02B_Virussen.pdf

# Basisprincipes van bacteriën en virussen Dit topic introduceert de fundamentele eigenschappen van bacteriën en virussen, met de nadruk op hun classificatie, structuur, aanpassingsvermogen en interactie met het immuunsysteem en antimicrobiële middelen. ### 1.1 Bacteriën Bacteriën zijn eencellige organismen met een complexe aanpassingsstrategie. Ze kunnen hun genexpressie aanpassen aan de omgeving, overgaan van een actieve naar een slapende of zelfs tijdelijk inactieve staat, afhankelijk van de omstandigheden. Hun groei en overleving zijn sterk afhankelijk van omgevingsfactoren zoals pH en temperatuur [1](#page=1). #### 1.1.1 Classificatie en concept van species Het concept van een "species" bij bacteriën kan complex zijn. De taxonomie van bacteriën ordent deze organismen, variërend van artificiële minimale vormen tot meer complexe variëteiten [1](#page=1). #### 1.1.2 Groei, aanpassingsvermogen en genetische mechanismen De groeiregulatie en groeivereisten van bacteriën zijn cruciaal voor het begrijpen van hun reactie op antibiotica en hun vestiging in specifieke niches. Belangrijke aspecten hierbij zijn [1](#page=1): * **Exponentiële groei:** Een periode van snelle toename van het aantal bacteriën [1](#page=1). * **Quorum sensing:** Communicatie tussen bacteriën om gezamenlijke activiteiten te coördineren [1](#page=1). * **Biofilm:** Een gemeenschap van bacteriën die zich inpakken in een beschermende matrix [1](#page=1). * **pH-, T-afhankelijkheid:** Gevoeligheid voor de zuurgraad en temperatuur van de omgeving [1](#page=1). Daarnaast beschikken bacteriën over genetische mechanismen die snelle mutaties, resistentieontwikkeling en virulentieverhoging mogelijk maken [1](#page=1). ### 1.2 Virussen Virussen zijn "obligate intracellulaire parasieten". Ze zijn infectieus, wat betekent dat ze een gastheercel kunnen binnendringen en hun genoom kunnen introduceren, maar voor replicatie zijn ze volledig afhankelijk van de machinerie van de gastheercel [2](#page=2). #### 1.2.1 Structuur van een virion Virussen hebben geen celstructuur of organellen. Ze bestaan uit [2](#page=2): * **Erfelijk materiaal:** Dit kan RNA of DNA zijn, enkelstrengs (ss) of dubbelstrengs (ds), en kan één of meerdere chromosomen bevatten [2](#page=2). * **Structurele eiwitten:** Deze eiwitten vormen de bouwstenen van het virus [2](#page=2). * **Nucleocapside:** De combinatie van genetisch materiaal en de structurele eiwitten, samen met nucleïnezuurbindende eiwitten en eventuele enzymen [3](#page=3). * **Enveloppe (optioneel):** Sommige virussen, de "virussen met enveloppe", zijn omgeven door een membraan. Dit membraan bevat vaak glycoproteïnen die als receptoren fungeren en matrixproteïnen aan de binnenzijde. "Naakte virussen" bestaan enkel uit een nucleocapside [3](#page=3). #### 1.2.2 Grootte van virussen Virussen variëren in grootte van ongeveer 20 nanometer (nm) tot 100 nm. Ze zijn aanzienlijk kleiner dan bacteriën. Bacteriële filters met poriegrootte van 0,45 µm tot 0,2 µm zijn effectief in het steriliseren van oplossingen, omdat ze bacteriën, en ook grotere virussen, tegenhouden. Nanofiltratie kan gebruikt worden om virussen te verwijderen uit eiwitoplossingen, zoals stollingsfactoren (bijvoorbeeld FVIII), met membranen van 15 nm [4](#page=4). > **Tip:** De groottevergelijking (in nm) met bacteriën, eiwitten en atomen is nuttig om de schaal van virussen te visualiseren [4](#page=4). #### 1.2.3 Levenscyclus en relevantie De levenscyclus van virussen is cruciaal voor hun interactie met het immuunsysteem en de ontwikkeling van medicatie. Belangrijke aspecten van de virale levenscyclus zijn [1](#page=1): * **Integratie in humaan DNA:** Sommige virussen kunnen hun genetisch materiaal integreren in het DNA van de gastheercel [1](#page=1). * **Latentie:** De periode waarin een virus inactief is in de gastheercel [1](#page=1). * **Oncogene transformatie:** Het vermogen van sommige virussen om kanker te veroorzaken [1](#page=1). #### 1.2.4 Classificatie van virussen De indeling van virussen op basis van hun genoom is medisch gezien het meest relevant. Daarnaast is de aanwezigheid of afwezigheid van een membraan (enveloppe) ook van medisch belang [6](#page=6). > **Voorbeeld:** Virussen zoals het coronavirus, influenzavirus en bacteriofaag T4 illustreren de variëteit in virale morfologie. Parvovirus B19 is een voorbeeld van een virus dat ingedeeld kan worden op basis van zijn genoom [5](#page=5) [6](#page=6). --- # Eigenschappen en classificatie van virussen Dit topic beschrijft de fundamentele eigenschappen die virussen onderscheiden, met een focus op het onderscheid tussen naakte en omhulde virussen, en de classificatie op basis van het genoomtype, wat cruciaal is voor medische toepassingen [10](#page=10) [7](#page=7) [8](#page=8) [9](#page=9). ### 2.1 Eigenschappen van virussen Virussen vertonen diverse eigenschappen die hun overleving, verspreiding en interactie met de gastheer bepalen. Een belangrijk onderscheid kan gemaakt worden tussen naakte en omhulde virussen, gebaseerd op hun structuur en vrijkomingsmechanisme uit de cel [7](#page=7) [8](#page=8). #### 2.1.1 Naakte virussen Naakte virussen zijn virussen die niet omgeven zijn door een lipide-envelop [7](#page=7). * **Vrijkoming:** Ze komen vrij door lyse (cellysis) van de geïnfecteerde cel, waarbij de cel doorgaans sterft [7](#page=7). * **Stabiliteit:** Naakte virussen zijn relatief stabiel en bestand tegen diverse omgevingsfactoren, waaronder temperatuur, zuren, detergenten en uitdroging [7](#page=7). * **Gevolgen van eigenschappen:** * Ze verspreiden zich gemakkelijk, mede door hun stabiliteit [7](#page=7). * Ze blijven infectieus, zelfs na uitdroging [7](#page=7). * Ze kunnen passage door een zure maag en basische darminhoud overleven, wat hun verspreiding via riolen mogelijk maakt [7](#page=7). * Humorale immuniteit is vaak voldoende voor bestrijding, omdat de geïnfecteerde cellen afsterven, waardoor er minder behoefte is aan tussenkomst van cytotoxische cellen zoals CD8 T-cellen en NK-cellen [7](#page=7). #### 2.1.2 Omhulde virussen Omhulde virussen beschikken over een lipide-envelop, die afkomstig is van het celmembraan van de gastheer [8](#page=8). * **Vrijkoming:** Ze komen vrij door afsnoering (budding) van het celmembraan, en mogelijk ook door lyse, waarbij de geïnfecteerde cel niet noodzakelijk sterft [8](#page=8). * **Structuur:** Het membraan van omhulde virussen bevat glycoproteïnen, waarvan sommige viraal en andere cellulair van oorsprong zijn [8](#page=8). * **Labieliteit:** Omhulde virussen zijn daarentegen labiel en gevoelig voor temperatuur, zuren, detergenten en uitdroging [8](#page=8). * **Gevolgen van eigenschappen:** * Ze verspreiden zich minder gemakkelijk, typisch via grote druppels, bloed of seksueel contact [8](#page=8). * Ze zijn niet meer infectieus na uitdroging [8](#page=8). * Ze overleven passage door het maag-darmkanaal niet goed [8](#page=8). * Zowel humorale als cellulaire immuniteit zijn nodig voor eliminatie, aangezien persistentie intracellulair mogelijk is. Cytotoxische cellen zijn noodzakelijk voor de eliminatie [8](#page=8). * **Toepassing:** De labieliteit van het envelop is praktisch relevant. Bij de pathogen-inactivatie van bloedeiwitten, zoals factor VIII, kunnen omhulde virussen zoals HIV, HCV en HBV gemakkelijk worden verwijderd door behandeling met een detergent (zeep). Deze methode beschadigt de eiwitten niet, enkel de membranen van de virussen. Tegen naakte virussen, zoals HAV, is deze inactivatie methode echter totaal inefficiënt [8](#page=8). > **Tip:** Het onderscheid tussen naakte en omhulde virussen is essentieel voor het begrijpen van hun transmissieroutes, stabiliteit en de vereiste immunologische respons. ### 2.2 Classificatie van virussen Virussen kunnen geclassificeerd worden op basis van verschillende criteria, waaronder het type genoom. Deze classificatie is van groot medisch belang [10](#page=10) [9](#page=9). #### 2.2.1 Classificatie op basis van genoomtype De aard van het genetisch materiaal van een virus (DNA of RNA, enkel- of dubbelstrengs) beïnvloedt sterk de replicatiestrategie en de gevoeligheid voor mutatie [10](#page=10) [9](#page=9). * **RNA-virussen:** * RNA-virussen hebben doorgaans een kleiner genoom in vergelijking met DNA-virussen [9](#page=9). * Ze muteren gemakkelijker. Dit komt deels doordat hun replicatie (afhankelijk van een viraal gecodeerd RNA-afhankelijk RNA polymerase) frequenter fouten maakt tijdens het kopiëren. Deze hoge mutatiesnelheid kan een evolutionaire keuze zijn om de variabiliteit te verhogen [9](#page=9). * Ze kunnen aanleiding geven tot **quasispecies**. Een quasispecies is een populatie van genetisch vergelijkbare, maar niet identieke, virale genomen die binnen één gastheer circuleren. Wanneer een persoon geïnfecteerd raakt, kan het initiële virus enkele varianten bevatten, die na verloop van tijd evolueren tot een reeks van verschillende virussen binnen het lichaam. Er is vaak één dominante sequentie, maar deze kan vervangen worden door een succesvollere variant, bijvoorbeeld door een immuunrespons of de start van antivirale therapie [9](#page=9). * Voor de meeste RNA-virussen is geen prototypische sequentie beschikbaar, in tegenstelling tot DNA-virussen. Wel bestaan er **consensussequenties**, die de meest frequente base per positie weergeven. Sommige delen van het RNA-genoom zijn goed geconserveerd, essentieel voor eiwitfunctie, regulatie van expressie/replicatie, of de opvouwing van het genoom [9](#page=9). * Vergelijking van sequenties met algoritmes kan leiden tot de ontwikkeling van een fylogenetische boom, waarbij de afstand tussen de takken een maat is voor de diversiteit, en species en types geïdentificeerd kunnen worden [9](#page=9). #### 2.2.2 Voorbeelden van virale pathogenen per genoomtype De classificatie in groepen op basis van het genoomtype is nuttig om menselijke pathogenen te categoriseren [10](#page=10). | "Group" | Family | Human pathogens (disease) | | :------------- | :--------------- | :------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | | **dsDNA** | Poxviridae | Variola (smallpox); Orf (pustular dermatitis); Molluscum contagiosum (pustular dermatitis) | | | Herpesviridae | Herpes simplex 1,2 (oral, genital herpes); Varicella-zoster (chickenpox); Epstein-Barr (mononucleosis); Cytomegalovirus (neonatal abnormalities); HHV6 (roseola); HHV8 (Kaposi's sarcoma) | | | Adenoviridae | Adenovirus (respiratory infection, conjunctivitis) | | | Polyomaviridae | Polyomavirus (benign kidney infection, respiratory disease, leukoencephalopathy) | | | Papillomaviridae | Papillomavirus (warts, genital carcinoma) | | **ssDNA** | Anellovirus | Unknown | | | Parvoviradae | B-19 (fifth disease, fetal death) | | **Retro** | Hepadnaviridae | Hepatitis B ("serum" hepatitis) | | | Retroviridae | HIV (aids); HTLV (leukemia) | | **dsRNA** | Reoviridae | Rotavirus (infantile gastroenteritis) | | **ssRNA (-)** | Rhabdoviridae | Rabies virus (rabies) | | | Filoviridae | Ebola virus (ebola) | | | Paramyxoviridae | Parainfluenza virus (respiratory infection); Mumps virus (mumps); Respiratory syncytial virus (respiratory infection); Measles virus (measles) | | | Orthomyxoviridae | Influenza virus (influenza) | | | Bunyaviridae | Hantaan virus (hemorrhagic fever with renal syndrome) | | | Arenaviridae | Lassa fever virus (hemorrhagic fever) | | | Deltavirus | Hepatitis D (fulminant acute hepatitis) | | **ssRNA (+)** | Picornaviridae | Poliovirus (polio), rhinovirus (URI), Hepatitis A ("infectious" hepatitis) | | | Calciviridae | Norwalk (gastroenteritis) | | | Hepevirus | Hepatitis E (acute hepatitis) | | | Astroviridae | Astrovirus (gastroenteritis) | | | Coronaviridae | Coronavirus (respiratory infection) | | | Flaviviridae | Yellow fever virus (yellow fever); Hepatitis C (hepatitis) | | | Togaviridae | Eastern Equine encephalitis virus (encephalitis); Rubella virus (rubella) | > **Example:** Het identificeren van een virus als zijnde ssRNA (+) van de Picornaviridae familie helpt ons direct te begrijpen dat het waarschijnlijk gevoelig is voor uitdroging en maagzuur, en dat het zich gemakkelijk kan verspreiden via feco-orale route, zoals bij Poliovirus [10](#page=10). --- # Virale levenscyclus en interactie met het immuunsysteem Dit topic onderzoekt de verschillende stadia van de virale levenscyclus, van adsorptie tot replicatie en vrijgave, en hoe het aangeboren immuunsysteem hierop reageert. ### 3.1 De virale levenscyclus: een overzicht De virale levenscyclus wordt, zij het enigszins artificieel, opgedeeld in verschillende stappen die deels simultaan kunnen verlopen. Deze stappen bieden inzicht in de cyclus zelf en potentiële aangrijpingspunten voor antivirale medicatie [12](#page=12). ### 3.2 Fasen van de virale levenscyclus #### 3.2.1 Adsorptie Adsorptie is de initiële binding van het virus aan de gastheercel, wat plaatsvindt via een specifieke receptor-virusligand interactie. De receptor op de cel kan een koolhydraat, (glyco)proteïne of (glyco)lipide zijn, vaak gerelateerd aan ionpompen. De aanwezigheid van deze receptor bepaalt de infecteerbaarheid van een cel en wordt ook wel een restrictiefactor genoemd. Sommige receptoren, zoals sialezuur voor influenza, komen breed tot expressie op veel celtypen terwijl andere, zoals CD4 met de co-receptoren CCR5 of CXCR4 voor HIV, slechts op beperkte celtypen voorkomen. Mutaties in de receptor of ligand kunnen de infecteerbaarheid moduleren. Vaccins spelen een rol door de structuur van het virus die aan de receptor bindt, af te dekken met neutraliserende antistoffen, zoals het hepatitis B-vaccin dat recombinant HBs-antigeen bevat [13](#page=13). #### 3.2.2 Penetratie Na adsorptie vindt de penetratie plaats, waarbij het virale genoom de cel binnendringt. Bij bacteriofagen wordt het genoom in de cel geïnjecteerd, direct door de celwand heen. Dierlijke virussen brengen hun genoom in via het nucleocapside, wat kan gebeuren door endocytose of membraanfusie [14](#page=14). * **Voorbeeld: Influenza A virus** [15](#page=15). * Het influenza virus bindt aan sialezuurresiduen op oppervlakte-eiwitten van de cel [15](#page=15). * Het virale neuraminidase-enzym in de envelop voorkomt dat virussen aan elkaar kleven. Behandeling met neuraminidase-inhibitoren is hierop gebaseerd [15](#page=15). * Na opname via endocytose komt het virus in het zure milieu van het endosoom [15](#page=15). * Protonen die door het M2-kanaal in de envelop gaan, induceren een conformationele verandering in hemagglutinine, waardoor het een fusogeen eiwit wordt [15](#page=15). * Dit leidt tot fusie van de envelop met het endosoommembraan en het vrijkomen van het capside in het cytoplasma. M2-kanaal-blokkerende medicatie is hier een voorbeeld van therapeutische toepassing [15](#page=15). #### 3.2.3 Expressie en replicatie De expressie en replicatie van virale genomen zijn afhankelijk van de aard (RNA/DNA; enkelstrengs/dubbelstrengs) en organisatie van het genoom, wat belangrijke medische implicaties heeft voor therapie, resistentiemechanismen en persistentie [17](#page=17). * **Expressie:** * DNA-virussen: Het genoom komt doorgaans tot expressie in de celkern, net als het gastheergenoom, met dubbelstrengs DNA als template. Enkelstrengs DNA (klasse II) of partieel dubbelstrengs DNA (klasse VII) wordt eerst omgezet naar dubbelstrengs DNA. Pokkenvirussen zijn een uitzondering; ondanks een dubbelstrengs DNA-genoom blijven ze in het cytoplasma en moeten ze veel eigen enzymen meebrengen die normaal gesproken alleen nucleair aanwezig zijn in zoogdiercellen [17](#page=17). * Enkelstrengs RNA-virussen (klasse IV): Positief-georiënteerd RNA kan functioneren als mRNA en direct leiden tot eiwitproductie [17](#page=17). * Negatief-strengs of dubbelstrengs RNA-genomen: Deze moeten eerst (deels) worden overgeschreven naar positief-georiënteerd RNA dat als mRNA dient. Dit vereist een RNA-afhankelijk RNA-polymerase, dat in het virion moet zijn verpakt aangezien menselijke cellen dit enzym niet bezitten [17](#page=17). * Retrovirussen (klasse VI): Hun positief-strengs RNA-genoom wordt na uncoating niet direct vertaald, maar eerst omgezet in DNA via reverse transcriptie en vervolgens geïntegreerd in het genoom als dubbelstrengs DNA [17](#page=17). * **Replicatie:** * DNA-virussen: Het genoom repliceert meestal in de celkern, waarbij dubbelstrengs DNA als template dient. Enkelstrengs DNA (klasse II) wordt eerst omgezet naar dubbelstrengs DNA. Klasse VII virussen zijn een uitzondering, die een RNA-kopie van het nucleaire DNA-genoom in het cytoplasma omzetten naar een partieel dubbelstrengs DNA-genoom. Pokkenvirussen repliceren ook in het cytoplasma en hebben hiervoor eigen enzymen nodig [18](#page=18). * RNA-virussen: Het genoom wordt door een nieuw aangemaakt, viraal gecodeerd RNA-afhankelijk RNA-polymerase overgeschreven. Hierbij kan een grote amplificatie van kopieën optreden door herhaaldelijk kopiëren [18](#page=18). * Retrovirussen (klasse VI): Hun positief-strengs genoom wordt door cellulaire polymerasen overgeschreven van het geïntegreerde dubbelstrengs DNA proviraal genoom [18](#page=18). > **Tip:** Virusspecifieke structuren, zoals DNA-uiteinden in de kern, dubbelstrengs RNA, of RNA zonder 5'-cap, kunnen fungeren als 'pathogen-associated molecular patterns' (PAMPs) en zijn potentiële targets voor antivirale therapie [17](#page=17) [18](#page=18). #### 3.2.4 Virion productie Bij virionproductie wordt het viraal genoom verpakt in een capside om een nucleocapside te vormen. Dit proces kan spontaan (auto-assembly) plaatsvinden, gevolgd door maturatie van het virion [22](#page=22). #### 3.2.5 Release Virions worden vrijgegeven door middel van 'budding' (uitknopen) of door lyse van de gastheercel. De vrijlating kan worden beperkt doordat het virus aan de producerende cel blijft kleven. Dit kan gebeuren door binding aan receptoren (evolutionaire oplossingen zijn receptor-downregulatie of afknippen van receptoren, zoals sialezuur door neuraminidase bij influenza) of door binding aan tetherin, een interferon-geïnduceerde cellulaire receptor die virale partikels aan het membraan bindt. Het HIV-eiwit Vpu kan tetherin ongedaan maken. De vrijgekomen virions kunnen vervolgens nieuwe cellen infecteren, wat cel-naar-cel transmissie mogelijk maakt. Deze transmissiewijze beschermt het virus relatief tegen neutraliserende antistoffen omdat de blootstelling aan het extracellulaire milieu kort is [23](#page=23). ##### 3.2.5.1 Lytische levenscyclus (bacteriofaag) De lytische levenscyclus verloopt snel en resulteert in het afsterven van de bacterie. Bacteriofagen worden onderzocht voor potentieel gebruik als antibiotherapie, hoewel resistentieontwikkeling door mutatie van bacteriële receptoren een uitdaging vormt [24](#page=24). ##### 3.2.5.2 Temperate bacteriofaag (lysogene levenscyclus) De lysogene levenscyclus maakt overdracht naar dochtercellen mogelijk zonder schade aan gastheercellen. Een repressor-eiwit van de faag wordt tot expressie gebracht, wat replicatie van de faag onderdrukt. Bij inductie wordt de repressor afgebroken. Dit mechanisme is belangrijk voor transductie van antibioticaresistentie en toxines, en kan geïnduceerd worden door antibiotische stress [26](#page=26). ##### 3.2.5.3 Bacteriofaag kinetiek Bij gesynchroniseerde infecties met bacteriofagen kan de kinetiek van replicatie (soms binnen een half uur) en het aantal vrijgegeven infectieuze partikels per geïnfecteerde cel (burst size) gemeten worden. Er is een onderscheid in expressie tussen vroege (enzymen, regulatoren) en late (capside) eiwitten [28](#page=28). ##### 3.2.5.4 Dierlijke virussen Dierlijke virussen zijn vaak minder complex dan bacteriofagen, omdat ze geen celwand hoeven te penetreren. Ze groeien trager dan bacteriofagen door compartimentalisatie (kern-cytoplasma) en benodigde transporten [29](#page=29). * **Voorbeeld: Herpesvirussen** [29](#page=29). * Penetratie en uncoating [29](#page=29). * Genoom naar de kern, waar replicatie en packaging van dubbelstrengs DNA plaatsvinden [29](#page=29). * Expressie van mRNA in het cytoplasma, gevolgd door eiwitsynthese [29](#page=29). * Transport van eiwitten naar de kern [29](#page=29). * Packaging in de kern [29](#page=29). * Budding door het kernmembraan en opnieuw door het cytoplasmamembraan [29](#page=29). * Release [29](#page=29). * **Voorbeeld: Influenza (orthomyxovirus)** [29](#page=29). * Negatief-strengs RNA-virus, maar replicatie vindt plaats in de kern [29](#page=29). ##### 3.2.5.5 Hepatitis C virus (HCV) * HCV heeft een positief-strengs RNA-genoom dat na vrijlating in het cytoplasma wordt omgezet in één eiwit. Dit eiwit wordt, deels autocatalytisch, verknipt tot structurele eiwitten (core, envelop E1 en E2) en niet-structurele eiwitten (NS) [30](#page=30). * NS5B is het RNA-afhankelijk RNA-polymerase (RdRP) dat negatief-strengs kopieën en vervolgens nieuwe positief-strengs kopieën aanmaakt [30](#page=30). * De NS-proteasen en het polymerase zijn doelwitten van antivirale medicatie [30](#page=30). * Replicatie van HCV vindt plaats aan het membraan van het endoplasmatisch reticulum [30](#page=30). ##### 3.2.5.6 Human Immunodeficiency Virus (HIV) * Ligand-receptor herkenning vindt plaats [31](#page=31). * Fusie van de envelopmembraan met de cellulaire membranen, waarna het nucleocapside in het cytoplasma terechtkomt. Dit kan ook via endocytose met daaropvolgende membraanfusie gebeuren [31](#page=31). * In het cytoplasma zet het reverse transcriptase (RT) het RNA-genoom om naar DNA, vaak met fouten [31](#page=31). * Het dubbelstrengs DNA vormt een pre-integratiecomplex [31](#page=31). * Integratie in het gastheergenoom gebeurt door de integrase (IN) activiteit, waarbij de LTR-sequenties een rol spelen [31](#page=31). * Transcriptie van het provirus vindt plaats via de 5' LTR-promotoractiviteit, met behulp van cellulaire polymerasen, en verloopt foutloos [31](#page=31). * Polyadenylatie gebeurt via de 3' LTR-poly-A activiteit, en splicing is mogelijk [31](#page=31). * Gespliced en ongespliced RNA coderen voor eiwitten; het ongespliced (full-length) RNA dient ook als genoom [31](#page=31). * Budding vindt plaats aan het celmembraan [31](#page=31). * LTR staat voor 'long terminal repeat' sequentie [31](#page=31). ### 3.3 Interactie met het immuunsysteem Het aangeboren immuunsysteem reageert op virale infecties door specifieke moleculaire patronen (PAMPs) te herkennen. #### 3.3.1 PAMP-herkenning * **Viraal RNA:** * Dubbelstrengs RNA (dsRNA) wordt herkend door TLR3 (membraan) en RIG-I (cytoplasmatisch). dsRNA wordt door Dicer geknipt tot siRNA [17](#page=17) [19](#page=19). * Niet-gecapteerd RNA in het cytoplasma wordt herkend door RIG-I [17](#page=17). * RNA in het endosoom wordt herkend door TLR7 [17](#page=17). * **Viraal DNA:** * DNA in het endosoom (ongemethyleerd CpG) wordt herkend door TLR9 [17](#page=17). * DNA in het cytoplasma kan worden herkend door DNA-sensoren en inflammasomen [19](#page=19). #### 3.3.2 Cytoplasmatische en membraanreceptoren Naast membraanreceptoren zoals TLR3 zijn er ook cytoplasmatische receptoren zoals RIG-I en inflammasomen die virale componenten kunnen herkennen. Membraanreceptoren (bv. TLR9) en cytoplasmatische DNA-receptoren, evenals inflammasomen, detecteren ook DNA [19](#page=19). > **Tip:** Het onderscheid dat DNA-receptoren maken tussen endogeen en vreemd DNA is niet altijd duidelijk. Vrijgekomen endogeen DNA kan als 'damage signal' fungeren bij celdood. Bij auto-immuunziekten zoals lupus komen anti-DNA responsen en antistoffen voor [19](#page=19). #### 3.3.3 Signaaltransductie en interferonproductie De herkenning van PAMPs door pattern recognition receptors (PRRs) zoals Toll-like receptors (TLRs) triggert signaaltransductiewegens. Dit leidt tot de activatie van transcriptiefactoren zoals IRF3/7 en NF-κB. Deze factoren induceren de productie van interferonen (IFN) en andere cytokines zoals IL-1, IL-6 en TNF. Interferonen zetten de expressie aan van interferon-gestimuleerde genen (ISGs) in dezelfde of andere cellen [19](#page=19) [20](#page=20). #### 3.3.4 Interferon-gestimuleerde genen (ISGs) ISGs worden geïnduceerd door type I en type III interferonen. Deze ongeveer 300 genen zijn gericht op het blokkeren van virusreplicatie en zijn actief tegen zowel RNA- als DNA-virussen. Voorbeelden van ISGs en hun functies zijn [21](#page=21): * **Interferon-inducible transmembrane proteins (IFITM):** Blokkeren virusbinding en vrijlating uit het endosoom [21](#page=21). * **ISG15:** Een ubiquitin-achtig proteïne dat zich hecht aan andere eiwitten (ISG-ylation), wat hun turnover-tijd verkort [21](#page=21). * **Tetherin:** Voorkomt de vrijlating van virussen van het celmembraan [21](#page=21). * **cGAS (cyclic GMP-AMP cyclase):** Een DNA-sensor die RNA- en DNA-virusreplicatie blokkeert [21](#page=21). * **RNAseL:** Knipt viraal en cellulair RNA [21](#page=21). * **PKR:** Fosforyleert de eukaryotische translatie-initiatiefactor EIF2A, wat eiwitsynthese stillegt [21](#page=21). > **Tip:** Neuraminidase speelt een rol bij de virusvrijlating, maar tetherin is een innate verdedigingslijn die virale partikels aan het membraan bindt [21](#page=21) [23](#page=23). ### 3.4 Aantonen van virussen Virussen kunnen worden aangetoond door bijvoorbeeld de zichtbare effecten van virusinfectie, zoals lysis van cellen, te observeren. Dit wordt gemeten als plaque-forming units (PFU) voor dierlijke virussen of via het cytopathisch effect. Hoge titers van virussen kunnen worden gedetecteerd door middel van verdunningen en de vorming van plaques [33](#page=33). --- ## Veelgemaakte fouten om te vermijden - Bestudeer alle onderwerpen grondig voor examens - Let op formules en belangrijke definities - Oefen met de voorbeelden in elke sectie - Memoriseer niet zonder de onderliggende concepten te begrijpen

| Term | Definition | |------|------------| | Bacteriën | Eencellige micro-organismen zonder celkern (prokaryoten) die kunnen bestaan als zelfstandige organismen. Ze kunnen variëren van nuttig tot ziekteverwekkend. | | Virussen | Microscopische infectieuze agentia die zich alleen kunnen repliceren binnen de levende cellen van andere organismen. Ze bestaan uit genetisch materiaal (DNA of RNA) omgeven door een eiwitlaag. | | Immuunsysteem | Het complexe netwerk van cellen, weefsels en organen dat het lichaam beschermt tegen infecties en ziekten door lichaamsvreemde stoffen te herkennen en te elimineren. | | Antimicrobiële middelen | Een brede klasse van medicijnen die worden gebruikt om infecties te bestrijden die worden veroorzaakt door micro-organismen zoals bacteriën, virussen, schimmels en parasieten. | | Species (bij bacteriën) | Een groep bacteriën die genetisch nauw verwant zijn en vergelijkbare kenmerken vertonen; bij bacteriën is het concept van species minder strikt gedefinieerd dan bij hogere organismen. | | Taxonomie | De wetenschappelijke classificatie van organismen in een hiërarchisch systeem op basis van hun gedeelde kenmerken en evolutionaire verwantschap. | | Artificiële minimale bacterie | Een theoretisch of experimenteel geconstrueerde bacterie die is gereduceerd tot het absolute minimum aan genen en componenten die nodig zijn voor overleving en replicatie. | | Genen | Een eenheid van erfelijk materiaal die de instructies bevat voor het maken van een specifiek eiwit of functionele RNA-molecuul, en die van een ouder op een nakomeling wordt doorgegeven. | | Groeiregulatie | Het proces waarbij de groei en reproductie van micro-organismen zoals bacteriën wordt gecontroleerd, beïnvloed door factoren zoals voedingsstoffen, temperatuur en de aanwezigheid van andere stoffen. | | Exponentiële groei | Een groeipatroon waarbij de populatie zich in een constante verhouding tot zijn huidige grootte vermenigvuldigt over een bepaalde tijdseenheid, wat resulteert in een steeds snellere toename. | | Quorum sensing | Een communicatiemechanisme waarbij bacteriën signalen uitwisselen om de dichtheid van hun populatie te meten en collectieve gedragingen te coördineren, zoals de vorming van biofilms. | | Biofilm | Een gestructureerde gemeenschap van micro-organismen, vaak bacteriën, die ingebed zijn in een zelfgeproduceerde extracellulaire matrix en vastgehecht zijn aan een oppervlak. | | pH-afhankelijkheid | De mate waarin de groei of activiteit van een organisme, zoals een bacterie, wordt beïnvloed door de zuurgraad (pH) van de omgeving. | | T-afhankelijkheid | Verwijst naar de afhankelijkheid van de temperatuur voor optimale groei of activiteit van een organisme, zoals een bacterie. | | Muten | Veranderingen in de DNA-sequentie van een genoom die spontaan kunnen optreden of worden veroorzaakt door externe factoren, en die kunnen leiden tot variatie binnen een populatie. | | Resistentie | Het vermogen van een micro-organisme, zoals een bacterie, om te overleven en te groeien ondanks de aanwezigheid van een antimicrobieel middel dat normaal gesproken dodelijk zou zijn. | | Virulentie | De mate waarin een ziekteverwekker in staat is om schade te veroorzaken aan de gastheer en ziekte te veroorzaken; het omvat aspecten zoals infectiviteit en pathogeniteit. | | Levenscyclus van virussen | De reeks gebeurtenissen die een virus ondergaat vanaf het moment dat het een gastheercel infecteert totdat nieuwe virusdeeltjes worden geproduceerd en vrijgegeven om nieuwe cellen te infecteren. | | Aangeboren immuunsysteem | Het eerste en algemene verdedigingsmechanisme van het lichaam tegen ziekteverwekkers, dat niet-specifiek is en geen geheugen heeft. | | Integratie in humaan DNA | Het proces waarbij het genetisch materiaal van een virus, zoals DNA of RNA dat is omgezet in DNA, wordt ingebouwd in het DNA van de gastheercel. | | Latentie | Een fase in de levenscyclus van een virus waarbij het zich in de gastheercel bevindt maar niet actief repliceert of ziekte veroorzaakt. | | Oncogene transformatie | Het proces waarbij normale cellen door een virus worden veranderd, waardoor ze ongecontroleerd gaan groeien en zich vermenigvuldigen, wat kan leiden tot kanker. | | Obligaat intracellulaire parasiet | Een organisme dat niet kan repliceren of overleven buiten een levende gastheercel. | | Infectieus | In staat om een infectie te veroorzaken. | | Genoom | Het complete DNA- of RNA-molecuul dat de genetische informatie van een organisme of virus bevat. | | Replicatie | Het proces waarbij een organisme of virus zijn genetische materiaal kopieert om nieuwe kopieën van zichzelf te produceren. | | Gastheercel | Een levende cel die geïnfecteerd wordt door een virus, parasiet of bacterie. | | Celstructuur | De organisatie en componenten van een cel, zoals het celmembraan, cytoplasma en organellen. | | Organellen | Grote, gespecialiseerde structuren binnen een cel die bepaalde functies uitvoeren, zoals de nucleus of mitochondriën. | | Erfelijk materiaal | Het molecuul dat de genetische informatie bevat en wordt doorgegeven van generatie op generatie, zoals DNA of RNA. | | Chromosomen | Structuren in de celkern die DNA bevatten, georganiseerd in specifieke vormen. | | Structurele eiwitten | Eiwitten die bijdragen aan de fysieke structuur van een virusdeeltje of cel. | | Regulatoren | Moleculen, zoals eiwitten of RNA, die de expressie van genen of de activiteit van biologische processen reguleren. | | Eiwitmantel (capside) | De beschermende eiwitschaal die het genetische materiaal van een virus omgeeft. | | Nucleocapside | Het complex gevormd door het genetische materiaal van een virus en zijn eiwitmantel. | | Naakt virus | Een virus dat geen externe lipidenenvelop heeft, alleen de nucleocapside. | | Enveloppe (envelop) | Een buitenste membraanlaag die sommige virussen omgeeft, afgeleid van het celmembraan van de gastheercel. | | Glycoproteïnen | Eiwitten die gebonden zijn aan koolhydraatketens; op virussen spelen ze vaak een rol bij de binding aan de gastheercel. | | Receptoren (viraal) | Specifieke moleculen op het oppervlak van een virus die binden aan receptoren op de gastheercel om infectie mogelijk te maken. | | Matrix eiwitten | Eiwitten die zich onder de virale envelop bevinden en een rol spelen bij de assemblage en stabiliteit van het virion. | | Virion | Een compleet virusdeeltje dat buiten een cel wordt aangetroffen en in staat is om een nieuwe cel te infecteren. | | Classificatie (viraal) | Het organiseren van virussen in groepen op basis van gedeelde kenmerken, zoals genetisch materiaal, structuur en replicatiemechanisme. | | Indeling op basis van genoom | De classificatie van virussen voornamelijk op basis van het type genetisch materiaal (DNA of RNA) en de structuur daarvan (enkelstrengs of dubbelstrengs). | | Partikelgrootte | De afmeting van een virusdeeltje, vaak uitgedrukt in nanometers (nm). | | Genoomgrootte | De lengte van het genetisch materiaal van een virus, vaak uitgedrukt in kilobases (kb) of megabases (Mb). | | RNA virussen | Virussen die RNA als hun genetisch materiaal gebruiken. | | DNA virussen | Virussen die DNA als hun genetisch materiaal gebruiken. | | Naakte virussen (eigenschappen) | Kenmerken van virussen zonder envelop, zoals hun stabiliteit tegen omgevingsfactoren en de manier waarop ze vrijkomen uit de cel. | | Lyse van de geïnfecteerde cel | Het proces waarbij de geïnfecteerde cel barst en sterft, waardoor virusdeeltjes vrijkomen. | | Stabiliteit (viraal) | De weerstand van een virus tegen omgevingsomstandigheden zoals temperatuur, pH-veranderingen, detergenten en uitdroging. | | Verspreiding (viraal) | De manieren waarop virussen zich van de ene gastheer naar de andere verspreiden, bijvoorbeeld via druppeltjes, bloed of seksueel contact. | | Humorale immuniteit | De immuunrespons die wordt gemedieerd door antilichamen, geproduceerd door B-cellen. | | Cytotoxische cellen | Immuuncellen, zoals CD8 T-cellen en Natural Killer (NK) cellen, die geïnfecteerde cellen kunnen doden. | | Enveloppe virussen (eigenschappen) | Kenmerken van virussen met een lipidenenvelop, zoals hun labiliteit en de manier waarop ze vrijkomen uit de cel. | | Afsnoering (budding) | Een proces waarbij een virusdeeltje de celmembraan van de gastheercel meeneemt om zijn envelop te vormen en de cel verlaat zonder deze onmiddellijk te doden. | | Glycoproteïnen (viraal membraan) | Eiwitten die aan koolhydraten gebonden zijn en zich in de virale envelop bevinden, vaak betrokken bij de interactie met de gastheercel. | | Labiel (viraal) | Gevoelig voor afbraak of inactivatie door omgevingsfactoren. | | Gastro-intestinale tractus | Het spijsverteringskanaal, van de mond tot de anus. | | Cellulaire immuniteit | De immuunrespons die wordt gemedieerd door cellen, met name T-cellen, die direct geïnfecteerde cellen aanvallen. | | Virostatica | Medicijnen die de replicatie van virussen remmen. | | Pathogeen-inactivatie | Het proces waarbij ziekteverwekkende agentia, zoals virussen, onschadelijk worden gemaakt, vaak in medische preparaten. | | Solvens, detergenre methode | Een methode om virussen met een envelop te inactiveren door ze bloot te stellen aan zeepachtige stoffen (detergenten) die de lipidenenvelop beschadigen. | | Naakte virussen (resistentie) | De weerstand van naakte virussen tegen methoden die enveloppe virussen zouden inactiveren, zoals behandeling met detergenten. | | RNA virussen (specificaties) | Kenmerken van virussen met RNA als genetisch materiaal, inclusief hun grootte, mutatiesnelheid en de ontwikkeling van quasispecies. | | Quasispecies | Een populatie van nauw verwante, maar verschillende viraal genomen die in één gastheer voorkomen, ontstaan door snelle mutaties tijdens replicatie. | | RNA-afhankelijk RNA polymerase | Een enzym dat wordt gecodeerd door virussen en dat RNA als template gebruikt om nieuwe RNA-moleculen te synthetiseren. | | Consensus sequenties | Een representatieve sequentie die de meest voorkomende nucleotide op elke positie in een reeks verwante sequenties weergeeft. | | Fylogenetische boom | Een diagram dat de evolutionaire relaties en verwantschappen tussen verschillende soorten of genomen weergeeft, gebaseerd op genetische vergelijkingen. | | Pseudospecies | Een term die wordt gebruikt om de diversiteit binnen een viraal genoom binnen een gastheer te beschrijven, vergelijkbaar met quasispecies. | | Bacteriofaag | Een virus dat bacteriën infecteert. | | Retrovirussen | Een klasse van virussen die een RNA-genoom hebben en reverse transcriptase gebruiken om hun RNA om te zetten in DNA, dat vervolgens in het genoom van de gastheercel wordt geïntegreerd. | | HIV (Human Immunodeficiency Virus) | Het virus dat AIDS veroorzaakt. | | HTLV (Human T-lymphotropic Virus) | Virussen die leukemie kunnen veroorzaken. | | dsRNA | Dubbelstrengs RNA. | | Reoviridae | Een familie van virussen die dubbelstrengs RNA (dsRNA) bevatten, zoals rotavirus. | | ssRNA (-) | Enkelstrengs RNA met een negatieve polariteit. | | Rhabdoviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals rabiesvirus. | | Filoviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals ebolavirus. | | Paramyxoviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals mazelenvirus en paramyxovirus. | | Orthomyxoviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals influenzavirus. | | Bunyaviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals Hantaanvirus. | | Arenaviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals Lassa-koortsvirus. | | Deltavirus | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals hepatitis D-virus. | | ssRNA (+) | Enkelstrengs RNA met een positieve polariteit. | | Picornaviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals poliovirus en rhinovirussen. | | Calciviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals Norwalk-virus. | | Hepevirus | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals hepatitis E-virus. | | Astroviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals astrovirus. | | Coronaviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals coronavirus. | | Flaviviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals gele koorts virus en hepatitis C-virus. | | Togaviridae | Een familie van virussen met een enkelstrengs RNA-genoom, zoals Eastern Equine Encephalitis virus en rubellavirus. | | dsDNA | Dubbelstrengs DNA. | | Poxviridae | Een familie van virussen met dubbelstrengs DNA, zoals pokkenvirus. | | Herpesviridae | Een familie van virussen met dubbelstrengs DNA, zoals herpes simplex virus. | | Adenoviridae | Een familie van virussen met dubbelstrengs DNA, zoals adenovirus. | | Polyomaviridae | Een familie van virussen met dubbelstrengs DNA, zoals polyomavirus. | | Papillomaviridae | Een familie van virussen met dubbelstrengs DNA, zoals papillomavirus. | | ssDNA | Enkelstrengs DNA. | | Anellovirus | Een familie van virussen met enkelstrengs DNA. | | Parvoviradae | Een familie van virussen met enkelstrengs DNA, zoals parvovirus B19. | | Hepadnaviridae | Een familie van virussen met gedeeltelijk dubbelstrengs DNA en een RNA-tussenstap, zoals hepatitis B-virus. | | Postulaten van Koch | Een reeks criteria om een specifiek micro-organisme te identificeren als de oorzaak van een bepaalde ziekte. | | Elektronenmicroscoop (EM) | Een krachtige microscoop die elektronen gebruikt om beelden van zeer kleine objecten, zoals virussen, te creëren. | | Bacteriofaag studie | Het onderzoek naar virussen die bacteriën infecteren, wat een cruciale rol heeft gespeeld in de ontwikkeling van de moleculaire biologie. | | Celcultuur | Het kweken van cellen buiten het lichaam in een gecontroleerde omgeving, vaak gebruikt om virussen te bestuderen en te vermenigvuldigen. | | Reverse transcriptase | Een enzym dat RNA als template gebruikt om DNA te synthetiseren; cruciaal voor retrovirussen. | | Nucleotiden sequentie | De volgorde van de nucleotiden (bouwstenen van DNA of RNA) in een genetisch molecuul. | | Eukaryoot virus | Een virus dat eukaryote cellen (cellen met een celkern) infecteert. | | Papovavirus SV40 | Een klein dubbelstrengs DNA-virus dat apen en mensen kan infecteren, gebruikt als modelorganisme in onderzoek. | | Human herpes virus 8 (HHV8) | Een herpesvirus dat geassocieerd wordt met Kaposi-sarcoom. | | SARS-CoV-1 en SARS-CoV-2 | Virussen die SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) veroorzaken. | | Influenza H5N1 | Een type vogelgriepvirus dat potentieel gevaarlijk is voor mensen. | | Mpox | Een virale ziekte die voorheen bekend stond als apenpokken. | | Virale levenscyclus | De reeks stappen die een virus doorloopt om zich te repliceren, inclusief interactie met de gastheercel. | | Adsorptie | Het proces waarbij een virus zich bindt aan het oppervlak van een gastheercel via specifieke receptor-ligand interacties. | | Receptor-virusligand interactie | De specifieke binding tussen een molecuul op de gastheercel (receptor) en een molecuul op het virus (ligand). | | Restrictiefactor | Een cellulaire component of mechanisme dat de replicatie van een virus in een bepaalde cel voorkomt. | | Siaalzuur | Een type koolhydraat dat vaak voorkomt op celoppervlakken en dient als receptor voor sommige virussen, zoals influenza. | | CD4+co-receptor CCR5 of CXCR4 | Specifieke receptoren op T-cellen die door HIV worden gebruikt om de cel binnen te dringen. | | Neutraliserende antistoffen | Antilichamen die de infectiviteit van een virus kunnen blokkeren door te binden aan essentiële virale structuren. | | Recombinant HBs antigen | Een deel van het hepatitis B-virus (het oppervlakteantigeen) dat synthetisch is geproduceerd en wordt gebruikt in vaccins. | | Penetratiie | Het proces waarbij een virus het membraan van de gastheercel binnendringt om zijn genetisch materiaal vrij te geven. | | Endocytose | Een proces waarbij de cel een stof aan de buitenkant opneemt door het celmembraan te laten instulpen en een vesikel te vormen. | | Membraanfusie | Het proces waarbij de membranen van twee verschillende structuren, zoals een virusenvelop en het celmembraan, samensmelten. | | Uncoating | Het proces waarbij het virus zijn eiwitmantel verwijdert om het genetisch materiaal vrij te geven in de gastheercel. | | Hemagglutinine (HA) | Een eiwit op het oppervlak van influenza virussen dat essentieel is voor de binding aan de gastheercel en fusie van de virale envelop met het endosoommembraan. | | M2 kanaal | Een ionenkanaal in de envelop van influenza virussen dat een rol speelt bij de ontmanteling van het virus binnen de cel. | | Endosoom | Een met membraan omgeven blaasje binnen een cel dat betrokken is bij transport en verwerking van stoffen. | | Fusogeen eiwit | Een eiwit dat het samensmelten van membranen kan veroorzaken. | | Cytoplasma | Het deel van de cel dat zich buiten de celkern bevindt en de organellen bevat. | | Expressie (viraal genoom) | Het proces waarbij de genetische informatie in het virale genoom wordt omgezet in functionele eiwitten. | | Replicatie (viraal genoom) | Het proces waarbij het virale genoom wordt gekopieerd om nieuwe virusdeeltjes te produceren. | | Virostatica | Medicijnen die de replicatie van virussen remmen. | | PAMP (Pathogen-Associated Molecular Pattern) | Moleculaire structuren die aanwezig zijn op pathogenen maar niet op gastheercellen, en die worden herkend door het immuunsysteem. | | TLR9 (Toll-like receptor 9) | Een immuunreceptor die specifiek viraal en bacterieel DNA herkent. | | TLR7 | Een immuunreceptor die viraal enkelstrengs RNA (ssRNA) herkent. | | RIG-I (Retinoic acid-inducible gene I) | Een cytoplasmatische receptor die viraal RNA herkent. | | Dicer | Een enzym dat dubbelstrengs RNA (dsRNA) opknipt in kleinere stukjes, zoals kleine interfererende RNA (siRNA). | | siRNA (small interfering RNA) | Kleine RNA-moleculen die een rol spelen bij genregulatie en RNA-interferentie, en die kunnen worden gegenereerd uit viraal dsRNA. | | PKR (Protein kinase R) | Een eiwit dat betrokken is bij de antivirale respons en de eiwitsynthese kan remmen door fosforylering van initiatiefactoren. | | EIF2A (Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha) | Een eiwitfactor die essentieel is voor het initiëren van eiwitsynthese in eukaryote cellen. | | cGAS (cyclic GMP-AMP synthase) | Een DNA-sensor die een rol speelt bij de detectie van vreemd DNA in het cytoplasma en de antivirale respons activeert. | | RNAseL | Een enzym dat zowel viraal als cellulair RNA kan afbreken, en dat wordt geactiveerd door interferonen. | | Viraal virion productie | Het proces van assemblage en vorming van nieuwe, infectieuze virusdeeltjes binnen de gastheercel. | | Auto-assembly | Het spontane proces waarbij componenten van een virusdeeltje, zoals eiwitten, samenkomen om een functionele structuur te vormen. | | Maturatie | De laatste ontwikkelingsfase van een virusdeeltje, waarbij het infectieus wordt. | | Vrijstelling (virion) | Het proces waarbij nieuwe virusdeeltjes de gastheercel verlaten. | | Budding (viraal) | Het proces waarbij een virus de celmembraan van de gastheercel gebruikt om zijn envelop te vormen en de cel verlaat. | | Lyse (gastheercel) | Het barsten en doden van de gastheercel, wat resulteert in de vrijlating van virusdeeltjes. | | Receptor down-regulatie | Het verminderen van het aantal receptoren op het celoppervlak, een mechanisme om virusinfectie te voorkomen. | | Neuraminidase | Een enzym op het oppervlak van influenza virussen dat helpt bij de vrijlating van nieuwe virusdeeltjes door de binding aan sialzuur te verbreken. | | Tetherin | Een cellulaire receptor die virale partikels aan het celmembraan bindt en zo de vrijlating van nieuwe virions belemmert. | | Vpu (virion protein unique) | Een eiwit van HIV dat de antivirale functie van tetherin tenietdoet. | | Cel-naar-cel transmissie | De overdracht van een virus van een geïnfecteerde cel naar een naburige cel, zonder dat het virus in het extracellulaire milieu wordt blootgesteld. | | Neutraliserende antilichamen | Antilichamen die de infectiviteit van een virus kunnen blokkeren door te binden aan virale structuren. | | Lytische levenscyclus | Een virale replicatiecyclus die leidt tot de vernietiging van de gastheercel. | | Bacteriofaag | Een virus dat bacteriën infecteert. | | Antibiotherapie | Het gebruik van antibiotica of andere middelen om bacteriële infecties te behandelen. | | Resistentie (bacteriofaag) | Het vermogen van bacteriën om resistent te worden tegen bacteriofagen, bijvoorbeeld door mutaties in de receptoren. | | Lysogene levenscyclus | Een virale replicatiecyclus waarbij het virale genoom in het gastheergenoom wordt geïntegreerd en replicatie plaatsvindt zonder de cel onmiddellijk te doden. | | Temperate bacteriofaag | Een bacteriofaag die zowel een lytische als een lysogene cyclus kan doorlopen. | | Transductie | Het proces waarbij genetisch materiaal van de ene bacterie naar de andere wordt overgebracht door een bacteriofaag. | | Antibiotica stress | De omstandigheden die worden veroorzaakt door de aanwezigheid van antibiotica, wat de lysogene cyclus van sommige faag-geïnfecteerde bacteriën kan induceren. | | Kinetiek van replicatie | De snelheid waarmee een virus zich repliceert binnen de gastheercel. | | Burst size | Het aantal nieuwe virusdeeltjes dat wordt geproduceerd en vrijgegeven uit één geïnfecteerde cel. | | Vroege eiwitten (viraal) | Eiwitten die vroeg in de virale replicatiecyclus worden gesynthetiseerd en vaak betrokken zijn bij genregulatie en replicatie-enzymen. | | Late eiwitten (viraal) | Eiwitten die laat in de virale replicatiecyclus worden gesynthetiseerd en vaak structurele componenten van het virus vormen, zoals capside-eiwitten. | | Dierlijk virus | Een virus dat dierlijke cellen infecteert. | | Compartimentalisatie | De aanwezigheid van verschillende functionele gebieden (compartimenten) binnen een cel, zoals de kern en het cytoplasma, die de processen van replicatie en expressie kunnen beïnvloeden. | | Kern (celkern) | Het organel in eukaryote cellen dat het genetisch materiaal bevat en waar veel processen van genexpressie en DNA-replicatie plaatsvinden. | | Nucleair lokalisatie signaal | Een specifieke aminozuursequentie op een eiwit die ervoor zorgt dat het eiwit naar de celkern wordt getransporteerd. | | Budding door nucleair membraan | Het proces waarbij virusdeeltjes de binnenste kernmembraan passeren. | | Hepatitis C virus (HCV) | Een virus dat hepatitis C veroorzaakt, een leverontsteking. | | Positief streng RNA genoom | Een RNA-genoom dat direct kan fungeren als messenger-RNA (mRNA) en door de ribosomen van de gastheercel kan worden vertaald naar eiwitten. | | Autocatalytisch | Een proces waarbij een molecuul, vaak een enzym, zichzelf kan knippen of modificeren. | | Structurele eiwitten (HCV) | Eiwitten die deel uitmaken van de virale structuur van HCV, zoals core en envelop E1/E2. | | Niet-structurele eiwitten (HCV) | Eiwitten die door HCV worden geproduceerd en betrokken zijn bij de replicatie en assemblage van het virus, maar geen deel uitmaken van de virale structuur. | | NS5B | Het RNA-afhankelijke RNA-polymerase (RdRP) van HCV, essentieel voor de replicatie van het virale genoom. | | Endoplasmatisch reticulum | Een netwerk van membranen in de cel dat betrokken is bij eiwit- en lipidesynthese. | | HIV (Human Immunodeficiency Virus) | Het virus dat AIDS veroorzaakt. | | Ligand-receptor herkenning | De specifieke interactie tussen een ligand (molecuul op het virus) en een receptor (molecuul op de cel) die nodig is voor virusinfectie. | | Fusie membraan enveloppe met cellulaire membranen | Het samensmelten van de lipidendubbellaag van de virale envelop met het celmembraan van de gastheercel, waardoor het virusdeeltje de cel binnendringt. | | Nucleocapside | Het complex gevormd door het genetische materiaal van een virus en zijn eiwitmantel. | | Omzetting van RNA naar DNA | Het proces van reverse transcriptie, waarbij RNA als template wordt gebruikt om DNA te synthetiseren. | | Pre-integratiecomplex | Een complex van virale componenten dat zich in de celkern bevindt voordat het virale DNA in het gastheergenoom wordt geïntegreerd. | | Integrase (IN) | Een enzym dat door retrovirussen wordt geproduceerd en dat het virale DNA in het genoom van de gastheercel integreert. | | LTR (Long Terminal Repeat) | Herhalende DNA-sequenties aan de uiteinden van het retrovirale genoom die belangrijk zijn voor integratie en transcriptie. | | Transcriptie | Het proces waarbij de genetische informatie van DNA wordt gekopieerd naar RNA. | | Provirus | De vorm van het virale genoom (DNA) die covalent is geïntegreerd in het genoom van de gastheercel. | | Promotor | Een DNA-sequentie die het beginpunt van genexpressie aangeeft en waar transcriptiefactoren binden. | | Cellulaire polymerasen | Enzymen in de gastheercel die verantwoordelijk zijn voor de transcriptie van DNA naar RNA. | | Polyadenylatie | Het toevoegen van een reeks adenine-nucleotiden (een poly-A-staart) aan het 3'-uiteinde van een RNA-molecuul, wat belangrijk is voor stabiliteit en transcriptie. | | Splicing | Het proces waarbij niet-coderende sequenties (intronen) uit een precursor-RNA worden verwijderd en de coderende sequenties (exonen) aan elkaar worden geplakt om een volwassen mRNA te vormen. | | Full length RNA | Het complete, ongesplitste RNA-genoom van een retrovirus, dat zowel de code voor eiwitten bevat als dient als genoom voor nieuwe virusdeeltjes. | | Aantonen van virussen | Methoden en technieken die worden gebruikt om de aanwezigheid van virussen te detecteren en te identificeren. | | Plaque forming units (PFU) | Een maat voor de concentratie van infectieuze virusdeeltjes in een monster, gebaseerd op het aantal plaques dat ze vormen in een celcultuur. | | Cytopathisch effect (CPE) | Veranderingen in het uiterlijk of gedrag van geïnfecteerde cellen die veroorzaakt worden door virusreplicatie en die zichtbaar zijn onder de microscoop. | | Hoge titer | Een hoge concentratie van infectieuze virusdeeltjes in een monster. | | Lage titer | Een lage concentratie van infectieuze virusdeeltjes in een monster. | | Plaques | Gebieden van celvernietiging of verandering in een celcultuur die worden veroorzaakt door de replicatie van virussen. | | Dilutie virus | Het proces van het verdunnen van een virusmonster om de concentratie te verminderen, vaak gebruikt bij titratiebepalingen. |