coördineren [1](#page=1). * Biofilmvorming: Bacteriën kunnen zich nestelen in biofilms, gemeenschappen die hen beschermen tegen omgevingsstress en antimicrobiële middelen [1](#page=1). * Afhankelijkheid van pH en temperatuur: Bacteriële groei is sterk afhankelijk van specifieke pH-waarden en temperaturen [1](#page=1). > **Tip:** Het begrijpen van deze groeifactoren is cruciaal voor het ontwikkelen van effectieve strategieën tegen bacteriële infecties. ### 1.2 Genetische mechanismen voor adaptatie Bacteriën beschikken over gespecialiseerde genetische mechanismen die hen in staat stellen snel te muteren en resistentie en virulentie te ontwikkelen [1](#page=1). #### 1.2.1 Mutatie en resistentieontwikkeling Snelle mutatie is een sleutelmechanisme waarmee bacteriën zich aanpassen aan veranderende omstandigheden, wat kan leiden tot de ontwikkeling van resistentie tegen bijvoorbeeld antibiotica [1](#page=1). #### 1.2.2 Virulentieontwikkeling Net zoals resistentie, kunnen bacteriën ook hun virulentie, oftewel hun vermogen om ziekte te veroorzaken, genetisch aanpassen en ontwikkelen [1](#page=1). --- # Structuur en classificatie van virussen Virussen zijn obligate intracellulaire parasieten die ondanks hun eenvoudige structuur en afhankelijkheid van gastheercellen een belangrijke rol spelen in de geneeskunde, en hun indeling is daarom medisch relevant [2](#page=2) [6](#page=6). ### 2.1 Definitie en algemene kenmerken Virussen worden gekenmerkt door hun status als obligate intracellulaire parasieten. Ze zijn infectieus en kunnen hun genoom introduceren in een gastheercel, waarna ze voor replicatie volledig afhankelijk zijn van de machinerie van deze cel. Virussen bezitten geen eigen celstructuur of organellen. Hun erfelijk materiaal bestaat uit RNA of DNA, dat enkelstrengs (ss) of dubbelstrengs (ds) kan zijn en één of meerdere chromosomen kan bevatten. Dit genetisch materiaal is verpakt in een eiwitmantel, gezamenlijk met eventuele structurele eiwitten, nucleïnezuur bindende eiwitten en enzymes, vormt dit het nucleocapside [2](#page=2) [3](#page=3). ### 2.2 Structuur van een virion Een virion, het complete virusdeeltje, kan naakt zijn of omgeven worden door een enveloppe [2](#page=2) [3](#page=3). #### 2.2.1 Naakte virussen Bij naakte virussen bestaat het virion uitsluitend uit een nucleocapside [3](#page=3). #### 2.2.2 Virussen met een enveloppe Virussen met een enveloppe bestaan uit een nucleocapside dat omgeven is door een membraan. Dit membraan bevat vaak glycoproteïnen die fungeren als receptoren voor de binding aan gastheercellen. Onder het membraan bevinden zich doorgaans matrix-eiwitten [3](#page=3). ### 2.3 Grootte en filtratie De grootte van virussen varieert aanzienlijk, van ongeveer 20 nanometer (nm) tot 100 nm. De genoomgrootte varieert van 3 kilobase (kb) tot meer dan 600 kb, waarbij RNA-virussen over het algemeen kleiner zijn. Vanwege hun kleine omvang kunnen virussen worden tegengehouden door filtratie. Bacteriële filters met poriegroottes van 0,45 µm tot 0,2 µm kunnen virussen verwijderen, hoewel deze filters primair bedoeld zijn om bacteriën en mycoplasma's te scheiden. Nanofiltratie, met fijnere membranen, wordt gebruikt om virusvrije eiwitoplossingen te verkrijgen, zoals bij de zuivering van stollingsfactoren uit bloed [4](#page=4). ### 2.4 Classificatie van virussen De indeling van virussen is van groot medisch belang. De classificatie is voornamelijk gebaseerd op twee criteria: het type genoom en de aanwezigheid van een membraan (enveloppe) [6](#page=6). #### 2.4.1 Classificatie op basis van genoomtype Het type genetisch materiaal (DNA of RNA, enkelstrengs of dubbelstrengs) is een cruciaal element in de classificatie van virussen. Deze indeling is de meest relevante voor medische toepassingen [2](#page=2) [6](#page=6). #### 2.4.2 Classificatie op basis van de aanwezigheid van een membraan Het al dan niet aanwezig zijn van een lipide dubbellaag rond het nucleocapside (enveloppe) is eveneens een medisch relevant classificatiecriterium [6](#page=6). > **Tip:** Begrijpen van de structuur van een virus, inclusief de aard van het genoom en de aanwezigheid van een enveloppe, is essentieel voor het begrijpen van hun infectiecycli, diagnostiek en behandelstrategieën. > **Example:** Virussen zoals het coronavirus en influenzavirus worden gekenmerkt door de aanwezigheid van een enveloppe, terwijl bacteriële faag T4 een naakt virus is. Parvovirus B19 is een voorbeeld van een klein, naakt virus met een DNA-genoom [5](#page=5) [6](#page=6). --- # Virale levenscyclus en interactie met het immuunsysteem De virale levenscyclus omvat een reeks essentiële stappen van virusinfectie tot de productie van nieuwe virale deeltjes, waarbij het immuunsysteem een cruciale rol speelt in zowel de verdediging als de interactie met het virus. ### 3.1 De virale levenscyclus De virale levenscyclus wordt opgedeeld in verschillende, deels simultane stappen, die inzicht geven in de infectieprocessen en aangrijpingspunten voor antivirale medicatie [12](#page=12). #### 3.1.1 Adsorptie Adsorptie is de eerste stap waarbij het virus zich bindt aan specifieke receptoren op de gastheercel. Deze receptoren zijn meestal koolhydraten, glycoproteïnen of glycolipiden op het celoppervlak. De receptor bepaalt de infecteerbaarheid van een cel en wordt beschouwd als een restrictiefactor. Sommige receptoren, zoals sialinezuur voor influenza, komen breed tot expressie, terwijl andere, zoals CD4 en co-receptoren CCR5 of CXCR4 voor HIV, beperkt zijn tot specifieke celtypes. Vaccins werken vaak door de virale structuren die aan deze receptoren binden, te neutraliseren met antistoffen [13](#page=13). #### 3.1.2 Penetratie Na adsorptie penetreert het virus de gastheercel. Bij bacteriofagen wordt het genoom direct in de cel geïnjecteerd, terwijl dierlijke virussen het nucleocapside via endocytose of membraanfusie binnengaan [14](#page=14). * **Voorbeeld:** Bij het Influenza A virus vindt penetratie plaats via endocytose. In het zure milieu van het endosoom activeert de pH-verandering de hemagglutinine-eiwit, waardoor de virale envelop fuseert met het endosoommembraan. Hierdoor komt het capside in het cytoplasma vrij [15](#page=15). #### 3.1.3 Expressie Expressie omvat de tot expressie komen van virale genen om virale eiwitten te produceren. De expressie is afhankelijk van het type en de organisatie van het virale genoom (RNA/DNA, enkelstrengs/dubbelstrengs) [17](#page=17). * **DNA-virussen:** Het genoom komt meestal tot expressie in de celkern, vergelijkbaar met het gastheergenoom. Poxvirussen vormen een uitzondering, aangezien hun dsDNA-genoom in het cytoplasma tot expressie komt en ze dus eigen enzymen mee moeten brengen [17](#page=17). * **ssRNA-virussen:** Positief-georiënteerde (+)ssRNA-genomen kunnen direct als mRNA functioneren. Negatief-georiënteerde (-)ssRNA- of dsRNA-genomen moeten eerst worden overgeschreven naar positief-georiënteerd RNA door een RNA-afhankelijk RNA polymerase [17](#page=17). * **Retrovirussen (klasse VI):** Hun +ssRNA-genoom wordt na uncoating eerst omgezet in DNA via reverse transcriptie en daarna geïntegreerd in het gastheergenoom [17](#page=17). #### 3.1.4 Replicatie Replicatie is het proces waarbij het virale genoom wordt vermenigvuldigd [18](#page=18). * **DNA-virussen:** Replicatie vindt meestal plaats in de kern, waarbij dsDNA als template dient. Klasse VII virussen repliceren in het cytoplasma via een RNA-kopie van het nucleaire DNA [18](#page=18). * **RNA-virussen:** De replicatie gebeurt door RNA-afhankelijk RNA polymerase, wat kan leiden tot aanzienlijke amplificatie van virale genomen [18](#page=18). * **Retrovirussen:** Replicatie van het +ssRNA-genoom verloopt via het geïntegreerde dsDNA-provirus, getranscribeerd door cellulaire polymerasen [18](#page=18). #### 3.1.5 Virion productie Na expressie en replicatie worden de virale genomen verpakt in capsiden om nucleocapsiden te vormen, gevolgd door de maturatie tot nieuwe virionen, vaak door auto-assemblage [22](#page=22). #### 3.1.6 Vrijlating Nieuwe virions worden vrijgelaten uit de gastheercel door budding (afsnoering) of lyse van de cel. De vrijlating kan worden belemmerd doordat het virus aan de cel blijft kleven, bijvoorbeeld aan receptoren of aan tetherin. Cel-naar-cel transmissie is een belangrijke overdrachtswijze, die het virus beschermt tegen neutraliserende antistoffen [23](#page=23). #### 3.1.7 Lytische levenscyclus (bacteriofaag) De lytische levenscyclus van bacteriofagen is snel en resulteert in de afsterving van de bacterie. Dit proces kan dienen als basis voor het gebruik van bacteriofagen als antibiotherapie, hoewel resistentievorming een probleem kan zijn [24](#page=24). #### 3.1.8 Temperate levenscyclus (bacteriofaag) De temperate levenscyclus maakt overdracht naar dochtercellen mogelijk zonder directe schade aan de gastheercellen. Een faagrepressor-eiwit onderdrukt de replicatie van de faag, maar kan bij inductie worden afgebroken, waarna de replicatiecyclus start. Dit proces is relevant voor transductie van antibioticumresistentie en toxines [26](#page=26). #### 3.1.9 Kinetiek van bacteriofaag replicatie Bij gesynchroniseerde infecties kan de kinetiek van replicatie (vaak binnen een half uur) en het aantal vrijgelaten infectieuze deeltjes per cel (burst size) worden gemeten. De expressie kan worden onderverdeeld in vroege (enzymen, regulatoren) en late (capside) eiwitten [28](#page=28). #### 3.1.10 Levenscyclus van dierlijke virussen Dierlijke virussen hebben vaak minder complexe levenscycli dan bacteriofagen vanwege de afwezigheid van een celwand. Ze groeien trager door de compartimentalisatie tussen celkern en cytoplasma [29](#page=29). * **Voorbeeld Herpesvirussen:** Na penetratie en uncoating gaat het dsDNA-genoom naar de kern voor replicatie en expressie. Eiwitten worden in het cytoplasma gesynthetiseerd en vervolgens naar de kern getransporteerd voor verpakking. Budding vindt plaats via het kernmembraan en het cytoplasmamembraan [29](#page=29). * **Voorbeeld Influenza:** Dit is een negatief-streng RNA-virus, maar de replicatie vindt plaats in de celkern [29](#page=29). #### 3.1.11 Expressie en replicatie van HCV Het positief-streng RNA-genoom van het Hepatitis C Virus (HCV) wordt in het cytoplasma vertaald tot één eiwit, dat vervolgens wordt verwerkt tot structurele en niet-structurele eiwitten. Het RNA-afhankelijk RNA polymerase (NS5B) produceert negatieve strengen en daarop nieuwe positieve strengen voor verpakking. Replicatie van HCV vindt plaats nabij het endoplasmatisch reticulum [30](#page=30). #### 3.1.12 Levenscyclus van HIV Bij HIV vindt na ligand-receptor herkenning fusie plaats tussen de virale envelop en de celmembranen, waarna het nucleocapside in het cytoplasma terechtkomt. Reverse transcriptase zet het RNA-genoom om in dsDNA. Dit dsDNA wordt geïntegreerd in het gastheergenoom door integrase. Transcriptie van het provirus gebeurt via cellulaire polymerasen, en de RNA-producten worden gespliced of ongespliced (volledige lengte). Budding vindt plaats aan het celmembraan [31](#page=31). ### 3.2 Interactie met het immuunsysteem Het aangeboren immuunsysteem speelt een cruciale rol bij de eerste afweer tegen virussen. #### 3.2.1 Patroonherkenning van virussen Cellen herkennen virale componenten als 'pathogen-associated molecular patterns' (PAMPs) via 'pattern recognition receptors' (PRRs). Voorbeelden van virale PAMPs zijn [19](#page=19): * dsRNA en RNA zonder 5' cap in het cytoplasma worden herkend door RIG-I [17](#page=17) [19](#page=19). * dsRNA in endosomen wordt herkend door TLR3 [17](#page=17) [19](#page=19). * dsDNA in endosomen wordt herkend door TLR9 [17](#page=17) [19](#page=19). #### 3.2.2 Interferon en interferon-gestimuleerde genen (ISG) PRRs activeren de productie van interferonen (IFN), met name type I en type III IFN. Interferonen induceren de expressie van interferon-gestimuleerde genen (ISG). Er zijn ongeveer 300 ISG's die antivirale functies hebben en de virusreplicatie blokkeren [20](#page=20) [21](#page=21). * **Voorbeelden van ISG's:** * **Interferon inducible transmembrane proteins (IFITM):** Blokkeren virusbinding en vrijlating uit het endosoom [21](#page=21). * **ISG15:** Een ubiquitin-achtig eiwit dat de afbraak van andere eiwitten versnelt via ISG-ylation [21](#page=21). * **Tetherin:** Voorkomt de vrijlating van virionen van het celmembraan [21](#page=21). * **cGAS (cyclic GMP-AMP cyclase):** Een DNA-sensor die RNA- en DNA-virusreplicatie blokkeert [21](#page=21). * **RNAseL:** Knipt viraal en cellulair RNA [21](#page=21). * **PKR (Protein Kinase R):** Fosforyleert de eukaryote translatie-initiatiefactor EIF2A, wat leidt tot stilstand van eiwitsynthese [21](#page=21). #### 3.2.3 Cytopathisch effect De interactie tussen virus en cel kan leiden tot een cytopathisch effect, wat zichtbaar gemaakt kan worden door middel van plaquevormingseenheden of direct observatie van celveranderingen [33](#page=33). > **Tip:** Het begrijpen van de virale levenscyclus is essentieel voor het ontwikkelen van antivirale therapieën, aangezien veel antivirale medicijnen zich richten op specifieke stappen in deze cyclus, zoals replicatie-enzymen of virale eiwitten betrokken bij de virusontsnapping. > **Tip:** De variabiliteit van RNA-virussen, zoals HIV, die leidt tot quasispecies, maakt het ontwikkelen van effectieve vaccins en therapieën complexer [9](#page=9). --- ## Veelgemaakte fouten om te vermijden - Bestudeer alle onderwerpen grondig voor examens - Let op formules en belangrijke definities - Oefen met de voorbeelden in elke sectie - Memoriseer niet zonder de onderliggende concepten te begrijpen

| Term | Definition | |------|------------| | Bacteriën | Eencellige micro-organismen die zich kunnen aanpassen aan verschillende omgevingen en genetische mechanismen hebben om snel te muteren en resistentie te ontwikkelen. | | Virussen | Obligaat intracellulaire parasieten die afhankelijk zijn van een gastheercel voor replicatie, zonder eigen celstructuur of organellen, en erfelijk materiaal bevatten in een eiwitmantel. | | Immuunsysteem | Het biologische systeem dat cellen en moleculen produceert en coördineert om organismen te beschermen tegen ziekteverwekkers en andere ziekteveroorzakende agentia. | | Antimicrobiële middelen | Stoffen die worden gebruikt om bacteriële infecties te behandelen of te voorkomen, zoals antibiotica en antivirale middelen. | | Taxonomie | De wetenschappelijke classificatie van organismen in hiërarchische groepen op basis van gedeelde kenmerken. | | Artificiële minimale bacterie | Een theoretische of experimenteel geconstrueerde bacterie met het minimaal vereiste aantal genen voor overleving en replicatie. | | Groeiregulatie | Het proces waarbij de groei en deling van bacteriële cellen wordt gecontroleerd, beïnvloed door factoren zoals voedingsstoffen, temperatuur en pH. | | Exponentiële groei | Een groeipatroon waarbij de toename van de populatie in een bepaald tijdsinterval evenredig is met de huidige populatiegrootte. | | Quorum sensing | Een communicatiemechanisme waarbij bacteriën de dichtheid van hun populatie detecteren en hun gedrag coördineren op basis van deze dichtheid. | | Biofilm | Een gemeenschap van micro-organismen die aan een oppervlak is gehecht en omgeven is door een zelfgeproduceerde extracellulaire matrix. | | Mutatie | Een permanente verandering in de nucleotidensekwentie van het genoom van een organisme of virus. | | Resistentie | Het vermogen van een micro-organisme om te overleven en te groeien in aanwezigheid van een antimicrobieel middel dat normaal gesproken de groei zou remmen of de cel zou doden. | | Virulentie | De mate waarin een ziekteverwekker in staat is om schade aan de gastheer te veroorzaken. | | Levenscyclus van virussen | De reeks gebeurtenissen die een virus ondergaat, van infectie van een gastheercel tot de productie van nieuwe virusdeeltjes. | | Aangeboren immuunsysteem | Het eerste verdedigingsmechanisme van het lichaam tegen infecties, dat niet-specifiek is en direct na blootstelling aan een pathogeen reageert. | | Integratie in humaan DNA | Het proces waarbij viraal genetisch materiaal wordt ingebouwd in het genoom van de gastheercel, wat kan leiden tot persistentie en transformatie. | | Latentie | Een periode waarin een virus zich in de gastheercel bevindt maar niet actief repliceert, wat latere reactivatie mogelijk maakt. | | Oncogene transformatie | Het proces waarbij een cel verandert in een kankercel, vaak veroorzaakt door virale infectie of genetische mutaties. | | Obligaat intracellulaire parasiet | Een organisme dat strikt afhankelijk is van een levende gastheercel om zich te kunnen vermenigvuldigen. | | Genoom | Het volledige genetische materiaal van een organisme of virus, bestaande uit DNA of RNA. | | Nucleocapside | Het complex van viraal genetisch materiaal (DNA of RNA) en de eiwitten die het omringen (capsomeren), waaruit een virion is opgebouwd. | | Enveloppe (membraan) | Een buitenste lipide laag van sommige virussen, afgeleid van de gastheercelmembraan, die glycoproteinen bevat. | | Virion | Een volledig infectieus viruspartikel dat bestaat uit genetisch materiaal omgeven door een eiwitmantel (capside). | | Naakte virussen | Virussen die geen lipide enveloppe hebben; hun virion bestaat alleen uit een nucleocapside. | | Glycoproteinen | Eiwitten waaraan koolhydraatketens zijn gebonden, vaak voorkomend in virale enveloppen en betrokken bij celherkenning en binding. | | Matrix eiwitten | Eiwitten die zich onder de virale enveloppe bevinden en stabiliteit en vorm bieden aan het virion. | | Genoomgrootte | De totale lengte van het genetische materiaal van een virus, uitgedrukt in basenparen (bp) of kilobasen (kb). | | Nanofiltratie | Een filtratieproces dat wordt gebruikt om virussen te verwijderen uit vloeistoffen op basis van hun grootte. | | Lyse | Het proces waarbij een cel wordt afgebroken of uiteenvalt, wat bij virussen kan leiden tot de vrijlating van nieuwe virusdeeltjes. | | Humorale immuniteit | Deel van het immuunsysteem waarbij antilichamen worden geproduceerd om ziekteverwekkers buiten de cellen te bestrijden. | | Cytotoxische cellen | Immuuncellen (zoals CD8+ T-cellen en NK-cellen) die geïnfecteerde cellen kunnen herkennen en doden. | | Afsnoering | Het proces waarbij virusdeeltjes zich losmaken van de geïnfecteerde celmembraan, vaak zonder de cel onmiddellijk te doden. | | Labiel | Gevoelig voor degradatie door externe factoren zoals temperatuur, pH, detergenten of uitdroging. | | Gastro-intestinale tractus | Het spijsverteringskanaal, van de mond tot de anus. | | Cellulaire immuniteit | Deel van het immuunsysteem dat celgemedieerde reacties omvat, zoals de activiteit van T-cellen tegen geïnfecteerde cellen. | | Pathogeen-inactivatie | Processen die worden gebruikt om de infectiositeit van virussen te verminderen of te elimineren, bijvoorbeeld door behandeling met zeep of hitte. | | Solvens, detergens methode | Een methode voor het inactiveren van virussen met enveloppe door het gebruik van oplosmiddelen en detergenten die de lipide enveloppe beschadigen. | | RNA-afhankelijk RNA polymerase | Een enzym dat RNA als template gebruikt om een nieuwe RNA-streng te synthetiseren; cruciaal voor de replicatie van veel RNA-virussen. | | Quasispecies | Een groep nauw verwante virusdeeltjes met verschillende genetische mutaties binnen een geïnfecteerde gastheer, wat bijdraagt aan hun aanpassingsvermogen. | | Consensus sequentie | Een nucleotide- of aminozuursequentie die de meest voorkomende base of aminozuur op elke positie weergeeft binnen een groep gerelateerde sequenties. | | Fylogenetische boom | Een diagram dat de evolutionaire verwantschap tussen verschillende organismen of genen weergeeft, gebaseerd op hun genetische sequenties. | | Reverse transcriptase | Een enzym dat RNA als template gebruikt om DNA te synthetiseren; cruciaal voor retrovirussen. | | DNA virussen | Virussen die DNA als genetisch materiaal gebruiken. | | RNA virussen | Virussen die RNA als genetisch materiaal gebruiken. | | dsDNA | Dubbelstrengs DNA. | | ssDNA | Enkelstrengs DNA. | | dsRNA | Dubbelstrengs RNA. | | ssRNA (-) | Enkelstrengs RNA met negatieve polariteit, dat eerst moet worden omgezet in positieve polariteit om als mRNA te functioneren. | | ssRNA (+) | Enkelstrengs RNA met positieve polariteit, dat direct als mRNA kan functioneren. | | Retroviridae | Een familie van virussen die reverse transcriptase gebruiken om hun RNA-genoom om te zetten in DNA, dat vervolgens in het gastheergenoom wordt geïntegreerd (bv. HIV). | | Orthomyxoviridae | Een familie van virussen die influenza veroorzaken. | | Parvovirus B19 | Een parvovirus dat erythema infectiosum (vijfde ziekte) veroorzaakt. | | Bacteriofaag | Een virus dat bacteriën infecteert. | | Moleculaire biologie | De tak van biologie die zich bezighoudt met de moleculaire basis van biologische activiteit. | | Celcultuur | De groei van dierlijke, plantaardige of schimmelcellen in een laboratoriumomgeving buiten hun oorspronkelijke weefsel. | | Reverse transcriptase | Enzym dat RNA omzet in DNA. | | Nucleotiden sequentie | De volgorde van de nucleotiden (adenine, guanine, cytosine, thymine of uracil) in een DNA- of RNA-molecuul. | | Genoom | Het volledige genetische materiaal van een organisme of virus. | | Eukaryoot virus | Een virus dat eukaryote cellen infecteert. | | Lentivirus | Een genus van retrovirussen die verantwoordelijk zijn voor chronische, langdurige ziekten, zoals HIV. | | SARS-CoV | Acroniem voor Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. | | Influenza H5N1 | Een subtype van het influenzavirus dat vogelgriep kan veroorzaken bij mensen. | | Mpox | Een virale ziekte die door apenpokken wordt veroorzaakt. | | Virale levenscyclus | De reeks gebeurtenissen die een virus ondergaat, van de infectie van een gastheercel tot de productie van nieuwe virusdeeltjes. | | Adsorptie | Het proces waarbij een virus zich bindt aan de oppervlakte van een gastheercel via specifieke receptor-ligand interacties. | | Receptor-virusligand interactie | De interactie tussen specifieke moleculen op de celoppervlakte (receptoren) en moleculen op het virus (liganden), die essentieel is voor virusbinding. | | Restrictiefactor | Een cellulaire factor die de infectie van een cel door een virus remt of verhindert. | | Siaalzuur | Een type koolhydraat dat vaak voorkomt op de celoppervlakte en dient als receptor voor sommige virussen, zoals influenza. | | CD4+ co-receptor CCR5 of CXCR4 | Co-receptoren op T-cellen die essentieel zijn voor de binding en infectie van HIV. | | Neutraliserende antistoffen | Antilichamen die de infectiositeit van een virus kunnen neutraliseren door binding aan virale oppervlakte-eiwitten te voorkomen. | | Penetratie | Het proces waarbij een virus de gastheercel binnendringt na de binding. | | Endocytose | Een proces waarbij de cel grote moleculen of deeltjes opneemt door het celmembraan naar binnen te vouwen en vesikels te vormen. | | Membraanfusie | Het proces waarbij het virale membraan (indien aanwezig) versmelt met het celmembraan of het membraan van een endosoom, waardoor het virale genoom of nucleocapside de cel binnenkomt. | | Uncoating | Het proces waarbij het virale eiwitmantel (capside) wordt afgebroken, waardoor het virale genoom vrijkomt in het cytoplasma of de kern van de gastheercel. | | Hemagglutinine (HA) | Een oppervlakte-eiwit van het influenzavirus dat verantwoordelijk is voor de binding aan sialinezuur op de gastheercel. | | Neuraminidase | Een enzym op het oppervlak van het influenzavirus dat neuraminezuurafbrekende activiteit heeft, wat helpt bij de vrijlating van virusdeeltjes uit de cel. | | Neuraminidase inhibitoren | Medicijnen die de activiteit van neuraminidase remmen, gebruikt in de behandeling van influenza. | | Endosoom | Een membraanom sloten blaasje in de cel dat wordt gevormd tijdens endocytose en betrokken is bij intracellulaire transport en afbraak. | | Lysosoom | Een membraanom sloten organel dat enzymen bevat die celcomponenten en vreemde materialen afbreken. | | M2 kanaal | Een eiwitkanaal in de enveloppe van het influenzavirus dat protonenimport reguleert, essentieel voor de uncoating. | | M2 kanaal blokkerende medicatie | Antivirale middelen die de functie van het M2 kanaalkanaal blokkeren en de uncoating van het influenzavirus remmen. | | Expressie | Het proces waarbij genetische informatie wordt omgezet in functionele producten, zoals eiwitten. | | Replicatie | Het proces waarbij een virus zijn genetisch materiaal kopieert en nieuwe virusdeeltjes produceert. | | Virostatica | Medicijnen die de replicatie van virussen remmen. | | PAMP | Pathogen-Associated Molecular Pattern; moleculaire structuren die voorkomen op pathogenen maar niet op gastheercellen, en door het immuunsysteem worden herkend. | | TLR9 | Toll-like receptor 9; een receptor die DNA herkent, vaak geassocieerd met bacteriële infecties of endogeen DNA. | | TLR7 | Toll-like receptor 7; een receptor die viraal RNA herkent. | | RIG-I | Retinoic acid-inducible gene I; een cytoplasmatische receptor die viraal RNA herkent. | | Dicer | Een enzym dat dubbelstrengs RNA (dsRNA) verwerkt tot kleinere interfererende RNA (siRNA) moleculen. | | siRNA | Small interfering RNA; korte RNA-moleculen die betrokken zijn bij RNA-interferentie, een mechanisme van genregulatie en antivirale afweer. | | Viraal genoom | Het genetische materiaal van een virus, bestaande uit DNA of RNA. | | Viraal gecodeerd | Genetische informatie die aanwezig is in het virale genoom en codeert voor specifieke virale eiwitten. | | Gastheer genoom | Het complete genetische materiaal van de gastheercel. | | Kern | Het deel van de eukaryote cel dat het genetisch materiaal bevat. | | Cytoplasma | Het deel van de cel dat zich buiten de kern bevindt en de organellen bevat. | | Pokkenvirussen | Een familie van virussen die pokkenziekten veroorzaken, gekenmerkt door een dsDNA-genoom en replicatie in het cytoplasma. | | ssRNA | Enkelstrengs RNA. | | mRNA | Messenger RNA; een type RNA dat de genetische code van DNA transporteert naar ribosomen voor eiwitsynthese. | | Negatief streng RNA | Een type viraal RNA dat complementair is aan mRNA en eerst moet worden omgezet in positief streng RNA om als mRNA te functioneren. | | Positief streng RNA | Een type viraal RNA dat direct als mRNA kan functioneren. | | RNA afhankelijk RNA polymerase | Enzym dat RNA als template gebruikt om een nieuwe RNA-streng te synthetiseren. | | Klasse VII retrovirussen | Een classificatie van virussen die een RNA-kopie van hun DNA-genoom produceren. | | DNA-fragmenten in kern | DNA-moleculen die zich in de kern van de cel bevinden en door het immuunsysteem kunnen worden herkend als vreemd. | | dsRNA (siRNA) | Dubbelstrengs RNA en kleine interfererende RNA-moleculen, die een rol spelen in RNA-interferentie en immuunrespons. | | RNA zonder 5’cap | Viraal RNA dat de 5’ cap-structuur mist, wat kan dienen als een signaal voor het immuunsysteem om het als vreemd te herkennen. | | Innate immune effector mechanism | Het mechanisme van het aangeboren immuunsysteem dat direct reageert op infecties. | | Interferon (IFN) | Een groep eiwitten die door cellen worden geproduceerd als reactie op virale infecties, en die de immuunrespons moduleren. | | Interferon gestimuleerde genen (ISG) | Genen die worden geactiveerd door interferonen en die antivirale eiwitten produceren die virusreplicatie remmen. | | Type I en type III interferon | Subtypen van interferonen die een belangrijke rol spelen in de antivirale afweer. | | IFITM | Interferon-inducible transmembrane proteins; eiwitten die de toegang van virussen tot cellen en de vrijlating ervan uit endosomen blokkeren. | | ISG15 | Een ubiquitin-achtig eiwit dat zich aan andere eiwitten bindt (ISG-ylation) en hun stabiliteit beïnvloedt, wat bijdraagt aan de antivirale respons. | | Tetherin | Een cellulair eiwit dat de vrijlating van virusdeeltjes uit de celmembraan verhindert. | | cGAS | Cyclic GMP-AMP synthase; een DNA-sensor die de replicatie van zowel RNA- als DNA-virussen kan blokkeren. | | RNAseL | Een enzym dat zowel viraal als cellulair RNA kan knippen, en zo bijdraagt aan de antivirale afweer. | | PKR | Protein kinase R; een enzym dat eiwitsynthese remt door fosforylering van initiatiefactoren, als reactie op viraal dubbelstrengs RNA. | | Virion productie | Het proces waarbij nieuwe, infectieuze virusdeeltjes worden gevormd binnen de gastheercel. | | Auto-assembly | Het spontane proces waarbij componenten van een virus, zoals eiwitten, zich organiseren tot een functionele structuur zoals een capside. | | Maturatie virion | Het proces waarbij een virusdeeltje na assemblage chemische of structurele veranderingen ondergaat om infectieus te worden. | | Vrijstelling virions | Het proces waarbij nieuwe virusdeeltjes de gastheercel verlaten om andere cellen te infecteren. | | Budding | Een proces waarbij virusdeeltjes zich losmaken van de gastheercel door afsnoering van de celmembraan, vaak het virale enveloppe vormend. | | Cel-naar-cel transmissie | De overdracht van virussen van een geïnfecteerde cel naar een aangrenzende cel, zonder blootstelling aan het extracellulaire milieu. | | Neutraliserende antilichamen | Antilichamen die de infectiositeit van een virus kunnen neutraliseren door binding aan virale oppervlakte-eiwitten te voorkomen. | | Lytische levenscyclus | Een virale levenscyclus die leidt tot de snelle replicatie van het virus en de dood van de gastheercel. | | Bacteriofaag | Een virus dat bacteriën infecteert. | | Antibiotherapie | Het gebruik van antibiotica om bacteriële infecties te behandelen. | | Lysogene levenscyclus | Een virale levenscyclus waarbij het virale genoom wordt geïntegreerd in het gastheergenoom en wordt doorgegeven aan dochtercellen zonder onmiddellijke schade aan de gastheercel. | | Temperate bacteriofaag | Een bacteriofaag die een lysogene levenscyclus kan ondergaan. | | Transductie | Het proces waarbij genetisch materiaal van een bacterie naar een andere bacterie wordt overgebracht door een bacteriofaag. | | Antibiotica stress | Omstandigheden die bacteriën blootstellen aan antibiotica, wat kan leiden tot inductie van lysogene fagen of resistentieontwikkeling. | | Gesynchroniseerde infectie | Een experimentele opstelling waarbij alle gastheercellen in een populatie tegelijkertijd worden geïnfecteerd met een virus, waardoor de kinetiek van de virusreplicatie kan worden bestudeerd. | | Kinetiek van replicatie | De snelheid waarmee virusdeeltjes worden geproduceerd na infectie. | | Burst size | Het gemiddelde aantal infectieuze virusdeeltjes dat uit een geïnfecteerde cel wordt vrijgelaten. | | Vroege eiwitten | Virale eiwitten die vroeg in de replicatiecyclus worden gesynthetiseerd en vaak betrokken zijn bij replicatie en regulatie. | | Late eiwitten | Virale eiwitten die later in de replicatiecyclus worden gesynthetiseerd en vaak structurele componenten van het virus vormen. | | Compartimentalisatie | De scheiding van cellulaire processen in verschillende compartimenten, zoals de kern en het cytoplasma in eukaryote cellen. | | Nucleair lokalisatie signaal | Een sequentie in een eiwit die aangeeft dat het eiwit naar de kern van de cel moet worden getransporteerd. | | Packaging | Het proces waarbij viraal genetisch materiaal wordt verpakt in nieuwe capsiden om infectieuze virions te vormen. | | Hepatitis C virus (HCV) | Een virus dat hepatitis C veroorzaakt, een leverontsteking. | | Positief streng RNA genoom | Een viraal genoom dat direct als mRNA kan functioneren. | | Autocatalytisch | Een reactie die zichzelf katalyseert; in dit geval, een eiwit dat zichzelf kan knippen. | | Structurele eiwitten | Eiwitten die deel uitmaken van de structuur van het virus. | | Niet-structurele eiwitten | Virale eiwitten die niet direct deel uitmaken van de structuur van het virus, maar betrokken zijn bij replicatie, expressie en andere processen. | | RdRP | RNA-dependent RNA polymerase; enzym dat RNA als template gebruikt om een nieuwe RNA-streng te synthetiseren. | | Endoplasmatisch reticulum | Een netwerk van membranen in de cel dat betrokken is bij eiwitsynthese, lipide metabolisme en transport. | | Antivirale medicatie | Geneesmiddelen die de replicatie van virussen remmen. | | HIV | Human Immunodeficiency Virus; het virus dat AIDS veroorzaakt. | | Fusie membraan | Het samensmelten van membranen, zoals het virale membraan met het celmembraan. | | Nucleocapside | Het complex van viraal genetisch materiaal (DNA of RNA) en de eiwitten die het omringen. | | Pre-integratiecomplex | Een complex van virale componenten dat ontstaat na reverse transcriptie en voorbereiding op integratie in het gastheergenoom. | | Integrase (IN) | Een enzym dat betrokken is bij de integratie van het virale DNA in het gastheergenoom. | | LTR | Long terminal repeat; repetitieve sequenties aan de uiteinden van het genoom van retrovirussen, die een rol spelen bij integratie en transcriptie. | | Provirus | Viraal DNA dat geïntegreerd is in het gastheergenoom. | | Transcriptie | Het proces waarbij genetische informatie van DNA wordt overgeschreven naar RNA. | | Celulaire polymerasen | Enzymen van de gastheercel die betrokken zijn bij de synthese van RNA of DNA. | | Polyadenylatie | Het toevoegen van een poly-A staart aan het 3'-uiteinde van een RNA-molecuul, essentieel voor de stabiliteit en translatie van mRNA. | | Splicing | Het proces waarbij introns uit precursor mRNA worden verwijderd en exons worden samengevoegd om volwassen mRNA te vormen. | | Aantonen van virussen | Methoden die worden gebruikt om de aanwezigheid van virussen in monsters te detecteren. | | Plaques | Gebieden van cellyse op een monocultuur van cellen, veroorzaakt door virale infectie, gebruikt om virustiters te bepalen. | | Plaque forming units (PFU) | Een eenheid van virusconcentratie gebaseerd op het aantal plaques dat wordt gevormd op een celkweek. | | Cytopathisch effect (CPE) | Veranderingen in gastheercellen die zichtbaar zijn onder de microscoop en die worden veroorzaakt door virale infectie. | | Hoge titer | Een hoge concentratie van virusdeeltjes. | | Lage titer | Een lage concentratie van virusdeeltjes. | | Dilutie virus | Het proces van het verdunnen van een virusmonster om de concentratie te verlagen. |